SSR marker와 엽록체 염기서열 변이를 활용한 한국춘란 특이분자 표지 개발 Development of Korea Cymbidium goeringii. specific marker using SSR marker and chloroplast sequence variation원문보기
식물체 총 70점을 수집하였다. 기존의 마커 정보를 이용하여 반복염기서열이 3bp 이상이며 PCR 단편의 크기가 150~350bp사이에 위치하며 PIC값이 높은 순서를 고려하여 총 106마커에 대해 PCR 조건을 확인하였다. Agarose gel에서 PCR여부를 확인하여 106개 마커 중 69개 마커에 대해 4품종으로 FA(fragment analyzer)를 이용하여 PCR 단편의 크기를 조사하여 S, A, B로 구분하였다. 단일 밴드를 보이는 마커를 S로 하고 마커 사용의 편이성을 기준으로 A, B 등급으로 구분하였다. 결과적으로 ...
식물체 총 70점을 수집하였다. 기존의 마커 정보를 이용하여 반복염기서열이 3bp 이상이며 PCR 단편의 크기가 150~350bp사이에 위치하며 PIC값이 높은 순서를 고려하여 총 106마커에 대해 PCR 조건을 확인하였다. Agarose gel에서 PCR여부를 확인하여 106개 마커 중 69개 마커에 대해 4품종으로 FA(fragment analyzer)를 이용하여 PCR 단편의 크기를 조사하여 S, A, B로 구분하였다. 단일 밴드를 보이는 마커를 S로 하고 마커 사용의 편이성을 기준으로 A, B 등급으로 구분하였다. 결과적으로 다형성을 보이는 27개 마커 중 S급 마커는 8개였다. 또 다형성은 없지만 S급 마커가 9개 선발되었다. 전체 69 마커 중 52개 마커를 S, A, B 로 구분되었고 나머지 17개 마커는 PCR 조건의 조정이 필요했다. CLC SMG222 엽록체 유전체와 중국 춘란(NC_ 028524) 엽록체 유전체를 염기서열 정보를 비교 분석한 결과 370 InDel이 발견되어 이 중에서 10bp이상인 부위를 선발하여 마커를 제작하였다. 19개 품종을 사용하여 용도별로 한국과 중국춘란, 국내 품종에 이용 가능한 마커 적합성을 판정하였고 국내 품종을 구분하는 마커로는 ID48067, ID12838 적당하였고, 한국과 중국춘란 구분에는 ID116414, ID102357, 중국 품종 구분에는 ID1520, ID3480, ID58556, ID76063, ID78919, ID15557, ID133740, ID73915, ID97251, ID110602이 적합하였다. 이 중에서 한국과 중국 춘란을 구분할 수 있는 ID 76063, 중국 품종을 구분할 수 있는 ID1520, ID3480 을 사용하여 한국 춘란, 중국 춘란 대만 춘란 한란, 혜란 70점을 UPGMA에 적용시켜보니 한국 수집종 또는 한국 자원이 모본인 교배종, 일본 춘란이 모본인 교배종, 한란이 모본인 교배종이 유사하였고 중국 춘란과 중국 춘란이 모본인 교배종, 대만 품종, 헤란이 모본인 교배종이 유전적 거리가 가까웠다.
식물체 총 70점을 수집하였다. 기존의 마커 정보를 이용하여 반복염기서열이 3bp 이상이며 PCR 단편의 크기가 150~350bp사이에 위치하며 PIC값이 높은 순서를 고려하여 총 106마커에 대해 PCR 조건을 확인하였다. Agarose gel에서 PCR여부를 확인하여 106개 마커 중 69개 마커에 대해 4품종으로 FA(fragment analyzer)를 이용하여 PCR 단편의 크기를 조사하여 S, A, B로 구분하였다. 단일 밴드를 보이는 마커를 S로 하고 마커 사용의 편이성을 기준으로 A, B 등급으로 구분하였다. 결과적으로 다형성을 보이는 27개 마커 중 S급 마커는 8개였다. 또 다형성은 없지만 S급 마커가 9개 선발되었다. 전체 69 마커 중 52개 마커를 S, A, B 로 구분되었고 나머지 17개 마커는 PCR 조건의 조정이 필요했다. CLC SMG222 엽록체 유전체와 중국 춘란(NC_ 028524) 엽록체 유전체를 염기서열 정보를 비교 분석한 결과 370 InDel이 발견되어 이 중에서 10bp이상인 부위를 선발하여 마커를 제작하였다. 19개 품종을 사용하여 용도별로 한국과 중국춘란, 국내 품종에 이용 가능한 마커 적합성을 판정하였고 국내 품종을 구분하는 마커로는 ID48067, ID12838 적당하였고, 한국과 중국춘란 구분에는 ID116414, ID102357, 중국 품종 구분에는 ID1520, ID3480, ID58556, ID76063, ID78919, ID15557, ID133740, ID73915, ID97251, ID110602이 적합하였다. 이 중에서 한국과 중국 춘란을 구분할 수 있는 ID 76063, 중국 품종을 구분할 수 있는 ID1520, ID3480 을 사용하여 한국 춘란, 중국 춘란 대만 춘란 한란, 혜란 70점을 UPGMA에 적용시켜보니 한국 수집종 또는 한국 자원이 모본인 교배종, 일본 춘란이 모본인 교배종, 한란이 모본인 교배종이 유사하였고 중국 춘란과 중국 춘란이 모본인 교배종, 대만 품종, 헤란이 모본인 교배종이 유전적 거리가 가까웠다.
※ AI-Helper는 부적절한 답변을 할 수 있습니다.