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유골에서 DNA 추출법 비교 연구: Ultrafiltration과 Column affinity
Evaluation of two DNA extraction methods on exhumed bone samples: Ultrafiltration versus column affinity 원문보기

분석과학 = Analytical science & technology, v.21 no.4, 2008년, pp.338 - 343  

김순희 (국립과학수사연구소 유전자분석과) ,  홍승범 (국립과학수사연구소 유전자분석과) ,  브라이언 M. 켐프 (워싱턴 대학교, 생명과학부) ,  박기원 (국립과학수사연구소 유전자분석과) ,  한면수 (국립과학수사연구소 유전자분석과)

초록
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발굴된 유골에서 DNA 추출은 DNA신원확인과정에서 매우 중요한 단계이지만 유골에 오염된 미생물 DNA와 사람 DNA가 동시에 추출되는 문제점이 있다. 이를 극복하기 위해 발굴된 10명의 유골 시료를 페놀-ultrafiltration 후 $QIAquick^{(R)}$ PCR Purification Kit (ultrafiltration법)와 $QIAamp^{(R)}$ DNA Mini kit(Column-affinity법)를 적용하여 전체(미생물+사람) DNA정량 및 사람 DNA정량 후 각각 STR마커를 분석하므로서 DNA 분리 효율성을 확인하였다. 회수된 전체 DNA양은 Column-affinity법($19.6ng/{\mu}L$)이 ultrafiltration법($16.0ng/{\mu}L$) 보다 1.2배 더 나은 결과를 보였으나 사람 DNA 정량 결과로는 Column-affinity 법($0.034ng/{\mu}L$) 보다 ultrafiltration법($0.498ng/{\mu}L$)이 14.6배 더 많은 회수율을 나타냈다. 유골에 있던 다량의 미생물 DNA가 사람 DNA와 섞여있을 경우, 사람 DNA가 실리카 친화성 컬럼에 부착되는 것이 미생물 DNA의 영향을 받으나, 필터의 경우는 미생물 DNA의 영향을 받지 않아서 ultrafiltration법이 높은 회수율을 보였다.

Abstract AI-Helper 아이콘AI-Helper

Extraction of DNA from skeletal material is of great importance in the identification of human remains, but is particularly difficult because the high amount of microbial DNA was often co-extracted with human bone DNA. We found that a phenol/chloroform extraction, followed by ultrafiltration, and cl...

주제어

AI 본문요약
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제안 방법

  • In addition to the QIAGEN® mini kit, we also applied the DNA IQTM protocol for DNA extraction from these same samples, and obtained the similar poor results (data not shown).
  • In this study, two DNA extraction methods were evaluated with respects to their ability to extract human specific DNA from exhumed bones: ultrafiltration versus column affinity. The efficiency of producing STR profiles from these extracts served as a measure of the quality of human DNA extracted by either method.
  • Depending on the human DNA quantification results, the volume of template was adjusted to fit the manufacturer’s recommendation on DNA concentration. The PCR products were separated using capillary electrophoresis with the 3100 Genetic Analyzer, Applied Biosystem and the results were analyzed by the Gene Mapper ID software v3.1.

대상 데이터

  • Ten bone specimens (femur shaft) excavated from several public cemeteries in South Korea, were selected for the study. Burial period of these human remains ranged from 1 year to 2 years.

이론/모형

  • The concentration of human DNA extracted from bone was determined with the Quantifiler® Human DNA Quantification Kit (Applied Biosystems) according to the manufacturer’s protocol.
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참고문헌 (16)

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