우량송아지란 성장, 번식 등 경제적인 측면에서 우수한 능력을 가지고 있는 개체를 뜻하며, 농가소득에 큰 영향을 미친다. 우량송아지를 생산하기 위해서는 체계적이고 지속적인 한우 개량이 필요하며, 이를 위해 부모의 유전능력을 확인하고 선발하는 것이 중요하다. 본 연구는 암소 개량을 위한 기초자료를 구축하기 위해 경남지역 한우 암소의 혈통 및 유전체정보를 활용하여 BLUP과 GBLUP 방법으로 육종가와 정확도를 추정하고, 이들을 비교 분석하였다. 본 연구에 사용된 검정집단은 경남지역 한우 암소 33,128두이며, 검정집단의 혈통정보를 이용하여 BLUP 방법으로 육종가(EBV)를 추정하였다. 그리고 분석 방법에 따른 른 유전모수의 변화를 확인하고자 유전체정보를 보유하고 있는 414두를 GBLUP 방법으로 유전체육종가(GEBV) 추정하였다. BLUP 방법에 사용한 참조집단은 혈통정보와 표현형정보를 보유하고 있는 545,483두이며, GBLUP 방법에 사용한 참조집단은 유전체정보와 표현형정보를 보유하고 있는 15,026두이다. 분석에 사용한 표현형은 ...
우량송아지란 성장, 번식 등 경제적인 측면에서 우수한 능력을 가지고 있는 개체를 뜻하며, 농가소득에 큰 영향을 미친다. 우량송아지를 생산하기 위해서는 체계적이고 지속적인 한우 개량이 필요하며, 이를 위해 부모의 유전능력을 확인하고 선발하는 것이 중요하다. 본 연구는 암소 개량을 위한 기초자료를 구축하기 위해 경남지역 한우 암소의 혈통 및 유전체정보를 활용하여 BLUP과 GBLUP 방법으로 육종가와 정확도를 추정하고, 이들을 비교 분석하였다. 본 연구에 사용된 검정집단은 경남지역 한우 암소 33,128두이며, 검정집단의 혈통정보를 이용하여 BLUP 방법으로 육종가(EBV)를 추정하였다. 그리고 분석 방법에 따른 른 유전모수의 변화를 확인하고자 유전체정보를 보유하고 있는 414두를 GBLUP 방법으로 유전체육종가(GEBV) 추정하였다. BLUP 방법에 사용한 참조집단은 혈통정보와 표현형정보를 보유하고 있는 545,483두이며, GBLUP 방법에 사용한 참조집단은 유전체정보와 표현형정보를 보유하고 있는 15,026두이다. 분석에 사용한 표현형은 도체중, 등심단면적, 등지방두께, 근내지방도이며 두 분석방법의 data quality control을 실시하여 혈연관계행렬(numeric relationship matrix, NRM)과 유전체혈연관계행렬(genomic relationship matrix, GRM)을 구축하였고 BLUPF90 program을 사용하여 유전모수 및 육종가를 추정하였다. 검정집단 33,128두를 대상으로 BLUP 방법으로 추정한 결과로 혈통구조에 따른 육종가 변화는 2010년 이후 혈통등록우 비율과 육종가 수치가 증가하였다. 유전력은 도체중, 등심단면적, 등지방두께, 근내지방도에서 각각 0.587, 0.416, 0.476, 0.571로 추정되었다. 유전상관은 도체중 기준으로 등심단면적, 등지방두께, 근내지방도에서 0.576, 0.355, 0.152이며 등심단면적 기준으로 등지방두께, 근내지방도에서 –0.024, 0.469이고 등지방두께 기준으로 근내지방도는 0.029로 추정되었다. 2010년 이후에 실시한 쇠고기 이력제의 친자확인 사업과 농가의 혈통정보 중요성에 대한 인식변화로 한우의 혈통정보가 체계적으로 관리되었음을 확인하였고 경남지역 한우 암소의 유전능력은 충분히 개량 가치가 있으며, 우량 암소 선발에 이용한다면 개량효율을 높일 수 있을 것이다. 혈통 및 유전체정보를 가진 414두를 대상으로 BLUP과 GBLUP 방법으로 추정한 결과를 비교하였다. 도체중, 등심단면적, 등지방두께, 근내지방도의 BLUP 방법으로 추정한 유전력은 0.587, 0.416, 0.476, 0.571이며, GBLUP 방법으로 추정한 유전력은 0.316, 0.307, 0.325, 0.413으로 추정되었고 정확도는 BLUP 방법에서 0.495, 0.489, 0.491, 0.494이며, GBLUP 방법은 0.676, 0.672, 0.679, 0.709로 추정되었다. 유전력는 GBLUP 방법이 낮게 나타났으나 정확도는 높게 나타났다. 유전체정보 기반으로 구축된 GRM은 멘델리안 샘플링의 효과를 포함하여 구축하기 때문에 기존의 혈연계수보다 다양하고 정확한 수치를 가진다. 이를 통해 유전체육종가를 추정하는 GBLUP 방법이 더욱 정확하다고 생각된다. 그리고 공통으로 가지고 있는 SNP마커의 유전자형을 활용한 유전적 유사도(identity by state)로 정확도를 추정하기 때문에 적은 참조집단 크기로 높은 정확도를 추정할 수 있어 GBLUP 방법이 효율적이라고 생각한다. 본 연구결과로 선발 시 기존의 BLUP 방법보다 유전체정보를 활용한 GBLUP 방법이 정확하며 효율적이라고 판단되며, GBLUP 방법으로 추정된 높은 정확도와 정밀한 개체 선발로 우량 암소 집단을 구축한다면 우량송아지 생산 효율이 향상될 것이라 생각된다.
우량송아지란 성장, 번식 등 경제적인 측면에서 우수한 능력을 가지고 있는 개체를 뜻하며, 농가소득에 큰 영향을 미친다. 우량송아지를 생산하기 위해서는 체계적이고 지속적인 한우 개량이 필요하며, 이를 위해 부모의 유전능력을 확인하고 선발하는 것이 중요하다. 본 연구는 암소 개량을 위한 기초자료를 구축하기 위해 경남지역 한우 암소의 혈통 및 유전체정보를 활용하여 BLUP과 GBLUP 방법으로 육종가와 정확도를 추정하고, 이들을 비교 분석하였다. 본 연구에 사용된 검정집단은 경남지역 한우 암소 33,128두이며, 검정집단의 혈통정보를 이용하여 BLUP 방법으로 육종가(EBV)를 추정하였다. 그리고 분석 방법에 따른 른 유전모수의 변화를 확인하고자 유전체정보를 보유하고 있는 414두를 GBLUP 방법으로 유전체육종가(GEBV) 추정하였다. BLUP 방법에 사용한 참조집단은 혈통정보와 표현형정보를 보유하고 있는 545,483두이며, GBLUP 방법에 사용한 참조집단은 유전체정보와 표현형정보를 보유하고 있는 15,026두이다. 분석에 사용한 표현형은 도체중, 등심단면적, 등지방두께, 근내지방도이며 두 분석방법의 data quality control을 실시하여 혈연관계행렬(numeric relationship matrix, NRM)과 유전체혈연관계행렬(genomic relationship matrix, GRM)을 구축하였고 BLUPF90 program을 사용하여 유전모수 및 육종가를 추정하였다. 검정집단 33,128두를 대상으로 BLUP 방법으로 추정한 결과로 혈통구조에 따른 육종가 변화는 2010년 이후 혈통등록우 비율과 육종가 수치가 증가하였다. 유전력은 도체중, 등심단면적, 등지방두께, 근내지방도에서 각각 0.587, 0.416, 0.476, 0.571로 추정되었다. 유전상관은 도체중 기준으로 등심단면적, 등지방두께, 근내지방도에서 0.576, 0.355, 0.152이며 등심단면적 기준으로 등지방두께, 근내지방도에서 –0.024, 0.469이고 등지방두께 기준으로 근내지방도는 0.029로 추정되었다. 2010년 이후에 실시한 쇠고기 이력제의 친자확인 사업과 농가의 혈통정보 중요성에 대한 인식변화로 한우의 혈통정보가 체계적으로 관리되었음을 확인하였고 경남지역 한우 암소의 유전능력은 충분히 개량 가치가 있으며, 우량 암소 선발에 이용한다면 개량효율을 높일 수 있을 것이다. 혈통 및 유전체정보를 가진 414두를 대상으로 BLUP과 GBLUP 방법으로 추정한 결과를 비교하였다. 도체중, 등심단면적, 등지방두께, 근내지방도의 BLUP 방법으로 추정한 유전력은 0.587, 0.416, 0.476, 0.571이며, GBLUP 방법으로 추정한 유전력은 0.316, 0.307, 0.325, 0.413으로 추정되었고 정확도는 BLUP 방법에서 0.495, 0.489, 0.491, 0.494이며, GBLUP 방법은 0.676, 0.672, 0.679, 0.709로 추정되었다. 유전력는 GBLUP 방법이 낮게 나타났으나 정확도는 높게 나타났다. 유전체정보 기반으로 구축된 GRM은 멘델리안 샘플링의 효과를 포함하여 구축하기 때문에 기존의 혈연계수보다 다양하고 정확한 수치를 가진다. 이를 통해 유전체육종가를 추정하는 GBLUP 방법이 더욱 정확하다고 생각된다. 그리고 공통으로 가지고 있는 SNP 마커의 유전자형을 활용한 유전적 유사도(identity by state)로 정확도를 추정하기 때문에 적은 참조집단 크기로 높은 정확도를 추정할 수 있어 GBLUP 방법이 효율적이라고 생각한다. 본 연구결과로 선발 시 기존의 BLUP 방법보다 유전체정보를 활용한 GBLUP 방법이 정확하며 효율적이라고 판단되며, GBLUP 방법으로 추정된 높은 정확도와 정밀한 개체 선발로 우량 암소 집단을 구축한다면 우량송아지 생산 효율이 향상될 것이라 생각된다.
A Elite calf is an entity that has excellent ability in economic aspects such as growth and production, and has a direct impact on farm income. A systematic and continuous improvement of Hanwoo cattle is necessary to produce elit calf, and it is important to evaluate genetic ability and select paren...
A Elite calf is an entity that has excellent ability in economic aspects such as growth and production, and has a direct impact on farm income. A systematic and continuous improvement of Hanwoo cattle is necessary to produce elit calf, and it is important to evaluate genetic ability and select parent. Therefore, this study was conducted to estimated and compared breeding value(BV) and accuracy to between by best linear unbiased prediction(BLUP) and genomic best linear unbiased prediction(GBULP) method using pedigree and genotype of Hanwoo cow in Gyeongnam construction of Hanwoo cow improvement data. This study used 33,128 cows of Hanwoo in Gyeongnam. The estimated breeding value(EBV) was estimated by BLUP method using pedigree of test population. In order to confirm the change of genetic parameter according to the analysis method, 414 cows has genotype were estimated genomic breeding value(GEBV) by GBLUP method. Reference population used in BLUP method was 545,483 heads for pedigree and phenotpye, whlie reference population using in GBLUP method was 15,026 heads, for genotype and phenotpye. This study analyzed carcass weight(CWT), eye muscle area(EMA), backfat thickness(BFT) and marbling score(MS). Numeric relationship matrix(NRM) and genomic relationship matrix(GRM) were constructed by data quality control of the two analysis methods, and genetic parameter were estimated used BLUPF90 program. As a result of the BLUP method for 33,128 heads, changes in EBV according to the pedigree structure have increased pedigree grade and EBV of Hanwoo, since 2010. Heritability was estimated at 0.587, 0.416, 0.476 and 0.571 in CWT, EMA, BFT and MS, respectively. Genetic correlation of CWT with EMA, BFT and MS were at 0.576, 0.355 and 0.152, respectively. Genetic correlation of EMA with BFT and MS were at –0.024 and 0.469, respectively. Genetic correlation between to BFT and MS were 0.029. Hanwoo pedigree was systematically managed due to the paternity project of traceability system and the importance of pedigree at farms. As a result, EBV of Hanwoo cow in Gyeongnam has been sufficiently improved. And it used for cow selection, the improvement could be increased. As a result of the BLUP and GBLUP method for 414 heads, heritability in BLUP method was estimated at 0.587, 0.416, 0.476 and 0.571 in CWT, EMA, BFT and MS, respectively. while GBLUP method was estimated at 0.316, 0.307, 0.325 and 0.413, respectively. Accuracy in BLUP method was estimated 0.495, 0.489, 0.491 and 0.494, respectively in CWT, EMA, BFT and MS. GBLUP method was estimated to 0.676, 0.672, 0.679 and 0.709, respectively. As a result of compared heritability and accuracy estimated by the BLUP and GBLUP methods, GBLUP method showed low heritability and high accuracy. This reason, GRM constructed on base of genotpye including the effects of Mendelian sampling, which showed genetic differences among individuals. GRM had more genetic diverse and accurate values than pedigree coefficient, the GBLUP method for GEBV was more accurate. Accuracy was estimated using identity by state(IBD) through the gnotypes of common SNP marker, the GBLUP method was considered efficient because high accuracy could be estimated by small reference population size. As a result of this study, GBLUP method was more accurate and efficient than pedigree BLUP method for selection. If cow selection considering high accuracy and genetic difference between individual estimated by GBLUP method, it was thought that production efficiency of the elite calf would be improved.
A Elite calf is an entity that has excellent ability in economic aspects such as growth and production, and has a direct impact on farm income. A systematic and continuous improvement of Hanwoo cattle is necessary to produce elit calf, and it is important to evaluate genetic ability and select parent. Therefore, this study was conducted to estimated and compared breeding value(BV) and accuracy to between by best linear unbiased prediction(BLUP) and genomic best linear unbiased prediction(GBULP) method using pedigree and genotype of Hanwoo cow in Gyeongnam construction of Hanwoo cow improvement data. This study used 33,128 cows of Hanwoo in Gyeongnam. The estimated breeding value(EBV) was estimated by BLUP method using pedigree of test population. In order to confirm the change of genetic parameter according to the analysis method, 414 cows has genotype were estimated genomic breeding value(GEBV) by GBLUP method. Reference population used in BLUP method was 545,483 heads for pedigree and phenotpye, whlie reference population using in GBLUP method was 15,026 heads, for genotype and phenotpye. This study analyzed carcass weight(CWT), eye muscle area(EMA), backfat thickness(BFT) and marbling score(MS). Numeric relationship matrix(NRM) and genomic relationship matrix(GRM) were constructed by data quality control of the two analysis methods, and genetic parameter were estimated used BLUPF90 program. As a result of the BLUP method for 33,128 heads, changes in EBV according to the pedigree structure have increased pedigree grade and EBV of Hanwoo, since 2010. Heritability was estimated at 0.587, 0.416, 0.476 and 0.571 in CWT, EMA, BFT and MS, respectively. Genetic correlation of CWT with EMA, BFT and MS were at 0.576, 0.355 and 0.152, respectively. Genetic correlation of EMA with BFT and MS were at –0.024 and 0.469, respectively. Genetic correlation between to BFT and MS were 0.029. Hanwoo pedigree was systematically managed due to the paternity project of traceability system and the importance of pedigree at farms. As a result, EBV of Hanwoo cow in Gyeongnam has been sufficiently improved. And it used for cow selection, the improvement could be increased. As a result of the BLUP and GBLUP method for 414 heads, heritability in BLUP method was estimated at 0.587, 0.416, 0.476 and 0.571 in CWT, EMA, BFT and MS, respectively. while GBLUP method was estimated at 0.316, 0.307, 0.325 and 0.413, respectively. Accuracy in BLUP method was estimated 0.495, 0.489, 0.491 and 0.494, respectively in CWT, EMA, BFT and MS. GBLUP method was estimated to 0.676, 0.672, 0.679 and 0.709, respectively. As a result of compared heritability and accuracy estimated by the BLUP and GBLUP methods, GBLUP method showed low heritability and high accuracy. This reason, GRM constructed on base of genotpye including the effects of Mendelian sampling, which showed genetic differences among individuals. GRM had more genetic diverse and accurate values than pedigree coefficient, the GBLUP method for GEBV was more accurate. Accuracy was estimated using identity by state(IBD) through the gnotypes of common SNP marker, the GBLUP method was considered efficient because high accuracy could be estimated by small reference population size. As a result of this study, GBLUP method was more accurate and efficient than pedigree BLUP method for selection. If cow selection considering high accuracy and genetic difference between individual estimated by GBLUP method, it was thought that production efficiency of the elite calf would be improved.
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