SDS-PAGE를 이용한 SELDI(Surface Enhanced Laser Desorption Ionization) 분석 단백질의 동정 Study on the identification method of SELDI-analyzed protein using pI fractionation and SDS-PAGE원문보기
게놈(Genome) 프로젝트의 성공적인 결과에 힘입어 프로테오믹스(단백체학) 연구가 활발해짐에 따라 최근 재현성과 속도면에서 우수한 프로테옴(단백체) 분석기기가 나오고 있다. SELDI는 고속처리분석 (high-thoughput analysis)이 가능하다는 점에서 특히 임상 단백체학 (Clinical ...
게놈(Genome) 프로젝트의 성공적인 결과에 힘입어 프로테오믹스(단백체학) 연구가 활발해짐에 따라 최근 재현성과 속도면에서 우수한 프로테옴(단백체) 분석기기가 나오고 있다. SELDI는 고속처리분석 (high-thoughput analysis)이 가능하다는 점에서 특히 임상 단백체학 (Clinical Proteomics)에서 널리 애용되고 있다. 하지만 SELDI는 발굴해 낸 단백질을 동시에 동정할 수 없다는 단점이 지적되어 왔다. 본 연구는 이러한 단백질의 동정기술 확립을 위하여 HL-60 leukemia 세포주에서 비타민 D3에 의해 분화 유도된 단백질을 대상으로하여 SELDI로 분석한 단백질의 동정을 SDS-PAGE 방법으로 실시하였다. SELDI의 WCX chip에 결합하는 단백질에서 비타민 D3에 의해 분화 유도된 13.2 kD 와 10.8 kD 단백질을 찾을 수 있었고, 동일한 화학적 결합 특성을 지닌 약양이온교환수지 (weak cation exchange resin)에 단백질을 결합시키고 pI (isoelectric pH) fractionation과 SDS-PAGE를 실시함으로써 13.2 kD 단백질을 분리하여 calgranulin B로 동정을 할 수 있었다. 하지만 10.8 kD 단백질은 SDS-PAGE상에서 찾을 수가 없었다. 이 것에 대한 이유로는 10.8 kD 단백질이 SELDI의 경우와는 달리 pI fractionation 과정에서 용출되지 않았을 가능성과 충진제 (resin) 안에서 분해되었을 가능성 모두를 생각해 볼 수 있을 것이다. 본 연구를 통하여 SELDI법으로 발굴한 단백질을 동정하는데 있어서 겪게 되는 유용성과 한계성을 실제적이고 구체적으로 살펴볼 수 있었다.
게놈(Genome) 프로젝트의 성공적인 결과에 힘입어 프로테오믹스(단백체학) 연구가 활발해짐에 따라 최근 재현성과 속도면에서 우수한 프로테옴(단백체) 분석기기가 나오고 있다. SELDI는 고속처리분석 (high-thoughput analysis)이 가능하다는 점에서 특히 임상 단백체학 (Clinical Proteomics)에서 널리 애용되고 있다. 하지만 SELDI는 발굴해 낸 단백질을 동시에 동정할 수 없다는 단점이 지적되어 왔다. 본 연구는 이러한 단백질의 동정기술 확립을 위하여 HL-60 leukemia 세포주에서 비타민 D3에 의해 분화 유도된 단백질을 대상으로하여 SELDI로 분석한 단백질의 동정을 SDS-PAGE 방법으로 실시하였다. SELDI의 WCX chip에 결합하는 단백질에서 비타민 D3에 의해 분화 유도된 13.2 kD 와 10.8 kD 단백질을 찾을 수 있었고, 동일한 화학적 결합 특성을 지닌 약양이온교환수지 (weak cation exchange resin)에 단백질을 결합시키고 pI (isoelectric pH) fractionation과 SDS-PAGE를 실시함으로써 13.2 kD 단백질을 분리하여 calgranulin B로 동정을 할 수 있었다. 하지만 10.8 kD 단백질은 SDS-PAGE상에서 찾을 수가 없었다. 이 것에 대한 이유로는 10.8 kD 단백질이 SELDI의 경우와는 달리 pI fractionation 과정에서 용출되지 않았을 가능성과 충진제 (resin) 안에서 분해되었을 가능성 모두를 생각해 볼 수 있을 것이다. 본 연구를 통하여 SELDI법으로 발굴한 단백질을 동정하는데 있어서 겪게 되는 유용성과 한계성을 실제적이고 구체적으로 살펴볼 수 있었다.
On behalf of the fruitful success of the Genome Project, there has been a great progress not only in the proteomic research but also in instrumentation for proteomics. SELDI has, because of its high-throughput analysis, attracted the attention of many clinical proteomics researchers. However there i...
On behalf of the fruitful success of the Genome Project, there has been a great progress not only in the proteomic research but also in instrumentation for proteomics. SELDI has, because of its high-throughput analysis, attracted the attention of many clinical proteomics researchers. However there is the criticism that SELDI can not be used to develop a protein marker and simultaneously to identify it. This study is to develop a method to identify, using a SDS PAGE-based technique, the protein analyzed by SELDI. We used a hum an leukem ia cell line (HL-60) as the model in which the proteins, up-regulated by vitamin D3, were analyzed and identified. We discovered 13.2 kD and 10.8 kD proteins, bound to the WCX ProteinChip^(R), in SELDI spectra, and then perform ed a pI fractionation and SDS-PAGE by letting proteins bind to a commercial weak cation exchange resin with the same chemistry as WCX ProteinChip^(R). The 13.2 kD protein was identified as Calgranulin B but the 10.8 protein was not. The reason for this might be as follows: 1) 10.8 kD protein is not eluted in the pI fractionation process, and/or 2) the protein is destructed in the commercial resin.
On behalf of the fruitful success of the Genome Project, there has been a great progress not only in the proteomic research but also in instrumentation for proteomics. SELDI has, because of its high-throughput analysis, attracted the attention of many clinical proteomics researchers. However there is the criticism that SELDI can not be used to develop a protein marker and simultaneously to identify it. This study is to develop a method to identify, using a SDS PAGE-based technique, the protein analyzed by SELDI. We used a hum an leukem ia cell line (HL-60) as the model in which the proteins, up-regulated by vitamin D3, were analyzed and identified. We discovered 13.2 kD and 10.8 kD proteins, bound to the WCX ProteinChip^(R), in SELDI spectra, and then perform ed a pI fractionation and SDS-PAGE by letting proteins bind to a commercial weak cation exchange resin with the same chemistry as WCX ProteinChip^(R). The 13.2 kD protein was identified as Calgranulin B but the 10.8 protein was not. The reason for this might be as follows: 1) 10.8 kD protein is not eluted in the pI fractionation process, and/or 2) the protein is destructed in the commercial resin.
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