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단백질 경로 분석 시스템의 설계 및 구현
Design and Implementation of Protein Pathway Analysis System 원문보기

한국콘텐츠학회논문지 = The Journal of the Korea Contents Association, v.5 no.6, 2005년, pp.31 - 40  

이재권 (충북대학교 정보통신공학과) ,  강태호 (충북대학교 정보통신공학과) ,  이영훈 (충북대학교 정보통신공학과) ,  유재수 (충북대학교 전기전자컴퓨터공학부)

초록
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포스트 게놈 시대에는 단백질에 대한 연구의 필요성이 증대되고 있다. 특히 단백질-단백질 상호작용 및 단백질 네트워크에 대한 연구를 기반으로 전체 생물 체계를 분석하는 연구가 중요하게 대두되고 있다. 기존에 생물학자들이 실험을 통해서 증명한 사실들을 논문이나 기타 매체를 통해서 공개를 하고 있다. 하지만 공개된 정보의 양이 방대하므로 생물학자들이 정보를 효율적으로 이용하지 못하는 경우가 많다. 다행히도 인터넷의 발달로 하루에도 수 없이 쏟아져 나오는 연구 성과들에 쉽게 접근이 가능해졌다. 이러한 매체로부터 생물학적 의미를 가지는 정보를 효과적으로 추출하는 일이 중요하게 대두되었다. 따라서 본 연구에서는 인터넷상에 공개된 다량의 논문 및 기타 정보 매체로부터 단백질 정보를 추출한 데이터베이스로부터 단백질 네트워크를 구성하고, 단백질 네트워크를 통해서 생물학적 의미를 가지는 여러가지 경로 분석 알고리즘을 설계하고 구현한다.

Abstract AI-Helper 아이콘AI-Helper

In the post-genomic era, researches on proteins as well as genes have been increasingly required. Particularly, work on protein-protein interaction and protein network construction have been recently establishing. Most biologists publish their research results through papers or other media. However,...

주제어

AI 본문요약
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문제 정의

  • 본 논문에서는 단백질-단백질 네트워크를 구축하고 구축한 단백질 네트워크를 통해서 단백질 경로 분석을 할 수 있는 시스템을 설계하고 구현하였다. 단백질 경로 분석 시스템에서는 두 단백질 사이의 최단 경로검색, 상호관계 특성에 따라 부여된 가중치가 높은 경로를 분석, 단백질의 생물학적인 기능에 따른 경로 분석 등의 기본적인 분석 알고리즘을 제시하였고, 기본 알고리즘을 복합적으로 적용하여 단계적으로 검색할 수 있도록 하는 복합 알고리즘을 개발하여 제시하였다.
  • 본 논문에서는 단백질-단백질 상호작용 (PPI : Protein to Protein Interaction) 정보가 들어있는 데이터베이스로부터 단백질 네트워크를 구성하고, 구성된 네트워크를 이용하여 생물학적 의미를 찾을 수 있는 경로 분석 시스템을 구현한다. 사용자의 편의성을 위해서 시스템을 쉽게 사용할 수 있는 GUKGraphic User Interface)를 제공함으로써 생화학자들이 쉽게 사용할 수 있도록 했다.
  • 의미를 찾을 수 있는 다양한 알고리즘을.추가 개발하고 사용자가 직관적으로 파악하면서 다양한 분석을 수행 할 수 있는 시각화 모듈을 개발하고자 한다.
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