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문제 정의
- 비교 분석하고 있다. LTRQong terminal repeat)의 유사성을 이용해 12개의 종에 공통적으로 풍부하게 분포하는 element나 종별로 특별하게 분포하는 element, 또는 종별로 다른 양으로 존재하는 element를 밝힘으로 repeat과 speciation의 관계를 연구하는데 그 목적을 둔다. 그 결과의한 예로서 Atlantys element의 경우는 12개종에 모두 분포하며, BB, CC, BBCC, CCDD, GG 유전자형의 종에 현저 하게 많은 양으로 분포하는 것을 볼 수 있었다 (Fig.
- 보다 세분화된 연구 목표를 살펴보면 1) 10개의 다른 유전자형을 대표하는 11 개의 야생벼와 1개의 아프리카 재배벼의 10X의 genome coverage를 가지는 BAC 라이브러 리 제작, 2) 제작된 12개의 BAC 라이브러리에 대한 血gerprinting 과 BAC end sequence (BES) 데이타베이스 확립, 3)제작된 fingerprinting 데이타를 이용한 12개의Oryza 종들의 물리지도 작성 및 작성된 지도의 IRGSP genaiB sequence로의 align, 4) 벼유전체 염기서열을 이용한 12개의 Oryza 종들의 염색체 1, 3, 10번 재건 (reconstruction) 으로 요약할 수 있다. 이 프로젝트는 冲년 9월에 시작되었으며, 지금부터는 OMAP의 진행상황과 결과를 이용한 연구들에 대해 언급해 보고자 한다
- 이 프로젝트는 지놈프로젝트의 결과를 이용한 큰 규모 (NSWDBI-0321678; $9, 743, 546)의 차기 연구라는데 의의 있으며, IRGSP의 우수한sequence와 그 구조적, 기능적 정보가 이 연구의 탄탄한 시작점이 될 것이다. 이글을 통해 필자는 OMAP 프로젝트의 직접적인 수행 맴버로서 이 프로젝트의 개요와 현재까지의 진행 상황과 성과, 그 결과를 이용한 최근의 야생벼에 대한 연구를 소개하여 post-sequencing 시대의 연구 동향과 전망을 그려보고자 한다.
- 이에 OMAP 그룹은 IRGSP 지놈 sequence를 기초로 하여 야생벼 간의 비교 유전체 연구 플랫폼을 갖추려는 Oryza Map Alignment Project (OMAP) 를 착수하였다. 이는 단일 genus 에 대해 진화, 발달, 유전체의 구조, 배수체화, 순화, 유전자의 조절적 네트웍 및 작물의 개량과 같은 연구을 위한 유전자 수준의 closed experimental system을 구죽하는것을 목표로 하고 있다. 보다 세분화된 연구 목표를 살펴보면 1) 10개의 다른 유전자형을 대표하는 11 개의 야생벼와 1개의 아프리카 재배벼의 10X의 genome coverage를 가지는 BAC 라이브러 리 제작, 2) 제작된 12개의 BAC 라이브러리에 대한 血gerprinting 과 BAC end sequence (BES) 데이타베이스 확립, 3)제작된 fingerprinting 데이타를 이용한 12개의Oryza 종들의 물리지도 작성 및 작성된 지도의 IRGSP genaiB sequence로의 align, 4) 벼유전체 염기서열을 이용한 12개의 Oryza 종들의 염색체 1, 3, 10번 재건 (reconstruction) 으로 요약할 수 있다.
- 분야였었다. 이에 OMAP 그룹은 IRGSP 지놈 sequence를 기초로 하여 야생벼 간의 비교 유전체 연구 플랫폼을 갖추려는 Oryza Map Alignment Project (OMAP) 를 착수하였다. 이는 단일 genus 에 대해 진화, 발달, 유전체의 구조, 배수체화, 순화, 유전자의 조절적 네트웍 및 작물의 개량과 같은 연구을 위한 유전자 수준의 closed experimental system을 구죽하는것을 목표로 하고 있다.
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