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문제 정의
- 정량 분석에 있다. 단백질들이 세포 내의 환경 변화에 따라 어떤 변화를 보이는지, 시료에 따라 어떤 차이를 보이는지를 단백질 하나하나에 대한 분석이 아닌, 단백질 전체, 즉 프로테옴(proteome)의 패턴 변화에 의해 분석하고자 한다. 프로테오믹스에서의 정량분석은 2D-gel에서 스팟의 크기와 진하기로 단백질의 양을 가늠하는 기본적인 분석 방법과 펩타이드의 질량 스펙트럼으로부터 단백질의 양적 정보를 계산하는 방법으로 분류하여 생각할 수 있다.
가설 설정
- 방법이 사용되었다.5) PAI 는 시료에 많이 포함되어 있는 단백질에 포함되어 있는 펩타이드 서열이 탄 뎀 질량스펙트럼에서 많이 발견된다는 가정에 근거 한다. 이 에 따라 PAI는 단백질에 포함된 펩 타이드가 질량 스펙트럼에서 발견된 횟수로 단백질의 양을 추정한다.
- 하지만, 이러한 방법에서도 오차 요인은 항상 존재하며, 이를 보정하는 정규화 작업이 필요하다. 이때의 정규화 작업은 두 시료에서 상당 부분 많은 단백질들의 발현량이 변하지 않는다는 가정하에 이루어진다. 즉, 두 시료가 크게 다르지는 않은 상황으로 대다수의 단백질에는 발현량의 차이가 없다는 가정을 이용하면, 전체 시료에서 나타나는 공통적인 오차 요인을 정규화 작업으로 보정할 수 있다.
- 두 실험에서 얻은스펙트럼들을 정렬, 정규화 과정에 의해 분석한다. 정규화는 라벨링 방법에서의 정규화와 같이 대다수의 단백질이 양적인 차이가없다는 가정 하에 Scatter plot 의 분석에 의해 계산된다.
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