최근 암을 진단하는데 분자적 접근의 중요성이 높아짐에 따라 포르말린에 고정되고 파라핀 포매된(Formalin Fixed Paraffin Embedded, FFPE) 검체를 이용한 분자병리검사의 중요성 역시 높아지고 있다. 검사에 이용되는 인체 조직은 수술 후 고정 용액의 선택, 고정 시간, 탈회 유무 및 보관 시간 등에 따라 추출되는 핵산의 질과 양이 달라지며, 따라서 실험 결과에 영향을 미치는 것으로 알려져 있다. 본 연구를 통해 조직의 보관 방법 및 시간 경과, 고정 용액의 종류에 따른 핵산의 손상 정도를 알아보고자 한다. 고정 용액의 선택, 고정 시간, 탈회 용액의 사용, 보관 방법 및 보관 시간의 경과에 따른 영향을 평가하기 위해 2003년부터 2011년도까지의 포르말린 용액에 고정되고 파라핀 포매된 조직 (FFPE)과 메타칸 용액에 고정되고 파라핀 포매된 조직 (Methacarn Fixed Paraffin Embedded, MFPE)을 선정하였다. 모두 위암과 대장암 환자의 근치적 절제술 검체로 선정하였다. 각 조직에서 DNA와 RNA를 추출한 후, 각각의 농도와 순도를 측정하였다. ...
최근 암을 진단하는데 분자적 접근의 중요성이 높아짐에 따라 포르말린에 고정되고 파라핀 포매된(Formalin Fixed Paraffin Embedded, FFPE) 검체를 이용한 분자병리검사의 중요성 역시 높아지고 있다. 검사에 이용되는 인체 조직은 수술 후 고정 용액의 선택, 고정 시간, 탈회 유무 및 보관 시간 등에 따라 추출되는 핵산의 질과 양이 달라지며, 따라서 실험 결과에 영향을 미치는 것으로 알려져 있다. 본 연구를 통해 조직의 보관 방법 및 시간 경과, 고정 용액의 종류에 따른 핵산의 손상 정도를 알아보고자 한다. 고정 용액의 선택, 고정 시간, 탈회 용액의 사용, 보관 방법 및 보관 시간의 경과에 따른 영향을 평가하기 위해 2003년부터 2011년도까지의 포르말린 용액에 고정되고 파라핀 포매된 조직 (FFPE)과 메타칸 용액에 고정되고 파라핀 포매된 조직 (Methacarn Fixed Paraffin Embedded, MFPE)을 선정하였다. 모두 위암과 대장암 환자의 근치적 절제술 검체로 선정하였다. 각 조직에서 DNA와 RNA를 추출한 후, 각각의 농도와 순도를 측정하였다. Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), β-actin, human growth hormone (hGH) 유전자에 대한 중합효소 연쇄반응(Polymerase chain reaction; PCR)과 β-actin에 대한 실시간 역전사 PCR을 이용하여 각각의 유효성을 평가 하였다. FFPE 조직과 MFPE 조직은 모든 증례에서 GAPDH와 β-actin에 대한 PCR에서 증폭되었다. 그러나, hGH에 대한 PCR의 경우 모든 MFPE 검체에서 증폭되었으나, FFPE 검체 중에는 46.7%에서 증폭되었다. 또한 장시간 포르말린에 고정된 검체의 경우 DNA손상이 자주 관찰되어, hGH에 대한 PCR 결과 대부분의 증례에서 증폭이 관찰되지 않았다. 반면 통상적인 포르말린 고정 후 장시간 동안 4℃에서 에탄올에 보관된 검체의 경우 DNA 순도가 보존되는 것을 확인하였다. 탈회과정을 거친 조직은 대부분의 핵산이 손상되었으며 PCR및 실시간 역전사 PCR결과 역시 대부분의 증례에서 증폭되지 않았다. mRNA의 양과 순도는 파라핀 블록의 저장기간이 증가함에 따라 감소하였다. 고정액, 고정 시간, 보관 방법 및 보관 시간의 경과에 따라 인체 조직 검체의 핵산의 농도와 순도에 미치는 영향은 상당하다. 특히 탈회 과정을 거친 인체 조직에서는 핵산이 심하게 손상되어 있었다. 분자 병리적 진단의 질을 향상 시키기 위해 핵산의 손상을 최소화할 수 있도록 조직의 고정 방법과 보관 방법을 표준화하여야 한다.
최근 암을 진단하는데 분자적 접근의 중요성이 높아짐에 따라 포르말린에 고정되고 파라핀 포매된(Formalin Fixed Paraffin Embedded, FFPE) 검체를 이용한 분자병리검사의 중요성 역시 높아지고 있다. 검사에 이용되는 인체 조직은 수술 후 고정 용액의 선택, 고정 시간, 탈회 유무 및 보관 시간 등에 따라 추출되는 핵산의 질과 양이 달라지며, 따라서 실험 결과에 영향을 미치는 것으로 알려져 있다. 본 연구를 통해 조직의 보관 방법 및 시간 경과, 고정 용액의 종류에 따른 핵산의 손상 정도를 알아보고자 한다. 고정 용액의 선택, 고정 시간, 탈회 용액의 사용, 보관 방법 및 보관 시간의 경과에 따른 영향을 평가하기 위해 2003년부터 2011년도까지의 포르말린 용액에 고정되고 파라핀 포매된 조직 (FFPE)과 메타칸 용액에 고정되고 파라핀 포매된 조직 (Methacarn Fixed Paraffin Embedded, MFPE)을 선정하였다. 모두 위암과 대장암 환자의 근치적 절제술 검체로 선정하였다. 각 조직에서 DNA와 RNA를 추출한 후, 각각의 농도와 순도를 측정하였다. Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), β-actin, human growth hormone (hGH) 유전자에 대한 중합효소 연쇄반응(Polymerase chain reaction; PCR)과 β-actin에 대한 실시간 역전사 PCR을 이용하여 각각의 유효성을 평가 하였다. FFPE 조직과 MFPE 조직은 모든 증례에서 GAPDH와 β-actin에 대한 PCR에서 증폭되었다. 그러나, hGH에 대한 PCR의 경우 모든 MFPE 검체에서 증폭되었으나, FFPE 검체 중에는 46.7%에서 증폭되었다. 또한 장시간 포르말린에 고정된 검체의 경우 DNA손상이 자주 관찰되어, hGH에 대한 PCR 결과 대부분의 증례에서 증폭이 관찰되지 않았다. 반면 통상적인 포르말린 고정 후 장시간 동안 4℃에서 에탄올에 보관된 검체의 경우 DNA 순도가 보존되는 것을 확인하였다. 탈회과정을 거친 조직은 대부분의 핵산이 손상되었으며 PCR및 실시간 역전사 PCR결과 역시 대부분의 증례에서 증폭되지 않았다. mRNA의 양과 순도는 파라핀 블록의 저장기간이 증가함에 따라 감소하였다. 고정액, 고정 시간, 보관 방법 및 보관 시간의 경과에 따라 인체 조직 검체의 핵산의 농도와 순도에 미치는 영향은 상당하다. 특히 탈회 과정을 거친 인체 조직에서는 핵산이 심하게 손상되어 있었다. 분자 병리적 진단의 질을 향상 시키기 위해 핵산의 손상을 최소화할 수 있도록 조직의 고정 방법과 보관 방법을 표준화하여야 한다.
Because of recent advances in the molecular diagnosis of cancer patients, tissue quality has become more important in daily practice. To evaluate the effects of fixative, duration of fixation, decalcification, and storage periods on nucleic acid integrity, DNA and RNA were extracted from gastrointes...
Because of recent advances in the molecular diagnosis of cancer patients, tissue quality has become more important in daily practice. To evaluate the effects of fixative, duration of fixation, decalcification, and storage periods on nucleic acid integrity, DNA and RNA were extracted from gastrointestinal cancer tissue. The yield and purity were analyzed, and poly¬merase chain reaction (PCR) for glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GAPDH; 60 bp), β-actin (148 bp), and human growth hormone (hGH; 434 bp) and real-time reverse transcription- PCR for β-actin (97 bp) were performed. All formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) and methacarn-fixed paraffin-embedded (MFPE) samples tested positive for GAPDH and β-actin by PCR. hGH was successfully detected in all MFPE samples, but in only 46.7% of the FFPE samples. Prolonged formalin fixation resulted in fewer GAPDH and β-actin PCR products, and amplification of hGH was not successful. The PCR and reverse transcription-PCR results were significantly affected by the duration of decalcification. The yield, purity, and integrity of mRNA progressively decreased with increased storage periods of paraffin blocks. Fixation and storage should therefore be standardized in order to improve the quality of molecular patho¬logic diagnosis.
Because of recent advances in the molecular diagnosis of cancer patients, tissue quality has become more important in daily practice. To evaluate the effects of fixative, duration of fixation, decalcification, and storage periods on nucleic acid integrity, DNA and RNA were extracted from gastrointestinal cancer tissue. The yield and purity were analyzed, and poly¬merase chain reaction (PCR) for glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GAPDH; 60 bp), β-actin (148 bp), and human growth hormone (hGH; 434 bp) and real-time reverse transcription- PCR for β-actin (97 bp) were performed. All formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) and methacarn-fixed paraffin-embedded (MFPE) samples tested positive for GAPDH and β-actin by PCR. hGH was successfully detected in all MFPE samples, but in only 46.7% of the FFPE samples. Prolonged formalin fixation resulted in fewer GAPDH and β-actin PCR products, and amplification of hGH was not successful. The PCR and reverse transcription-PCR results were significantly affected by the duration of decalcification. The yield, purity, and integrity of mRNA progressively decreased with increased storage periods of paraffin blocks. Fixation and storage should therefore be standardized in order to improve the quality of molecular patho¬logic diagnosis.
주제어
#nucleic acid preservation fixation procedures storage time
학위논문 정보
저자
남수경
학위수여기관
고려대학교 생명환경과학대학원
학위구분
국내석사
학과
생명분자유전공학과
지도교수
송문정
발행연도
2014
총페이지
53p
키워드
nucleic acid preservation fixation procedures storage time
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