[학위논문]맞춤패널 차세대 염기서열 분석을 통한 림프절외 변연부세포 림프종의 돌연변이 분석 Mutational Analysis of Extranodal Marginal Zone Lymphoma Using Next Generation Sequencing with a Custom Cancer Panel원문보기
림프절외 변연부세포 림프종은 저등급 B세포 림프종의 한 형태이며 점막연관림프조직(mucosa-associated lymphoid tissue, MALT) 림프종으로도 분류되기도 한다. 이는 위(stomach)에서 가장 흔하게 발생하며 폐, 안구부속기, 침샘, 소/대장 등의 다양한 위치에서도 발생한다. 유발요인으로 만성 감염에 의한 염증, ...
림프절외 변연부세포 림프종은 저등급 B세포 림프종의 한 형태이며 점막연관림프조직(mucosa-associated lymphoid tissue, MALT) 림프종으로도 분류되기도 한다. 이는 위(stomach)에서 가장 흔하게 발생하며 폐, 안구부속기, 침샘, 소/대장 등의 다양한 위치에서도 발생한다. 유발요인으로 만성 감염에 의한 염증, 자가면역 질환 그리고 유전적 변이 등이 확인되었다. 다양한 체세포 변이를 확인하는 것은 정밀의학(precision medicine)의 필수적인 과정이며, 이때 높은 처리량 sequencing을 사용하여 게놈(genome) 변경의 정확한 검출하는 것은 필수적이다. DNA 유전정보를 읽어내는 모든 염기서열 분석(sequencing)은 기본적으로 Sanger 방식에 기반하였으나 최근 새로운 기법의 sequencing 기술이 급속도로 보급되었으며, Sanger 방식과 달리 대량의 병렬 데이터 생산이 가능한 sequencing을 차세대 또는 제2세대 sequencing(Next Generation Sequencing, 2ndgenerationsequencing,NGS)라고 한다. 위 MALT림프종 1명과 소장 MLAT림프종 4명을 선별하였고, 그들의 파라핀에 내장된 조직 표본을 사용하여 연구를 시행하였다. 먼저 조직 표본에서 DNA를 추출하여 품질관리(quality control)를 시행하였으며 혈액암의 필수유전자를 포함한 총 426개 유전자에 대한 맞춤패널 HemaScan을 이용하여 NGS를 시행하였다. 단일 뉴클레오타이드 변형체(Single Nucleotide Variant, SNV), 뉴클레오타이드 삽입 및 삭제(Insertion and Deletion, Indel), 유전자 복사 수 변이(Copy Number Variation, CNV)를 포함하는 체세포 돌연변이(somatic mutation)에 대해 주석이 달린(annotated), 알려진(known) 그리고 새로운(novel) 변이로 구분하여 결과를 확인하였다. 주석이 달린 변이 중에서는 한 명의 환자에서 ERBB2 유전자 증폭이 확인되었다. 이미 알려지거나 새롭게 확인된 변이 중에서는 SETBP6, RUNX1, KEAP1 유전자의 SNV, MKI67 유전자의 Indel, ZNF703, NOTCH1 유전자의 CNV가 두 명 이상의 환자에서 확인되었다. 그리고 BCL10, DDX3X, FOXO3, MUC2 유전자에서는 프레임이동(frameshift)이 발생된 Indel이 한 명의 환자에서 확인되었다. 다양한 유전자 돌연변이와 MALT림프종 발생과의 연관성을 알아내기 위해서는 더욱 많은 환자를 대상으로 한 연구가 필요하다.
림프절외 변연부세포 림프종은 저등급 B세포 림프종의 한 형태이며 점막연관림프조직(mucosa-associated lymphoid tissue, MALT) 림프종으로도 분류되기도 한다. 이는 위(stomach)에서 가장 흔하게 발생하며 폐, 안구부속기, 침샘, 소/대장 등의 다양한 위치에서도 발생한다. 유발요인으로 만성 감염에 의한 염증, 자가면역 질환 그리고 유전적 변이 등이 확인되었다. 다양한 체세포 변이를 확인하는 것은 정밀의학(precision medicine)의 필수적인 과정이며, 이때 높은 처리량 sequencing을 사용하여 게놈(genome) 변경의 정확한 검출하는 것은 필수적이다. DNA 유전정보를 읽어내는 모든 염기서열 분석(sequencing)은 기본적으로 Sanger 방식에 기반하였으나 최근 새로운 기법의 sequencing 기술이 급속도로 보급되었으며, Sanger 방식과 달리 대량의 병렬 데이터 생산이 가능한 sequencing을 차세대 또는 제2세대 sequencing(Next Generation Sequencing, 2ndgenerationsequencing,NGS)라고 한다. 위 MALT림프종 1명과 소장 MLAT림프종 4명을 선별하였고, 그들의 파라핀에 내장된 조직 표본을 사용하여 연구를 시행하였다. 먼저 조직 표본에서 DNA를 추출하여 품질관리(quality control)를 시행하였으며 혈액암의 필수유전자를 포함한 총 426개 유전자에 대한 맞춤패널 HemaScan을 이용하여 NGS를 시행하였다. 단일 뉴클레오타이드 변형체(Single Nucleotide Variant, SNV), 뉴클레오타이드 삽입 및 삭제(Insertion and Deletion, Indel), 유전자 복사 수 변이(Copy Number Variation, CNV)를 포함하는 체세포 돌연변이(somatic mutation)에 대해 주석이 달린(annotated), 알려진(known) 그리고 새로운(novel) 변이로 구분하여 결과를 확인하였다. 주석이 달린 변이 중에서는 한 명의 환자에서 ERBB2 유전자 증폭이 확인되었다. 이미 알려지거나 새롭게 확인된 변이 중에서는 SETBP6, RUNX1, KEAP1 유전자의 SNV, MKI67 유전자의 Indel, ZNF703, NOTCH1 유전자의 CNV가 두 명 이상의 환자에서 확인되었다. 그리고 BCL10, DDX3X, FOXO3, MUC2 유전자에서는 프레임이동(frameshift)이 발생된 Indel이 한 명의 환자에서 확인되었다. 다양한 유전자 돌연변이와 MALT림프종 발생과의 연관성을 알아내기 위해서는 더욱 많은 환자를 대상으로 한 연구가 필요하다.
Extranodal marginal zone lymphoma is a type of low-grade B-cell lymphoma and may be classified as mucosal-associated lymphoid tissue lymphoma. MALT lymphoma is most common in stomach and also occurs in various locations such as the lung, ocular adnexa, salivary glands and small bowel. The etiologic ...
Extranodal marginal zone lymphoma is a type of low-grade B-cell lymphoma and may be classified as mucosal-associated lymphoid tissue lymphoma. MALT lymphoma is most common in stomach and also occurs in various locations such as the lung, ocular adnexa, salivary glands and small bowel. The etiologic factors are inflammation caused by chronic infection, autoimmune disease and genetic variation. Identifying various somatic mutations is an essential process in precision medicine, where high throughput sequencing is used to accurately detect genetic changes. Nucleotide sequencing techniques are basically based on the Sanger method, but recently second generation or next generation sequencing(NGS) that can sequence millions or billions of DNA strands simultaneously in parallel unlike the sanger sequencing is rapidly spreading. One gastric MALT lymphoma and four small intestine MLAT lymphomas were selected and studied using tissue samples embedded in their paraffin. DNA was extracted from tissue samples and quality control was performed. NGS was performed using HemaScan, a custom panel for 426 genes including essential genes for blood cancer. The results of NGS revealed the following genomic variants ; single nucleotide variations (SNVs), insertions and deletions(Indels) and copy number variations(CNVs). And these genomic variants are reported as annotated, known, and novel variants. Of the annotated variant, ERBB2 gene amplification was confirmed in one patient. Of the known and novel variants, SNV of SETBP6, RUNX1 and KEAP1 gene, Indel of MKI67 gene, CNV of ZNF703 and NOTCH1 gene were confirmed in two or more patients. And Indel with frameshift in BCL10, DDX3X, FOXO3 and MUC2 genes was identified in one patient. More studies are needed to determine the association of various genetic mutations with the development of MALT lymphoma.
Extranodal marginal zone lymphoma is a type of low-grade B-cell lymphoma and may be classified as mucosal-associated lymphoid tissue lymphoma. MALT lymphoma is most common in stomach and also occurs in various locations such as the lung, ocular adnexa, salivary glands and small bowel. The etiologic factors are inflammation caused by chronic infection, autoimmune disease and genetic variation. Identifying various somatic mutations is an essential process in precision medicine, where high throughput sequencing is used to accurately detect genetic changes. Nucleotide sequencing techniques are basically based on the Sanger method, but recently second generation or next generation sequencing(NGS) that can sequence millions or billions of DNA strands simultaneously in parallel unlike the sanger sequencing is rapidly spreading. One gastric MALT lymphoma and four small intestine MLAT lymphomas were selected and studied using tissue samples embedded in their paraffin. DNA was extracted from tissue samples and quality control was performed. NGS was performed using HemaScan, a custom panel for 426 genes including essential genes for blood cancer. The results of NGS revealed the following genomic variants ; single nucleotide variations (SNVs), insertions and deletions(Indels) and copy number variations(CNVs). And these genomic variants are reported as annotated, known, and novel variants. Of the annotated variant, ERBB2 gene amplification was confirmed in one patient. Of the known and novel variants, SNV of SETBP6, RUNX1 and KEAP1 gene, Indel of MKI67 gene, CNV of ZNF703 and NOTCH1 gene were confirmed in two or more patients. And Indel with frameshift in BCL10, DDX3X, FOXO3 and MUC2 genes was identified in one patient. More studies are needed to determine the association of various genetic mutations with the development of MALT lymphoma.
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