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핵산증폭용 특정 길이의 Primer 검색 프로그램
RCA-mer: A Web-Based Program Searching for Primer Candidates
원문보기
Korean journal of microbiology = 미생물학회지, v.44 no.2, 2008년, pp.164 - 167
조영훈 (한국폴리텍 바이오대학 바이오생명정보과) , 박기정 ((주)스몰소프트 정보기술연구소) , 이대상 (한국폴리텍 바이오대학 바이오생명정보과)
초록
PCR 방법과 더불어 최근 핵산증폭기법으로 주목받기 시작한 방법이 Rolling Circle Amplification (RCA) 기법을 응용한 것이다. 본 논문에서 RCA 기술을 활용하는 실험에 이용할 수 있는 특정 길이(N-mer)를 가진 primer의 후보 리스트를 vector 서열이나 특정 미생물 염색체 서열에서 검색할 수 있는 프로그램인 RCA-mer를 개발하였다. RCA-mer는 사용자의 염기서열을 입력으로 받아 이 서열을 대상으로 특정 길이의 N-mer에 대한 존재 유무에 대한 리스트의 후브를 웹으로 보여주는 기능을 가지고 있다. 또한 서로 다른 두 개의 염기서열들에 대해 N-mer가 공통으로 존재하는지, 한쪽 서열에만 존재하는지 확인할 수 있는 기능을 가지도록 개발하였다. 사용자는 선발된 primer 후보들로 부터 적절한 N-mer 서열을 선택하여 실제 RCA를 이용한 실험 곧바로 응용할 수 있도록 후보 primer를 선별하여 사용할 수 있도록 하였다.
Abstract
AI-Helper
Recently, rolling circle amplification (RCA) technique has been widely focused in the field of gene amplification just like PCR method. We have developed RCA-mer, which is a web-based program searching for primer candidates from a given sequence. It can be applied to find primer lists in DNA amplifi...
주제어
참고문헌 (8)
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저자의 다른 논문 :
- [본원] 대전광역시 유성구 대학로 245 한국과학기술정보연구원
- [분원] 서울시 동대문구 회기로 66 한국과학기술정보연구원
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