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서열의 유사성 검색은 DNA 데이터베이스에 저장된 염기서열들에서 질의 서열과 유사한 서열들을 찾기 위한 것이다. 유사성 검색은 서열들 사이의 기능 및 진화적인 관련성을 유추하는데 널리 이용된다. 최근 DNA 데이터베이스 크기의 급격한 증가로 유사성 검색을 위한 빠른 질의 처리 방법이 요구되고 있다. 본 논문에서는 색인 구조를 기반으로 하는 효율적인 유사성 검색 방법을 제시한다. 제시한 방법은 서열 데이터베이스에서 질의 서열과 동일한 길이를 갖는 부분 서열들을 생성한 후 질의 서열과의 ...

서열의 유사성 검색은 DNA 데이터베이스에 저장된 염기서열들에서 질의 서열과 유사한 서열들을 찾기 위한 것이다. 유사성 검색은 서열들 사이의 기능 및 진화적인 관련성을 유추하는데 널리 이용된다. 최근 DNA 데이터베이스 크기의 급격한 증가로 유사성 검색을 위한 빠른 질의 처리 방법이 요구되고 있다. 본 논문에서는 색인 구조를 기반으로 하는 효율적인 유사성 검색 방법을 제시한다. 제시한 방법은 서열 데이터베이스에서 질의 서열과 동일한 길이를 갖는 부분 서열들을 생성한 후 질의 서열과의 해밍거리를 계산하여 유사성이 높다고 판단되는 후보자 부분 서열들을 추출한다. 추출된 부분 서열들에 대해서 DNA 염기의 빈도와 출현 위치의 특성을 다차원 벡터로 변환하고 색인을 구축한다. 이 방법은 질의 서열과 부분 서열들 간의 유사성을 직접 비교하는 대신 변환된 벡터들 간의 거리를 계산하여 질의 서열과 유사성이 높은 서열들을 추출한다. 실험 결과 제시한 방법은 대용량 DNA 데이터베이스를 대상으로 작은 저장 공간을 사용할 뿐만 아니라 기존의 색인 기반 휴리스틱 방법들에 비해 빠른 유사성 검색 속도를 보이고 있다.

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