국내에서 발견되지 않았던 토마토황화잎말림병이 2008-2009년 국내의 시설하우스 토마토에서 대유행하였다. 부산(TYLV-Bus), 화성(TYLCV-Hwas), 제주(TYLCV-Jeju), 논산(TYLCV-Nons) 및 보성(TYLCV-Bos)으로부터 감염 시료를 채집하여 Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) 지놈 전장길이를 합성하고 ...
국내에서 발견되지 않았던 토마토황화잎말림병이 2008-2009년 국내의 시설하우스 토마토에서 대유행하였다. 부산(TYLV-Bus), 화성(TYLCV-Hwas), 제주(TYLCV-Jeju), 논산(TYLCV-Nons) 및 보성(TYLCV-Bos)으로부터 감염 시료를 채집하여 Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) 지놈 전장길이를 합성하고 염기 및 아미노산 서열을 결정하였다. TYLCV-Bus와 -Bos는 일본계통 TYLCV-Ng, -Omu, -Mis 및 -Miy와 높은 상동성이 있는 반면에, TYLCV-Hwas, -Jeju 및 -Nons는 중국계 5개 균주 TYLCV-AH1, -ZJ3, -ZJHZ12, -SH2 및 -Sh10, 멕시코 계통 -Gua 및 일본계통 2개 균주 TYLCV-Han 및 -Tosadhk 높은 상동성을 보였다. Neighbor-joining 분석법에 의한 계통수 분석에서 한국계통은 TYLCV는 3개 클레이드로 분류되었고, TYLCV-Bus와 -Bos가 형성한 클레이드는 일본계통 TYLCV-Mis, -Omu, -Ng 및 -Miy가 형성한 클레이드와 클러스터를 형성하였다. TYLCV-Hwas는 중국계 3개 균주 TYLCV-AH1, -ZJ3 및 -SH2와 함께 두번째 클레이드를 형성하였고 이것은 일본계통 2개 균주 TYLCV-Han 및 -Tosa가 형성한 클레이드와 클러스터를 형성하였다. 한편 TYLCV-Jeju와 -Nons가 형성한 세번째 클레이드는 중국의 2개 균주 TYLCV-ZJHZ212 및 -Sh10이 형성한 클레이드와 클러스터를 형성하였다. RDP3.41 프로그램에 있는 RDP, GENECONV, BootScan, MaxChi, Chimaera, SiScan 및 3Seq 방법을 이용하여 재조합을 조사한 결과 5개 한국 TYLCV 균주 공통적으로 주(major) 양친형인 포르투갈의 TYLCV-Mld[PT]와 부(minor) 양친형인 미안마의 TYLCTHV-MM 사이에서 지놈의 2개 부위에서 재조합이 일어난 것으로 판명되었다
국내에서 발견되지 않았던 토마토황화잎말림병이 2008-2009년 국내의 시설하우스 토마토에서 대유행하였다. 부산(TYLV-Bus), 화성(TYLCV-Hwas), 제주(TYLCV-Jeju), 논산(TYLCV-Nons) 및 보성(TYLCV-Bos)으로부터 감염 시료를 채집하여 Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) 지놈 전장길이를 합성하고 염기 및 아미노산 서열을 결정하였다. TYLCV-Bus와 -Bos는 일본계통 TYLCV-Ng, -Omu, -Mis 및 -Miy와 높은 상동성이 있는 반면에, TYLCV-Hwas, -Jeju 및 -Nons는 중국계 5개 균주 TYLCV-AH1, -ZJ3, -ZJHZ12, -SH2 및 -Sh10, 멕시코 계통 -Gua 및 일본계통 2개 균주 TYLCV-Han 및 -Tosadhk 높은 상동성을 보였다. Neighbor-joining 분석법에 의한 계통수 분석에서 한국계통은 TYLCV는 3개 클레이드로 분류되었고, TYLCV-Bus와 -Bos가 형성한 클레이드는 일본계통 TYLCV-Mis, -Omu, -Ng 및 -Miy가 형성한 클레이드와 클러스터를 형성하였다. TYLCV-Hwas는 중국계 3개 균주 TYLCV-AH1, -ZJ3 및 -SH2와 함께 두번째 클레이드를 형성하였고 이것은 일본계통 2개 균주 TYLCV-Han 및 -Tosa가 형성한 클레이드와 클러스터를 형성하였다. 한편 TYLCV-Jeju와 -Nons가 형성한 세번째 클레이드는 중국의 2개 균주 TYLCV-ZJHZ212 및 -Sh10이 형성한 클레이드와 클러스터를 형성하였다. RDP3.41 프로그램에 있는 RDP, GENECONV, BootScan, MaxChi, Chimaera, SiScan 및 3Seq 방법을 이용하여 재조합을 조사한 결과 5개 한국 TYLCV 균주 공통적으로 주(major) 양친형인 포르투갈의 TYLCV-Mld[PT]와 부(minor) 양친형인 미안마의 TYLCTHV-MM 사이에서 지놈의 2개 부위에서 재조합이 일어난 것으로 판명되었다
Epidemic outbreaks of severe yellow leaf curl diseases have been found in greenhouse grown tomato (Lycopersicon esculentum Mill.) plants in Korea during 2008-2009. Samples were collected from Busan city (TYLV-Bus), Hwaseong city (TYLCV-Hwas), Jeju Island (TYLCV-Jeju), Nonsan city (TYLCV-Nons) and Bo...
Epidemic outbreaks of severe yellow leaf curl diseases have been found in greenhouse grown tomato (Lycopersicon esculentum Mill.) plants in Korea during 2008-2009. Samples were collected from Busan city (TYLV-Bus), Hwaseong city (TYLCV-Hwas), Jeju Island (TYLCV-Jeju), Nonsan city (TYLCV-Nons) and Boseong county (TYLCV-Bos), these areas are far from each other geographically. Tomato disease by TYLCV has never occurred in Korea before. We synthesized the genome full-length of each TYLCV isolate and determined their sequences of nucleotides (nt) and deduced amino acids (aa) of six open reading frames in genomes. TYLCV-Bus and -Bos genomes share high nt identities with four Japanese isolates -Ng, -Omu, -Mis and -Miy. On the other hand, TYLCV-Hwas, -Jeju and -Nons genomes share high nt identities with five Chinese isolates TYLCV-AH1, -ZJ3, -ZJHZ12, -SH2 and -Sh10, a Mexican isolate -Gua, and two Japanese isolates -Han and -Tosa. On the basis of neighbor-joining tree, five Korean TYLCV isolates were separated into three clades. TYLCV-Bus and -Bos formed the first clade which was clustered with a clade containing four Japanese isolates TYLCV-Mis, -Omu, -Ng and -Miy. TYLCV-Hwas with three Chinese isolates -AH1, -ZJ3 and -SH2 formed the second clade which was clustered with a clade containing and two Japanese isolates -Han and -Tosa. TYLCV-Jeju and -Nons formed the third clade which was clustered with two Chinese isolates -ZJHZ212 and -Sh10. Two fragments that had a potentially recombinant origin were identified using the RDP, GENECONV, BootScan, MaxChi, Chimaera, SiScan and 3Seq methods implemented in RDP3.41. On the basis of RDP analysis, all TYLCV isolates could be originated from the interspecies recombination between TYLCV-Mld[PT] isolated from Portugal as a major parent and TYLCTHV-MM isolated from Myanmar as a minor parent.
Epidemic outbreaks of severe yellow leaf curl diseases have been found in greenhouse grown tomato (Lycopersicon esculentum Mill.) plants in Korea during 2008-2009. Samples were collected from Busan city (TYLV-Bus), Hwaseong city (TYLCV-Hwas), Jeju Island (TYLCV-Jeju), Nonsan city (TYLCV-Nons) and Boseong county (TYLCV-Bos), these areas are far from each other geographically. Tomato disease by TYLCV has never occurred in Korea before. We synthesized the genome full-length of each TYLCV isolate and determined their sequences of nucleotides (nt) and deduced amino acids (aa) of six open reading frames in genomes. TYLCV-Bus and -Bos genomes share high nt identities with four Japanese isolates -Ng, -Omu, -Mis and -Miy. On the other hand, TYLCV-Hwas, -Jeju and -Nons genomes share high nt identities with five Chinese isolates TYLCV-AH1, -ZJ3, -ZJHZ12, -SH2 and -Sh10, a Mexican isolate -Gua, and two Japanese isolates -Han and -Tosa. On the basis of neighbor-joining tree, five Korean TYLCV isolates were separated into three clades. TYLCV-Bus and -Bos formed the first clade which was clustered with a clade containing four Japanese isolates TYLCV-Mis, -Omu, -Ng and -Miy. TYLCV-Hwas with three Chinese isolates -AH1, -ZJ3 and -SH2 formed the second clade which was clustered with a clade containing and two Japanese isolates -Han and -Tosa. TYLCV-Jeju and -Nons formed the third clade which was clustered with two Chinese isolates -ZJHZ212 and -Sh10. Two fragments that had a potentially recombinant origin were identified using the RDP, GENECONV, BootScan, MaxChi, Chimaera, SiScan and 3Seq methods implemented in RDP3.41. On the basis of RDP analysis, all TYLCV isolates could be originated from the interspecies recombination between TYLCV-Mld[PT] isolated from Portugal as a major parent and TYLCTHV-MM isolated from Myanmar as a minor parent.
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