(국문초록)
이 연구는 황줄베도라치과(Pholidae)에 속하는 베도라치(Pholis nebulosa), 흰베도라치(Pholis fangi), 점베도라치(Pholis crassispina)의 형태 및 유전 특성을 밝히고 형태 구분이 어려운 치어의 동정을 위한 기초 자료를 축적하는데 그 목적이 있다. 베도라치는 긴 리본형으로 측편하며, 체색은 황갈색 바탕 위에 검은색 및 흑갈색의 얼룩무늬가 산재하여 있다. 또한 등지느러미는 길고 기부에는 삼각형 무늬가 규칙적으로 줄지어 있으며 꼬리지느러미 가장자리가 흰 것이 특징이다. 흰베도라치는 베도라치와 유사하지만 등지느러미 기부에 백색 H형 무늬를 갖는다. 그리고 점베도라치는 등지느러미에 막대형 흰색 마디가 줄지어 있는 것이 특징이다.
형태 특성 분석은 성어의 외부형태, 계수형질 및 전장에 대한 체장, 체고, 등지느러미 길이, 뒷지느러미 길이, 뒷지느러미 기점 거리의 백분비와 두장에 대한 안경, 주둥이 길이의 백분비를 비교하였으며, 흰베도라치의 배지느러미 극조 및 연조 수를 관찰하였다.
유전 특성 분석은 12S rRNA, 16S rRNA, COI 및 Cytb 유전자 영역을 대상으로 ...
(국문초록)
이 연구는 황줄베도라치과(Pholidae)에 속하는 베도라치(Pholis nebulosa), 흰베도라치(Pholis fangi), 점베도라치(Pholis crassispina)의 형태 및 유전 특성을 밝히고 형태 구분이 어려운 치어의 동정을 위한 기초 자료를 축적하는데 그 목적이 있다. 베도라치는 긴 리본형으로 측편하며, 체색은 황갈색 바탕 위에 검은색 및 흑갈색의 얼룩무늬가 산재하여 있다. 또한 등지느러미는 길고 기부에는 삼각형 무늬가 규칙적으로 줄지어 있으며 꼬리지느러미 가장자리가 흰 것이 특징이다. 흰베도라치는 베도라치와 유사하지만 등지느러미 기부에 백색 H형 무늬를 갖는다. 그리고 점베도라치는 등지느러미에 막대형 흰색 마디가 줄지어 있는 것이 특징이다.
형태 특성 분석은 성어의 외부형태, 계수형질 및 전장에 대한 체장, 체고, 등지느러미 길이, 뒷지느러미 길이, 뒷지느러미 기점 거리의 백분비와 두장에 대한 안경, 주둥이 길이의 백분비를 비교하였으며, 흰베도라치의 배지느러미 극조 및 연조 수를 관찰하였다.
유전 특성 분석은 12S rRNA, 16S rRNA, COI 및 Cytb 유전자 영역을 대상으로 염기서열 분석, PCR-RFLP 및 RAPD 방법을 이용하여 분류 형질을 확인하였다.
우선 Pholis crassispina (GenBank accession no. AP004449)와 점베도라치의 4가지 유전자 영역의 염기서열을 비교 분석하여 염기의 변이 유무를 확인한 결과, 12S rRNA 영역에서는 1개, 16S rRNA 영역에서는 4개, COI 영역에서는 9개, Cytb 영역에서는 8개의 위치에서 염기의 변이가 있는 것으로 확인되었다.
3종의 12S rRNA 영역의 염기서열 분석에서는 10개의 위치, 16S rRNA 영역에서는 17개의 위치, COI 영역에서는 57개의 위치, Cytb 영역에서는 86개의 위치에서 염기의 변이가 있는 것으로 확인되었다. 그리고 Cytb 영역의 86개 염기 변이 중 nt293(베도라치: G, 흰베도라치: A, 점베도라치: T), nt683(베도라치: G, 흰베도라치: A, 점베도라치: C)에서는 3종이 다른 염기를 나타내었다.
또한, 효율적으로 분류 형질을 찾아내기 위하여 PCR-RFLP와 RAPD 방법을 이용하였는데, 12S rRNA, 16S rRNA, Cytb 영역을 대상으로 한 PCR-RFLP 실험에서는 3종을 분류할 수 있는 단편을 얻지 못하였으며, COI 영역을 대상으로 한 실험에서는 4가지 제한효소(AfaI, DdeI, HaeIII, HphI)로 처리하여 3종을 분류할 수 있는 단편을 얻었다. RAPD 기법을 이용한 실험에서는 3가지 primer(OPA-5, OPA-10, OPA-19)로 처리하여 3종을 분류할 수 있는 단편을 얻었다.
이번 연구를 통하여 얻은 3종의 분류 형질은 다음과 같다. 12S rRNA, 16S rRNA, COI, Cytb 영역을 대상으로 할 때에는 염기서열 전체를 비교하거나, 서로 다른 염기로 치환된 위치를 비교하고, 또는 Cytb 영역의 nt293, nt683를 비교하면 3종의 분류가 가능하다고 판단되었다. 염기서열 분석 이외에도 COI 영역에 대한 PCR-RFLP 방법과 12S rRNA, 16S rRNA, COI, Cytb 영역에 대한 RAPD 방법을 이용하여 단편을 확인하는 것 또한 3종의 효율적인 분류 방법이라고 생각되었다.
(국문초록)
이 연구는 황줄베도라치과(Pholidae)에 속하는 베도라치(Pholis nebulosa), 흰베도라치(Pholis fangi), 점베도라치(Pholis crassispina)의 형태 및 유전 특성을 밝히고 형태 구분이 어려운 치어의 동정을 위한 기초 자료를 축적하는데 그 목적이 있다. 베도라치는 긴 리본형으로 측편하며, 체색은 황갈색 바탕 위에 검은색 및 흑갈색의 얼룩무늬가 산재하여 있다. 또한 등지느러미는 길고 기부에는 삼각형 무늬가 규칙적으로 줄지어 있으며 꼬리지느러미 가장자리가 흰 것이 특징이다. 흰베도라치는 베도라치와 유사하지만 등지느러미 기부에 백색 H형 무늬를 갖는다. 그리고 점베도라치는 등지느러미에 막대형 흰색 마디가 줄지어 있는 것이 특징이다.
형태 특성 분석은 성어의 외부형태, 계수형질 및 전장에 대한 체장, 체고, 등지느러미 길이, 뒷지느러미 길이, 뒷지느러미 기점 거리의 백분비와 두장에 대한 안경, 주둥이 길이의 백분비를 비교하였으며, 흰베도라치의 배지느러미 극조 및 연조 수를 관찰하였다.
유전 특성 분석은 12S rRNA, 16S rRNA, COI 및 Cytb 유전자 영역을 대상으로 염기서열 분석, PCR-RFLP 및 RAPD 방법을 이용하여 분류 형질을 확인하였다.
우선 Pholis crassispina (GenBank accession no. AP004449)와 점베도라치의 4가지 유전자 영역의 염기서열을 비교 분석하여 염기의 변이 유무를 확인한 결과, 12S rRNA 영역에서는 1개, 16S rRNA 영역에서는 4개, COI 영역에서는 9개, Cytb 영역에서는 8개의 위치에서 염기의 변이가 있는 것으로 확인되었다.
3종의 12S rRNA 영역의 염기서열 분석에서는 10개의 위치, 16S rRNA 영역에서는 17개의 위치, COI 영역에서는 57개의 위치, Cytb 영역에서는 86개의 위치에서 염기의 변이가 있는 것으로 확인되었다. 그리고 Cytb 영역의 86개 염기 변이 중 nt293(베도라치: G, 흰베도라치: A, 점베도라치: T), nt683(베도라치: G, 흰베도라치: A, 점베도라치: C)에서는 3종이 다른 염기를 나타내었다.
또한, 효율적으로 분류 형질을 찾아내기 위하여 PCR-RFLP와 RAPD 방법을 이용하였는데, 12S rRNA, 16S rRNA, Cytb 영역을 대상으로 한 PCR-RFLP 실험에서는 3종을 분류할 수 있는 단편을 얻지 못하였으며, COI 영역을 대상으로 한 실험에서는 4가지 제한효소(AfaI, DdeI, HaeIII, HphI)로 처리하여 3종을 분류할 수 있는 단편을 얻었다. RAPD 기법을 이용한 실험에서는 3가지 primer(OPA-5, OPA-10, OPA-19)로 처리하여 3종을 분류할 수 있는 단편을 얻었다.
이번 연구를 통하여 얻은 3종의 분류 형질은 다음과 같다. 12S rRNA, 16S rRNA, COI, Cytb 영역을 대상으로 할 때에는 염기서열 전체를 비교하거나, 서로 다른 염기로 치환된 위치를 비교하고, 또는 Cytb 영역의 nt293, nt683를 비교하면 3종의 분류가 가능하다고 판단되었다. 염기서열 분석 이외에도 COI 영역에 대한 PCR-RFLP 방법과 12S rRNA, 16S rRNA, COI, Cytb 영역에 대한 RAPD 방법을 이용하여 단편을 확인하는 것 또한 3종의 효율적인 분류 방법이라고 생각되었다.
(Abstract)
Morphological and genetical character of Phoidae(Pholis nebulosa, Pholis fangi, Pholis carssispina) were studied for getting classified information of juvenile stage. Pholis nebulosa has long ribbon and compressed body with black or dark brown spot on yellowish brown color and characteris...
(Abstract)
Morphological and genetical character of Phoidae(Pholis nebulosa, Pholis fangi, Pholis carssispina) were studied for getting classified information of juvenile stage. Pholis nebulosa has long ribbon and compressed body with black or dark brown spot on yellowish brown color and characterised by black triangle spots on base of dosal fin regularly. External features of Pholis fangi is similar to P. nebulosa, but distinguish from having 'H' type spot on dosal fin regularly. Pholis carssispina has 'I' type spot on the dosal fin.
Morphological characters of Pholidae is studied with percentage of body length, body depth, length of dosal fin, length of anal fin, length of origin of anal fin to total length and eye depth, length of snout to head length.
Genetic character of Pholidae is studied with analysis of sequence, PCR-RFLP, RAPD on 12S rRNA, 16S rRNA, COI, Cytb.
Comparison for sequence of 4 region between Pholis(Genbank accession no. AP004449) crassispina and Pholis crassispina were studied. As a result base variation of genes were detected 1base in 12S rRNA, 4bases in 16S rRNA, 9bases in COI, 8bases in Cytb.
In analysis of base variation 10 bases in 12S rRNA, 17 bases in 16S rRNA, 57 bases in COI, 86bases in Cytb were detected 3 species. Base variation found nt293(Pholis nebulosa: G; Pholis fangi: A; Pholis carssispina: T) and nt683(Pholis nebulosa: G; Pholis fangi: A; Pholis carssispina: C) in Cytb.
It was not found band pattern on 12S rRNA, 16s rRNA, Cytb by PCR-RFLP, but could found band pattern on COI by using restriction enzymes, such as AfaI, DdeI, HaeIII, HphI. Also It was the band pattern by RAPD, using primers, such as OPA-5, OPA-10, OPA-19.
The marker for classification of 3 species could get compare to full sequence and also could found different from base variation of nucleotide form 3 species in 12S rRNA, 16S rRNA, COI, Cytb. From these studies possibility for genetical classification of 3 species were shown from not only analysis of sequence and PCR-RFLP but also RAPD.
(Abstract)
Morphological and genetical character of Phoidae(Pholis nebulosa, Pholis fangi, Pholis carssispina) were studied for getting classified information of juvenile stage. Pholis nebulosa has long ribbon and compressed body with black or dark brown spot on yellowish brown color and characterised by black triangle spots on base of dosal fin regularly. External features of Pholis fangi is similar to P. nebulosa, but distinguish from having 'H' type spot on dosal fin regularly. Pholis carssispina has 'I' type spot on the dosal fin.
Morphological characters of Pholidae is studied with percentage of body length, body depth, length of dosal fin, length of anal fin, length of origin of anal fin to total length and eye depth, length of snout to head length.
Genetic character of Pholidae is studied with analysis of sequence, PCR-RFLP, RAPD on 12S rRNA, 16S rRNA, COI, Cytb.
Comparison for sequence of 4 region between Pholis(Genbank accession no. AP004449) crassispina and Pholis crassispina were studied. As a result base variation of genes were detected 1base in 12S rRNA, 4bases in 16S rRNA, 9bases in COI, 8bases in Cytb.
In analysis of base variation 10 bases in 12S rRNA, 17 bases in 16S rRNA, 57 bases in COI, 86bases in Cytb were detected 3 species. Base variation found nt293(Pholis nebulosa: G; Pholis fangi: A; Pholis carssispina: T) and nt683(Pholis nebulosa: G; Pholis fangi: A; Pholis carssispina: C) in Cytb.
It was not found band pattern on 12S rRNA, 16s rRNA, Cytb by PCR-RFLP, but could found band pattern on COI by using restriction enzymes, such as AfaI, DdeI, HaeIII, HphI. Also It was the band pattern by RAPD, using primers, such as OPA-5, OPA-10, OPA-19.
The marker for classification of 3 species could get compare to full sequence and also could found different from base variation of nucleotide form 3 species in 12S rRNA, 16S rRNA, COI, Cytb. From these studies possibility for genetical classification of 3 species were shown from not only analysis of sequence and PCR-RFLP but also RAPD.
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