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문제 정의
- 따라서 폴딩 문제는 왜 그리고 어떻게 이러한 과정이 일어나는지를 결정하는 일이며, 폴딩과정 동안에 일어나는 구조 변화와 이러한 변화를 지배하는 작용을 해석하는 일이다. 폴딩 연구의 중요한 목표는 아미노산 서열, chain topology, pH, 염농도, 온도 등과 같은 인자들이 폴딩 과정의 속도와 열역학에 미치는 효과에 대한 정량적인 예측을 가능케 하는 모델을 개발하는 데 있다. 그러한 모델의 개발은 폴딩 과정 중에 나타나는 여러 다른 폴딩 중간체들의 구조적, 열역학적 특성과 이들 중간체들 사이에서의 변화 속도에 대한 자세한 지식이 요구된다.
가설 설정
- Nucleation/growth model은 서로 인접한 아미노산들이 하나의 native 구조를 형성하고 이를 핵으로 하여 순차적으로 native한 구조가 만들어진다고 가정하였다 [6], 따라서 3차 구조는 2차 구조의 결과로 만들어지게 된다. Hydrophobic collapse moc이은 폴딩 초기 단계에 소수성(hydrophobic) side chain 들이 용매 인 물로부터 감추어지며(hydr이아iobic collapse), molten globlue 이라고 불리우는 중간 단계를 형성하고 이후 재배열(rearrangement)을 통해 native 3차 구조를 형성한다고 가정한다 [7, 8].여기서는 3차 구조형성 후에 2차구 조가 만들어진다.
- Framework model (or diffusion- collision-adhesion model) 은 native한 2차 구조들이 먼저 형성되고 이들 2차 구조가 diffusion-collision 기작에 의해 native한 3차 구조를 형성하는 것으로 가정하고 있 다 [4, 5]. Nucleation/growth model은 서로 인접한 아미노산들이 하나의 native 구조를 형성하고 이를 핵으로 하여 순차적으로 native한 구조가 만들어진다고 가정하였다 [6], 따라서 3차 구조는 2차 구조의 결과로 만들어지게 된다. Hydrophobic collapse moc이은 폴딩 초기 단계에 소수성(hydrophobic) side chain 들이 용매 인 물로부터 감추어지며(hydr이아iobic collapse), molten globlue 이라고 불리우는 중간 단계를 형성하고 이후 재배열(rearrangement)을 통해 native 3차 구조를 형성한다고 가정한다 [7, 8].
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