선택한 단어 수는 입니다.
최소 단어 이상 선택하여야 합니다.
최소 단어 이상 선택하여야 합니다.
선택한 단어 수는 30입니다.
최대 10 단어까지만 선택 가능합니다.
최대 10 단어까지만 선택 가능합니다.
문제 정의
- 본 연구는 URP-PCR 방법을 이용하여 국내에서 등록된 65 느타리버섯 품종의 유전적 특성을 조사하여 느타리버섯 품종구분을 위한 표준지표 자료를 제공하고, 우리 고유 버섯품종개발을 위한 육종의 기초 자료로 이용하고자 실시하였다.
제안 방법
- 65개 느타리 품종간 유전적 유사도를 분석하기 위하여 URP2F, URP6R, URP4R, URP2R primer에 의하여 증폭된 PCR 다형성 밴드를 이용하여 품종간 band유무에 따라 NTSYS-pc의 UPGMA program으로 dendrogram을 작성하였다(Fig. 2). 그 결과 7개의 groupAS 분류되었으며 group 간에는 60에서 90% 이상의 다양한 유연관계를 보였다.
- Fig. 1 은 URP6R과 URP2F에 의하여 PCR증폭된 65개 느타리품종의 PCR 다형성 밴드를 보여주고 있으며 URP2F primer는 품종간 15 type으로 품종간의 PCR 다형성을 생산하였다. 전복느타리 , 여름느타리, 큰느타리는 일반 느타리 59품종과 구별된 독특한 PCR 다형성 밴드를 형성하였으나, 사철느타리 2품종은 일반느타리 품종과 유사한 PCR 다형성 밴드를 형성하였다.
- Genomic DNA를 분리하기 위하여 7일간 PDA(potato dextrose agar)에서 배양한 다음 직경 5 mm의 균사체를 5 ml의 PD broth 배지에서 옮긴 후 진탕배양(120 rpm)으로 균주에 따라 20에서 30일간 배양하여 균사체를 여지에 걸러낸 다음 동결건조를 하였다. 동결건조한 균사체를 이쑤시게로 곱게 마쇄한 다음 1.
- (2002)에의하여 보고된 20mer의 염기로 구성된 12개의 URP primer가 이용되었다(Table 2). PCR반응 용액은 10 mM Tris-HCl(pH 8.0), 50 mM KC1, 1.5 mM MgCl2, 0.01% gelatin, 100 ng prime, 50 ng template DNA, 200 /zm dNTP, 및 2.5 unit Taq polymerase(Promega)를 넣고 전체반응용액은 50㎕가 되게 하였다. PTC-200(MJ.
- 5 unit Taq polymerase(Promega)를 넣고 전체반응용액은 50㎕가 되게 하였다. PTC-200(MJ. Reasearch 사)의 PCR기기를 이용하여 처음 DNA변성을 위하여 94℃에서 5분간, 그 후 cycle에서 DNA변성은 94℃에서 1분, annealinge 55℃에서 1분 및 DNA합성은 72℃에서 2분으로 총 36 cycle을 실시하였으며 , 최종 DNA합성은 7 분으로 하였다. 증폭된 PCR산물은 1.
- 12종류의 URP primer 중 6종류의 URP primer가 품종간의 PCR 다형성 분석에 유효하였으며, URP2F primer는 높은 PCR 다형성 밴드를 형성하면서 품종간 PCR다형성을 15 type으로 분류할 수 있었다. URP2F, URP6R, URP4R, URP2R에 의해 생성된 느타리품종의 PCR다형성 밴드가 유전적 유사도 산출에 이용되어 UPGMA cluster분석을 적용 dendrogram을 작성하였다. P.
- 본 연구에서는 국내 등록된 느타리버섯 품종의 유전적 특성을 분석하고자 Table 1의 일반느타리 (E ostreatus) 59 품종, 사철느타리 (P. florida) 2품종, 전복느타리 (, abalonus) 1품종, 여름느타리 (F. sajor-caju) 1품종, 큰 느타리 (F. eryngii) 2품종 등 총 65품종의 느타리버섯으로부터 추출된 genomic DNA를 이용하여 PCR 다형성 분석을 실시하였다. Kang et a/.
- Reasearch 사)의 PCR기기를 이용하여 처음 DNA변성을 위하여 94℃에서 5분간, 그 후 cycle에서 DNA변성은 94℃에서 1분, annealinge 55℃에서 1분 및 DNA합성은 72℃에서 2분으로 총 36 cycle을 실시하였으며 , 최종 DNA합성은 7 분으로 하였다. 증폭된 PCR산물은 1.5%의 agarose gel에서 전기영동 한 후 ethidium bromide 용액에 염색하여 UV lamp하에서 PCR 다형성밴드를 관찰하였다.
대상 데이터
- .(2002)에의하여 보고된 20mer의 염기로 구성된 12개의 URP primer가 이용되었다(Table 2). PCR반응 용액은 10 mM Tris-HCl(pH 8.
- 10 mg/ ml RNase 2 "를 넣어 37℃에서 30분 처 리하여 그 용액 속에 함유된 RNA를 제거하였다. DNA 함량을 측정하기 위하여 DNA를 100배로 희석하여 spectrophotometer의 260 nm의 파장에서 실시하였다.
- 본 시험에 사용된 균주는 경기도 버섯연구소에서 보존 중인 일반느타리 J ostreatus) 59품종, 사철느타리 (P. florida) 2품종, 전복느타리 (E abalonus) 1품종, 여름 느타리(P.sajor-caju) 1품종, 큰 느타리 (P. eryngii) 2품종 등 총 65품종을 공시하였다(Table 1).
- 일반 느타리 (R ostreatus) 59품종, 사철느타리 (7? floridd) 2품종, 여름느타리(P. sajor-caju) 1품종, 전복느타리/ abalonus) 1품종, 큰 느타리(P. eryngii) 2품종을 포함 하는 국내 등록된 총 65 느타리버섯 품종이 URP-PCR다 형성 분석 에 적용되었다. 12종류의 URP primer 중 6종류의 URP primer가 품종간의 PCR 다형성 분석에 유효하였으며, URP2F primer는 높은 PCR 다형성 밴드를 형성하면서 품종간 PCR다형성을 15 type으로 분류할 수 있었다.
이론/모형
- 65개 느타리품종에서 검출된 동일한 크기의 URP-PCR 다형성 밴드를 유무로 하여 database화 한 후 유사도(similarity coefficient)# 산출하고, dendrograme 위의 유사도의 값을 근거로 UPGMA(unweighted paired group methods with arithmatic average)법을 이용하여 작성하였다. 유연관계 분석을 위한 programe NTSYS(numerical taxonomy system using multivariate statiscal programs Ver.
- 유연관계 분석을 위한 programe NTSYS(numerical taxonomy system using multivariate statiscal programs Ver. 1.60)를이용하였다.
성능/효과
- Kang et a/.(2002a)에 의하여 개발된 12종류의 URP primer를 사용하여 그 적용성을 실험하였던 결과, URP2F, URP2R, URP4R, URP6R, URP9F, URP13R, URP17R, URP30가 6개에서 14개의 PCR 다형성 밴드를 증폭하면서 느타리버섯 품종 간의 PCR 다형성 검출에 적용할 수 있었다(Table 2). 특히 , URP2F와 URP6R primer는 품종 간의 유전적 특성을 구분할 수 있는 높은 PCR 다형성 밴드를 검출하여 매우 유용한 primer로 사료되었다.
- eryngii) 2품종을 포함 하는 국내 등록된 총 65 느타리버섯 품종이 URP-PCR다 형성 분석 에 적용되었다. 12종류의 URP primer 중 6종류의 URP primer가 품종간의 PCR 다형성 분석에 유효하였으며, URP2F primer는 높은 PCR 다형성 밴드를 형성하면서 품종간 PCR다형성을 15 type으로 분류할 수 있었다. URP2F, URP6R, URP4R, URP2R에 의해 생성된 느타리품종의 PCR다형성 밴드가 유전적 유사도 산출에 이용되어 UPGMA cluster분석을 적용 dendrogram을 작성하였다.
- Group 6과 Group 7은 outside group으로서 일반 느타리 그룹과는 별도의 품종군으로 분류되었다. Group 6은 전복 느타리가 속한 그룹이며 , Group 7은 큰느타리 품종이 속한 것으로서 큰느타리와 백송이 품종은 80% 이상의 유전적 유사도를 보였으며, 여름느타리와 67%의 유전적 유사도를 보였다.
- URP2F, URP6R, URP4R, URP2R에 의해 생성된 느타리품종의 PCR다형성 밴드가 유전적 유사도 산출에 이용되어 UPGMA cluster분석을 적용 dendrogram을 작성하였다. P. ostreatus의 품종군은 group 1에서 group 5까지를 포함하고 있었으며, 그룹간에 70% 이상의 유전적 유연관계를 보였으며 기 장려품종으로 보급된 원형느타리 1, 2, 3호와 춘추 1, 2호 농기 2-1, 농기201, 농기202 등 8품종은 group 1에서 4에 포함되어 있었다. group 5는 수한 및 신농 품종군이 밀접 한 유전적 유사도를 보여 특징적 인 품종군을 이루고 있었다.
- 전복느타리 , 여름느타리, 큰느타리는 일반 느타리 59품종과 구별된 독특한 PCR 다형성 밴드를 형성하였으나, 사철느타리 2품종은 일반느타리 품종과 유사한 PCR 다형성 밴드를 형성하였다. URP2F와 URP6R의 PCR 다형성 밴드를 기준으로 일반 느타리 버섯 59품종 간에 PCR다형성을 비교 검토한 결과 농기 1, 흑평, 경협, 수한3, 흑진주, 신농, 장안, 왕흑평, 농공, 신농13, 치악, 삼구 01, 흑백, 영농, 한라 2품종이 매우 유사한 또는 같은 PCR 양상을 보였으며, 춘추, 옥농, 일성2, 청풍2, 명월, 김제 10, 장안3, 김제8, 병소엽, 북평복게 간에 유사한 PCR 양상을 보였다. 일반느타리 품종 중 45%가 장려품종인 농기 춘추, 원형 품종과 유사한 품종형의 PCR 다형성을 나타내었다.
- 그 외에 신농46, 김제9, 수한, 신농94, 장안2, 신농12, 김제7, 농공99, 치악5, 치악7, 삼구5, 삼구88, 장안 7, 삼구황약, 홍림1, 농민 1, 장간PK, 금느타리3, 백송이, 소담 등은 위의 장려품종군에 속한 일반 느타리와는 차별되는 독특한 PCR 다형성 밴드를 형성하였다. 결론적으로 국내 등록된 느타리품종은 기 개발된 장려품종과 매우 유사한 유전적 특징을 보이는 품종그룹과 수 한 품종과 유사한 PCR 다형성 그룹, 그리고 이 두 품종군에 포함되지 않는 PCR 다형성 그룹이 포함되어 부분적으로 품종 간의 유전적 다양성을 보이고 있었다.
- 2). 그 결과 7개의 groupAS 분류되었으며 group 간에는 60에서 90% 이상의 다양한 유연관계를 보였다. 일반느타리 품종군은 Group 1에서 Group 5까지를 포함하고 있었으며 그룹 간에 70% 이상의 유전적 유연관계를 보였다.
- 따라서 현재 국내 등록된 품종들은 농촌진흥청 등에서 개발된 품종과 유사한 품종군과 이들과 다른 별개의 품종군을 이루고 있는 것으로 나타났다. 그러나 일부 품종 간에는 매우 유사 또는 같은 유전적 특성을 보임으로서 품종 이름과는 별도로 동일 품종에서 유래된 유전적 특성을 예상할 수 있었다.
- group 6의 경우는 수한 및 신농 품종군이 밀접한 유전적 유사도를 보여 특징적인 품종군을 이루고 있었다. 따라서 현재 국내 등록된 품종들은 농촌진흥청 등에서 개발된 품종과 유사한 품종군과 이들과 다른 별개의 품종군을 이루고 있는 것으로 나타났다. 그러나 일부 품종 간에는 매우 유사 또는 같은 유전적 특성을 보임으로서 품종 이름과는 별도로 동일 품종에서 유래된 유전적 특성을 예상할 수 있었다.
- 일반 느타리품종 모두를 각각 구별할 수 없었으나, 품종 간의 유전적 유사성을 예측할 수 있는 자료 또는 일부 품종의 동질성 여부를 판별하는데 유용하게 사용될 수 있을 것으로 사료되었다. 특히, 전에 농촌진흥청 등에서 장려품종으로 육성된 13개 느타리품종과 최근에 등록된 품종을 비교 분석 함으로서 group 1에서 group 5까지 장려품종과 높은 유전적 유사성을 보이는 것이 확인되었다.
- URP2F와 URP6R의 PCR 다형성 밴드를 기준으로 일반 느타리 버섯 59품종 간에 PCR다형성을 비교 검토한 결과 농기 1, 흑평, 경협, 수한3, 흑진주, 신농, 장안, 왕흑평, 농공, 신농13, 치악, 삼구 01, 흑백, 영농, 한라 2품종이 매우 유사한 또는 같은 PCR 양상을 보였으며, 춘추, 옥농, 일성2, 청풍2, 명월, 김제 10, 장안3, 김제8, 병소엽, 북평복게 간에 유사한 PCR 양상을 보였다. 일반느타리 품종 중 45%가 장려품종인 농기 춘추, 원형 품종과 유사한 품종형의 PCR 다형성을 나타내었다. 그 외에 신농46, 김제9, 수한, 신농94, 장안2, 신농12, 김제7, 농공99, 치악5, 치악7, 삼구5, 삼구88, 장안 7, 삼구황약, 홍림1, 농민 1, 장간PK, 금느타리3, 백송이, 소담 등은 위의 장려품종군에 속한 일반 느타리와는 차별되는 독특한 PCR 다형성 밴드를 형성하였다.
- 그 결과 7개의 groupAS 분류되었으며 group 간에는 60에서 90% 이상의 다양한 유연관계를 보였다. 일반느타리 품종군은 Group 1에서 Group 5까지를 포함하고 있었으며 그룹 간에 70% 이상의 유전적 유연관계를 보였다. Group 1은 가장 많은 25 느타리 품종이 포함된 그룹으로서 80% 이상의 근연적 유연관계를 이루고 있었다.
- , 2001, 2003a). 전 연구에서 URP primer를 이용하여 장려품종인 일반 느타리 9품종, 사철느타리 2품종, 여름느타리 2품종 등을 포함하는 총 13품종을 대상으로 PCR다 형성분석을 실시한 결과 원형느타리 1품종을 제외하고 느타리버섯의 품종 간 독특한 PCR다형성을 검출하여 느타리 종간, 종내품종 또는 계통간 유전적 특징구분에 매우 유용한 primer 로 확인되었다(Kang et al., 2001). 본 연구에서는 65개의 느타리 품종을 대상으로 URP primer의 적용성을 검증한 것으로서 URP2F와 URP6R primer는 향후 느타리 품종의 PCR profile 구축에 따른 품종간 유사성 검정에 효율적으로 이용 할 수 있을 것으로 사료되었다.
- 종합해 보면, 본 연구에 공시된 65개 느타리 품종은 종간에 뚜렷이 구분된 유전적 특성을 보였으며, 일반적으로 주로 농가에서 재배되고 있는 품종인 일반느타리 품종 내에서는 품종간의 높은 PCR다형성이 검출되었다. 일반 느타리품종 모두를 각각 구별할 수 없었으나, 품종 간의 유전적 유사성을 예측할 수 있는 자료 또는 일부 품종의 동질성 여부를 판별하는데 유용하게 사용될 수 있을 것으로 사료되었다.
- (2002a)에 의하여 개발된 12종류의 URP primer를 사용하여 그 적용성을 실험하였던 결과, URP2F, URP2R, URP4R, URP6R, URP9F, URP13R, URP17R, URP30가 6개에서 14개의 PCR 다형성 밴드를 증폭하면서 느타리버섯 품종 간의 PCR 다형성 검출에 적용할 수 있었다(Table 2). 특히 , URP2F와 URP6R primer는 품종 간의 유전적 특성을 구분할 수 있는 높은 PCR 다형성 밴드를 검출하여 매우 유용한 primer로 사료되었다.
- Group 4는 춘추계통이 속한 그룹으로 85% 이상의 품종간의 근연관계를 이루고 있었으며, 청풍과 명월 품종은 100%의 유전적 유사도를 보였다, Group 5는 수한을 포함하는 품종군으로 85%의 매우 근연적 유전적 유사도를 보이고 있었다. 특히, 신농46, 신농94, 장안 2호, 김제9, 수한, 신농12호, 김제7호 등이 95%에서 100%의 매우 밀접한 유전적 특징을 보여 주었다. Group 6과 Group 7은 outside group으로서 일반 느타리 그룹과는 별도의 품종군으로 분류되었다.
- 일반 느타리품종 모두를 각각 구별할 수 없었으나, 품종 간의 유전적 유사성을 예측할 수 있는 자료 또는 일부 품종의 동질성 여부를 판별하는데 유용하게 사용될 수 있을 것으로 사료되었다. 특히, 전에 농촌진흥청 등에서 장려품종으로 육성된 13개 느타리품종과 최근에 등록된 품종을 비교 분석 함으로서 group 1에서 group 5까지 장려품종과 높은 유전적 유사성을 보이는 것이 확인되었다. group 6의 경우는 수한 및 신농 품종군이 밀접한 유전적 유사도를 보여 특징적인 품종군을 이루고 있었다.
후속연구
- 본 연구의 URP-PCR 다 형성법으로 각각의 모든 품종간의 구별은 불가하였으나 품종의 유전적 특성 판별은 품종의 복제성, 특이성을 신속, 간단하게 적용할 수 있는 유용한 방법이 될 것으로 사료된다. 또한 품종 특이 DNA마커는 품종 육성을 위한 표지 인자로도 이용 가능하여 UPOV에 대비한 향후 우리나라고유 느타리버섯 품종개발에도 유용한 분자마커로 활용할 수 있을 것으로 사료된다.
- , 2001). 본 연구에서는 65개의 느타리 품종을 대상으로 URP primer의 적용성을 검증한 것으로서 URP2F와 URP6R primer는 향후 느타리 품종의 PCR profile 구축에 따른 품종간 유사성 검정에 효율적으로 이용 할 수 있을 것으로 사료되었다.
- 농가에 따라선 불량 품종 구입으로 인한 병해와 수확량 감소를 호소하고 있다. 본 연구의 URP-PCR 다 형성법으로 각각의 모든 품종간의 구별은 불가하였으나 품종의 유전적 특성 판별은 품종의 복제성, 특이성을 신속, 간단하게 적용할 수 있는 유용한 방법이 될 것으로 사료된다. 또한 품종 특이 DNA마커는 품종 육성을 위한 표지 인자로도 이용 가능하여 UPOV에 대비한 향후 우리나라고유 느타리버섯 품종개발에도 유용한 분자마커로 활용할 수 있을 것으로 사료된다.
※ AI-Helper는 부적절한 답변을 할 수 있습니다.