최근 차세대 염기서열 분석(Next generation sequencing, NGS)기술에 대한 관심이 높아지고 그에 따른 연구적 가치가 높아짐에 따라 수만 개에서 수십억 쌍의 유전자 분석을 비교적 빠른 시간 내에 진행할 수 있게 되었다. 기존의 염기서열 분석방식의 제한적 특성을 뛰어 넘는 방대한 양의 염기서열을 효율적으로 분석할 수 있는 새로운 기술의 필요성은 ...
최근 차세대 염기서열 분석(Next generation sequencing, NGS)기술에 대한 관심이 높아지고 그에 따른 연구적 가치가 높아짐에 따라 수만 개에서 수십억 쌍의 유전자 분석을 비교적 빠른 시간 내에 진행할 수 있게 되었다. 기존의 염기서열 분석방식의 제한적 특성을 뛰어 넘는 방대한 양의 염기서열을 효율적으로 분석할 수 있는 새로운 기술의 필요성은 차세대 염기서열 분석 기술의 개발을 불러왔고 이러한 기술을 이용하여 특정 지역에서의 염기서열을 분석하고 생물의 종을 분류해내는 작업이 활발해지고 있다. 더 나아가 생물의 염기서열 분석 및 분류 작업의 결과물에 대한 활용분야 또한 점점 더 확대되고 있어 기존의 생물학적인 의미뿐 아니라 생화학, 의학, 과학 수사 영역 등에서 활용할 수 있는 방안에 대한 연구들도 진행 중에 있다. 이처럼 차세대 염기서열분석의 활용방안에 대한 필요성이 대두되고 있는 상황에서 이용 목적에 알맞은 생물의 염기서열 분석 시스템 개발 역시 점점 필요성이 증가하고 있다. 본 연구에서는 차세대 염기서열 분석을 위한 생물의 염기서열을 분석하고 생물 종을 군집화 할 수 있는 클러스터링 시스템을 설계하고자 한다. 또한 클러스터링 시스템의 결과로 군집화된 염기서열의 생물 종을 판별하고 더 나아가 활용할 수 있는 방안에 대하여 논의하고자 한다. 생물 염기서열의 분석 결과는 생물의 종을 비롯하여 유전적 다양성과 계통을 분류하기 위한 중요한 지표가 된다. 본 연구에서는 생물의 염기서열 분석을 통한 클러스터링 작업으로 염기서열만으로도 특정 환경이나 지역에서 우세한 생물군을 파악하여 생물이 발견된 환경이나 지역에서의 특징을 알아보고자 한다. 더 나아가 생물군집의 분포를 통한 염기서열 분석만으로 해당 생물의 유래서식지를 판별하는 것을 목표로 하고 있다. 이러한 연구는 범죄 발생 장소의 추적과 같은 범죄수사를 위한 법의학의 측면에서도 활용될 수 있을 것으로 기대된다.
주요어: 생물정보학, NGS, 차세대 염기서열 분석, 클러스터링, 종분류, 유래서식지 추적
최근 차세대 염기서열 분석(Next generation sequencing, NGS)기술에 대한 관심이 높아지고 그에 따른 연구적 가치가 높아짐에 따라 수만 개에서 수십억 쌍의 유전자 분석을 비교적 빠른 시간 내에 진행할 수 있게 되었다. 기존의 염기서열 분석방식의 제한적 특성을 뛰어 넘는 방대한 양의 염기서열을 효율적으로 분석할 수 있는 새로운 기술의 필요성은 차세대 염기서열 분석 기술의 개발을 불러왔고 이러한 기술을 이용하여 특정 지역에서의 염기서열을 분석하고 생물의 종을 분류해내는 작업이 활발해지고 있다. 더 나아가 생물의 염기서열 분석 및 분류 작업의 결과물에 대한 활용분야 또한 점점 더 확대되고 있어 기존의 생물학적인 의미뿐 아니라 생화학, 의학, 과학 수사 영역 등에서 활용할 수 있는 방안에 대한 연구들도 진행 중에 있다. 이처럼 차세대 염기서열분석의 활용방안에 대한 필요성이 대두되고 있는 상황에서 이용 목적에 알맞은 생물의 염기서열 분석 시스템 개발 역시 점점 필요성이 증가하고 있다. 본 연구에서는 차세대 염기서열 분석을 위한 생물의 염기서열을 분석하고 생물 종을 군집화 할 수 있는 클러스터링 시스템을 설계하고자 한다. 또한 클러스터링 시스템의 결과로 군집화된 염기서열의 생물 종을 판별하고 더 나아가 활용할 수 있는 방안에 대하여 논의하고자 한다. 생물 염기서열의 분석 결과는 생물의 종을 비롯하여 유전적 다양성과 계통을 분류하기 위한 중요한 지표가 된다. 본 연구에서는 생물의 염기서열 분석을 통한 클러스터링 작업으로 염기서열만으로도 특정 환경이나 지역에서 우세한 생물군을 파악하여 생물이 발견된 환경이나 지역에서의 특징을 알아보고자 한다. 더 나아가 생물군집의 분포를 통한 염기서열 분석만으로 해당 생물의 유래서식지를 판별하는 것을 목표로 하고 있다. 이러한 연구는 범죄 발생 장소의 추적과 같은 범죄수사를 위한 법의학의 측면에서도 활용될 수 있을 것으로 기대된다.
주요어: 생물정보학, NGS, 차세대 염기서열 분석, 클러스터링, 종분류, 유래서식지 추적
Recently, as interest in next generation sequencing (NGS) technology has increased and research value has increased, it has become possible to analyze tens to tens of thousands of pairs of genes in a relatively short period of time. The need for a new technology that can efficiently analyze large am...
Recently, as interest in next generation sequencing (NGS) technology has increased and research value has increased, it has become possible to analyze tens to tens of thousands of pairs of genes in a relatively short period of time. The need for a new technology that can efficiently analyze large amounts of base sequences beyond the limitations of existing base sequence analysis methods has led to the development of next generation base sequence analysis technology, And the classification of species of living creatures is becoming active. Furthermore, uses of the results of the sequencing and classification of biological organisms are increasingly being expanded. As a result, There are also studies on methods that can be used in biochemistry, medicine, scientific investigation area as well as existing biological meaning. Thus, as there is a need to utilize the next generation sequence analysis, there is a growing need to develop a system for analyzing the gene sequence of living organisms suitable for the purpose of use. In this study, I will design a clustering system that can analyze the gene sequences of organisms for next generation sequencing and clustering species. In addition, we will analyze clustered gene sequences as a result of clustering system, and discuss ways to utilize them further. The results of the analysis of the gene sequence are important indicators for species of organisms, classification of genetic diversity and phylogenetic classification. In this study, clustering is performed through sequencing of living organisms to identify predominant organisms in a specific environment or region with only gene sequences, and to characterize the environment and regions where organisms are found. Furthermore, the aim is to determine the habitat from which the organism originated by only analyzing the gene sequence through distribution of biological communities. This research is expected to be useful in the forensic science for crime investigation such as the trace of crime occurrence place.
Recently, as interest in next generation sequencing (NGS) technology has increased and research value has increased, it has become possible to analyze tens to tens of thousands of pairs of genes in a relatively short period of time. The need for a new technology that can efficiently analyze large amounts of base sequences beyond the limitations of existing base sequence analysis methods has led to the development of next generation base sequence analysis technology, And the classification of species of living creatures is becoming active. Furthermore, uses of the results of the sequencing and classification of biological organisms are increasingly being expanded. As a result, There are also studies on methods that can be used in biochemistry, medicine, scientific investigation area as well as existing biological meaning. Thus, as there is a need to utilize the next generation sequence analysis, there is a growing need to develop a system for analyzing the gene sequence of living organisms suitable for the purpose of use. In this study, I will design a clustering system that can analyze the gene sequences of organisms for next generation sequencing and clustering species. In addition, we will analyze clustered gene sequences as a result of clustering system, and discuss ways to utilize them further. The results of the analysis of the gene sequence are important indicators for species of organisms, classification of genetic diversity and phylogenetic classification. In this study, clustering is performed through sequencing of living organisms to identify predominant organisms in a specific environment or region with only gene sequences, and to characterize the environment and regions where organisms are found. Furthermore, the aim is to determine the habitat from which the organism originated by only analyzing the gene sequence through distribution of biological communities. This research is expected to be useful in the forensic science for crime investigation such as the trace of crime occurrence place.
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