보고서 정보
주관연구기관 |
국립수산과학원 National Fisheries Research and Development Institute |
연구책임자 |
남보혜
|
참여연구자 |
안철민
,
박중연
,
김영옥
,
김우진
,
강정하
,
김동균
,
문지영
,
박은희
,
김경길
,
박철지
,
신윤희
|
보고서유형 | 최종보고서 |
발행국가 | 대한민국 |
언어 |
한국어
|
발행년월 | 2016-04 |
과제시작연도 |
2015 |
주관부처 |
해양수산부 Ministry of Oceans and Fisheries |
등록번호 |
TRKO202300005142 |
과제고유번호 |
1525004505 |
사업명 |
수산시험연구 |
DB 구축일자 |
2023-08-23
|
키워드 |
전복.전체 유전체 해독.차세대 염기서열 분석.표준 유전체.Haliotis discus hannai.whole genome sequencing.next-generation sequencing.de novo assembly.reference genome.
|
초록
▼
IV. 연구개발결과
1. 전복 표준유전체 지도 완성
- 스케폴드 80,032 (N50=202kb), total 1.88Gb, N=14.7% 물리지도 완성(>90%)
- 총 1,341개 마커를 이용한 1,010 cM의 18개의 연관 그룹과 연관 지도 초안 완성
- 스케폴드 및 연관지도 정보를 융합하여 18개 염색체 Pseudo-molecule 완성
- 전체 게놈의 4.2%에 해당하는 29.449개 유전자 확인
- BUSCO 분석에 의한 single copy orthologs 탐색: 87.7% 존재
IV. 연구개발결과
1. 전복 표준유전체 지도 완성
- 스케폴드 80,032 (N50=202kb), total 1.88Gb, N=14.7% 물리지도 완성(>90%)
- 총 1,341개 마커를 이용한 1,010 cM의 18개의 연관 그룹과 연관 지도 초안 완성
- 스케폴드 및 연관지도 정보를 융합하여 18개 염색체 Pseudo-molecule 완성
- 전체 게놈의 4.2%에 해당하는 29.449개 유전자 확인
- BUSCO 분석에 의한 single copy orthologs 탐색: 87.7% 존재
2. 전복 유전체 데이터베이스 구축 및 게놈브라우저 개발
- 유전체 서열, 단백질 서열, 유전자 구조, 전사체 정보 등의 열람 및 다운로드 기능
- 유전체 내 유전자 정보 및 genetic element 정보의 시각화한 게놈브라우저 개발
3. 전복류 분류 유전자 마커 개발 및 전복 집단 분석
- 칼모듈린 유전자 SNP 정보 기반 전복류 분류용 probe 개발
- 미토콘드리아 전체 게놈 기반 전복류 분류용 primer kit 개발
- I3PPT 유전자 SNP정보(3 sites)를 이용한 전복 원산지 판별 마커 후보 개발
4. 전사체 분석을 통한 유용단백질 생산 유전자 특성 규명
- 주요 조직별, 초기발생단계별, 조건별(고수온· 병원체인위감염) 전사체 확보 및 분석
- 전사체 차등발현 분석을 통한 유용단백질 생산 유전자 확보 및 분자 특성 규명
• 산화관련 유전자: Peroxiredonxin 2, Glutathion S-transferase, NADPH3 등
• 면역관련 유전자: Neuropeptide Y, NPY receptor, Toll-like receptor 4, TLR6, IκB-e, LRRDP3-1 & 3-2, Caspase 2 isoform 1 등
• 패각형성관련 단백질 생산 유전자: Perlwapin, Mantle gene, Perlustrin 등
5. 비교유전체 분석을 통한 진화 특성 분석
- Ortholog gene 분석과 Gene family cluster 분석을 통해 전복 특이적으로 진화·확장된 유전자군 발굴 패각형성관련 유전자군, 패각호흡공 형성 관련 유전자군, 섬모형성 및 운동관련 유전자군, 비타민A 대사관련 유전자군, 타우린 대사 관련 유전자군 등
(출처 : 요약문 10p)
Abstract
▼
Ⅳ. Results
1. Construction of an abalone reference genome map
- Physical Map: 80,022 scaffolds with N50=202 kb, total genome size 1.88 Gb with N=14.7%
- Genetic linkage Map: 18 linkage groups with a total of 1,341 MS and SNP markers
- 18 Pseudo-molecule chromosomes combined with scaffold
Ⅳ. Results
1. Construction of an abalone reference genome map
- Physical Map: 80,022 scaffolds with N50=202 kb, total genome size 1.88 Gb with N=14.7%
- Genetic linkage Map: 18 linkage groups with a total of 1,341 MS and SNP markers
- 18 Pseudo-molecule chromosomes combined with scaffolds and linkage groups
- Prediction of 29,449 genes in total
- Quality check of gene annotation with BUSCO analysis: confirmation of 87.7% single copy orthologs
2. Construction of genome database and genome browser
- Searching and downloading the genome sequence, protein sequence, gene structure and transcript information
- Visualization of gene information and genetic element information though genome J-browser
3. Development of genetic markers for the classification of abalone species
- TaqMan probe derived from a SNP site of Calmodulin gene
- Primer kit based on IN/DEL sites of mitochondrial genome sequence of each abalone species
4. Identification and characterization of useful protein genes
- Collection of various transcript information such as each organs, early development stages, high-temperature condition and pathogen-infected condition
- Collection of useful gene with profiling analysis of mass transcripts: Anti-oxidant protein genes, immune-related genes and shell-formation related genes
5. Characterization of genome evolution through a comparative genome analysis
- Investigation of gene family extension with othologous gene set analysis and gene family group construction: 4,181 gene expansion and 7,211 gene reduction in abalone genome
(source : Summary 13p)
목차 Contents
- 표지 ... 1
- 제 출 문 ... 5
- 보고서 요약 ... 7
- 요 약 문 ... 9
- SUMMARY ... 12
- 목차 ... 15
- Contents ... 16
- 그림목차 ... 17
- Figure Lists ... 19
- 표목차 ... 21
- Table Lists ... 23
- 제 1 장 연구개발과제의 개요 ... 25
- 제 2 장 국내외 기술개발 현황 ... 26
- 1. 국내 기술개발 현황 ... 26
- 2. 국외 기술개발 현황 ... 26
- 제 3 장 연구개발수행 내용 및 결과 ... 27
- 1. 유전체 해독 소재 발굴 및 연관지도 작성 ... 27
- 가. 표준유전체 핵심집단 확보 및 특성 분석 ... 27
- 나. 연관지도 작성용 유전자 마커 개발 및 특성 분석 ... 29
- 다. 유전자 연관지도 작성 ... 37
- 라. 전사체 대량 분석 ... 39
- 마. 전사체 발현 프로파일 분석 ... 41
- 바. 전복류 구별용 유전자 마커 개발 ... 50
- 사. 유용단백질 유전자 특성 규명 ... 52
- 2. 대용량 염기서열 분석 및 드노보 어셈블리 ... 62
- 가. NGS용 게놈 라이브러리 제작 ... 62
- 나. 대용량 염기서열 분석 ... 63
- 다. 대용량 염기서열 조립(Gap-filling 및 scaffold 구축) ... 64
- 라. 유전체 서열 및 구조 분석 ... 67
- 마. 유전자 주석 달기 ... 70
- 바. 유전체 정보 분석용 게놈 브라우저 구축 ... 73
- 사. 비교유전체 분석을 통한 진화유전학적 분석 ... 74
- 제 4 장 목표달성도 및 관련분야에의 기여도 ... 79
- 제 5 장 연구개발결과의 활용계획 ... 80
- 제 6 장 참고문헌 ... 81
- 끝페이지 ... 85
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