단결정 X선 회절법을 이용하여 Aconitum sibiricum에서 얻은 natural product인 tuguaconitine (C23H35NO7)의 결정구조를 밝혔다. 메탄올용액에서 단결정을 얻었으며 결정은 단사정계에 속하며 격자상수는 a=18.093(4), b=12.075(11), c=9.824(4)Å, 이며 측정한 밀도는 1.35g/cm3, 계산된 밀도는 Dx=1.354g/cm3 이었으며 공간군은 P212121, unit cell에는 4개의 분자들이 존재하였다. ...
단결정 X선 회절법을 이용하여 Aconitum sibiricum에서 얻은 natural product인 tuguaconitine (C23H35NO7)의 결정구조를 밝혔다. 메탄올용액에서 단결정을 얻었으며 결정은 단사정계에 속하며 격자상수는 a=18.093(4), b=12.075(11), c=9.824(4)Å, 이며 측정한 밀도는 1.35g/cm3, 계산된 밀도는 Dx=1.354g/cm3 이었으며 공간군은 P212121, unit cell에는 4개의 분자들이 존재하였다. Intensity data는 CuKα선을 이용한 ω-2θ법으로 모아졌다. 구조는 직접법으로 풀었고 최소자승법에 의한 정밀화로 1495개의 독립회절 반점에 대해 최종 R값은 0.046이었다. 결정속에 O(1)……N and O(3)……O(5) 사이에 두 개의 intramolecular hydrogen bond가 존재하였다. Aconitines은 6개의 ring으로 이루어진 diterpene alkaloid이다. 분자 내에 두 개의 6-membered ring은 안정한 chair conformation을 가지고 있었으며 그러나 두 개의 6-membered ring은 내부의 수소결합과 결합력 때문에 불안정한 boat conformation을 가지고 있었다. 결정내에는 반데르발스 힘이 결합을 유지하고 있었다. 결정내에 분자는 O(2)의 (x, y, z) 와 O(4)의 (1-x, -1/2+y, -1/2-z)사이에서 intermolecular hydrogen bonds를 형성하여 안정화하고 있었고, 2-fold screw axis으로 배열되었다. 투구아코니틴의 3차원 구조를 바탕으로 우리는 고전적인 모습보다 전체의 모습을 알아보기 쉬운 2차원 구조의 그림을 제안하고자 한다.
단결정 X선 회절법을 이용하여 Aconitum sibiricum에서 얻은 natural product인 tuguaconitine (C23H35NO7)의 결정구조를 밝혔다. 메탄올용액에서 단결정을 얻었으며 결정은 단사정계에 속하며 격자상수는 a=18.093(4), b=12.075(11), c=9.824(4)Å, 이며 측정한 밀도는 1.35g/cm3, 계산된 밀도는 Dx=1.354g/cm3 이었으며 공간군은 P212121, unit cell에는 4개의 분자들이 존재하였다. Intensity data는 CuKα선을 이용한 ω-2θ법으로 모아졌다. 구조는 직접법으로 풀었고 최소자승법에 의한 정밀화로 1495개의 독립회절 반점에 대해 최종 R값은 0.046이었다. 결정속에 O(1)……N and O(3)……O(5) 사이에 두 개의 intramolecular hydrogen bond가 존재하였다. Aconitines은 6개의 ring으로 이루어진 diterpene alkaloid이다. 분자 내에 두 개의 6-membered ring은 안정한 chair conformation을 가지고 있었으며 그러나 두 개의 6-membered ring은 내부의 수소결합과 결합력 때문에 불안정한 boat conformation을 가지고 있었다. 결정내에는 반데르발스 힘이 결합을 유지하고 있었다. 결정내에 분자는 O(2)의 (x, y, z) 와 O(4)의 (1-x, -1/2+y, -1/2-z)사이에서 intermolecular hydrogen bonds를 형성하여 안정화하고 있었고, 2-fold screw axis으로 배열되었다. 투구아코니틴의 3차원 구조를 바탕으로 우리는 고전적인 모습보다 전체의 모습을 알아보기 쉬운 2차원 구조의 그림을 제안하고자 한다.
The three-dimensional structure of a natural product, tuguaconitine (C23H35NO7) from Aconitum sibiricum was determined by single crystal X-ray diffraction analysis. The compound was recrystallized from a methanol solution into orthorhombic crystal system, with a=18.093(4), b=12.075(11), c=9.824(4)Å,...
The three-dimensional structure of a natural product, tuguaconitine (C23H35NO7) from Aconitum sibiricum was determined by single crystal X-ray diffraction analysis. The compound was recrystallized from a methanol solution into orthorhombic crystal system, with a=18.093(4), b=12.075(11), c=9.824(4)Å, Dm=1.35, Dx=1.354g/cm3, space group P212121, and Z=4. The intensity data were collected by ω-2θ scan technique with CuKα radiation. The structure was solved by direct method and refined by least-squares procedure to the final R value of 0.046 for 1495 observed reflections with I≥2σ(I). There are two intramolecular hydrogen bond between O(1)……N and O(3)……O(5) of the compound. Aconitines are diterpene alkaloid composed of six rings. In the molecule, two 6-membered rings have stable chair conformation, but other two 6-membered rings have unstable boat conformation because of their bonding strain and hydrogen bonds. The intermolecular contacts are kept by van der Waals' force. In the crystal, the molecules are stabilized by intermolecular hydrogen bonds between O(2) at (x, y, z) and O(4) at (1-x, -1/2+y, -1/2-z) and arranged among with the 2-fold screw axis. Based on the three-dimensional structure of tuguaconitine, we suggest another 2D-diagram for the compound which is far better in imagination of the spatial shape of the molecule than the ordinary one.
The three-dimensional structure of a natural product, tuguaconitine (C23H35NO7) from Aconitum sibiricum was determined by single crystal X-ray diffraction analysis. The compound was recrystallized from a methanol solution into orthorhombic crystal system, with a=18.093(4), b=12.075(11), c=9.824(4)Å, Dm=1.35, Dx=1.354g/cm3, space group P212121, and Z=4. The intensity data were collected by ω-2θ scan technique with CuKα radiation. The structure was solved by direct method and refined by least-squares procedure to the final R value of 0.046 for 1495 observed reflections with I≥2σ(I). There are two intramolecular hydrogen bond between O(1)……N and O(3)……O(5) of the compound. Aconitines are diterpene alkaloid composed of six rings. In the molecule, two 6-membered rings have stable chair conformation, but other two 6-membered rings have unstable boat conformation because of their bonding strain and hydrogen bonds. The intermolecular contacts are kept by van der Waals' force. In the crystal, the molecules are stabilized by intermolecular hydrogen bonds between O(2) at (x, y, z) and O(4) at (1-x, -1/2+y, -1/2-z) and arranged among with the 2-fold screw axis. Based on the three-dimensional structure of tuguaconitine, we suggest another 2D-diagram for the compound which is far better in imagination of the spatial shape of the molecule than the ordinary one.
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