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마이크로 혼합기와 반응기로 구성된 DNA 결찰용 바이오칩에 관한 연구
A Study About Biochip Combined with Micro Mixer and Reactor for DNA Ligation 원문보기

大韓機械學會論文集. Transactions of the Korean Society of Mechanical Engineers. A. A, v.32 no.8 = no.275, 2008년, pp.624 - 632  

강도형 (한양대학교 대학원 기계공학과) ,  안유민 (한양대학교 기계공학과) ,  황승용 (한양대학교 분자생명과학부)

Abstract AI-Helper 아이콘AI-Helper

In this research, we developed new PDMS-glass based microbiochip consisted of the micromixer and microreactor for DNA ligation. The micromixer was composed of a straight channel integrated with nozzles and pillars, and the microreactor was composed of a serpentine channel. We coated the PDMS chip su...

주제어

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문제 정의

  • 먼저 일반 실험실에서 수행되는 방법으로 DNA 결찰을 PVP 용액을 첨가한 상태에서 수행해 보았는데, PVP 용액이 DNA 결찰에 영향을 끼치지 않음을 확인할 수가 있었다. PVP 용액에 포함되어 있는 PVP 농도에 변화 따른 표면처리 효과를 알아보기 위한 실험을 수행하였다. 실험방법으로 PDMS 층 표면에 여러 농도의 PVP 용액으로 표면 처리 한 후에 소수성 및 친수성 정도를 알 수 있는 표면 접촉각을 접촉각 측정기(Phoenix 300, S.
  • 본 연구에서 제안한 칩에서 DNA 결찰을 수행하기에 필요한 시간을 알아보기 위한 실험을 수행하였다. 시료들을 각각 1, 3, 5 분 동안 칩 반응부에서 반응을 시킨 후에 DNA 결찰의 성공 여부를 조사하였다.
  • 이러한 수동형 마이크로 혼합기의 단점을 보완하기 위해 채널 내에 마이크로 기둥(pillar)을 설치한 혼합기가 연구되기도 했는데,(13,14) 본 연구에서는 마이크로 기둥과 마이크로 노즐(nozzle) 들이 조합된 간단한 형태의 수동형 마이크로 혼합기를 새로이 설계하고, 이를 채널 형태의 반응기(reactor)와 결합시킨 DNA 결찰용 PDMS (polydimethylsioxane)-유리 바이오칩을 개발하였다.

가설 설정

  •  두 유체를 비압축성 및 뉴턴 유체로 가정하였고, 20℃에서 정상 상태(steady state)의 유동으로 가정하였다.
  • 수치해석 기법으로 속도장 해석의 공간 차분에 대해서는 2 차풍상 차분법(second order upwind scheme)을 적용하였고 계산법으로는 conjugate gradient squared and preconditioning (CGS+Pre)방법을 사용하였으며 압력장 계산법으로는 algebraic multigrid (AMG) 방법을 이용하였다. 경계조건으로 모든 혼합기에 대해서 두주입구에서는 일정 속도(fixed velocity)로 가정하고 유출구에서는 고정 압력(fixed pressure)으로 가정하였다. 에탄올에 섞인 파란 잉크는 입구에서 계속 일정 농도로 유입되는 조건을 사용하였으며, 벽면에서는 안미끄러짐 조건(no-slip condition)을 적용하였다.
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질의응답

핵심어 질문 논문에서 추출한 답변
마이크로(micro) 바이오칩(bio-chip) 시스템 연구의 장점은? 최근 생화학(biochemistry)과 생명공학(biomedical engineering) 분야에 멤스(MEMS, Micro Electro Mechanical System) 기술이 적용되어 화학이나 생물학, 의학, 약학 등에서 활용될 수 있는 초소형시 스템인 랩온어칩(Lab-on-a-Chip)과 마이크로 총분석 시스템(μ-TAS, Micro Total Analysis System)과 같은 마이크로(micro) 바이오칩(bio-chip) 시스템 연구가 활발히 진행되고 있다. 이와 같은 시스템은 생화학 시료의 처리, 반응, 검출, 분리 등을 하나의 칩 상에서 수행할 수 있기 때문에 적은 시료의 양과 저렴한 비용으로 실험이 가능하고 실험 시간도 단축할 수 있다는 장점이 있다. 이러한 장점 때문에, 마이크로 바이오칩 시스템은 특정 단백질 검출, DNA(deoxyribonucleic acid) 분석, 세포 배양 등다양한 목적의 연구에 적용되고 있다.
화학이나 생물학, 의학, 약학 등에서 활용될 수 있는 마이크로(micro) 바이오칩(bio-chip) 시스템에는 무엇이 있는가? 최근 생화학(biochemistry)과 생명공학(biomedical engineering) 분야에 멤스(MEMS, Micro Electro Mechanical System) 기술이 적용되어 화학이나 생물학, 의학, 약학 등에서 활용될 수 있는 초소형시 스템인 랩온어칩(Lab-on-a-Chip)과 마이크로 총분석 시스템(μ-TAS, Micro Total Analysis System)과 같은 마이크로(micro) 바이오칩(bio-chip) 시스템 연구가 활발히 진행되고 있다. 이와 같은 시스템은 생화학 시료의 처리, 반응, 검출, 분리 등을 하나의 칩 상에서 수행할 수 있기 때문에 적은 시료의 양과 저렴한 비용으로 실험이 가능하고 실험 시간도 단축할 수 있다는 장점이 있다.
마이크로 바이오칩 시스템이 적용되고 있는 연구분야는? 이와 같은 시스템은 생화학 시료의 처리, 반응, 검출, 분리 등을 하나의 칩 상에서 수행할 수 있기 때문에 적은 시료의 양과 저렴한 비용으로 실험이 가능하고 실험 시간도 단축할 수 있다는 장점이 있다. 이러한 장점 때문에, 마이크로 바이오칩 시스템은 특정 단백질 검출, DNA(deoxyribonucleic acid) 분석, 세포 배양 등다양한 목적의 연구에 적용되고 있다. 특히, DNA는 생물학적 유전정보를 담고 있어서 이를 이용하여 유전병과 같은 질병 유무 등을 판별하는데 활용된다.
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참고문헌 (18)

  1. Burns, M. A., Johnson, B. N, Brahmasandra, S. N., Handique, K., Webster, J. R., Krishnan, M., Sammarco, T. S., Man, P. M., Jones, D., Heldsinger, D., Mastrangelo, C. H. and Burke, D. T., 1998, “An Integrated Nanoliter DNA Analysis Device,” Science, Vol. 282, pp. 484-487 

  2. Deng, H. Y., Zhang, X. E., Mang, Y., Zhang, Z. P., Zhou, Y. F., Liu, Q., Lu, H. B. and Fu, Z. J., 2004, “Oligonucleotide Ligation Assay-Based DNA Chip for Multiplex Detection of Single Nucleotide Polymorphism,” Biosens. Bioelectron., Vol. 19, pp. 1277-1283 

  3. Cho, C.-H., Cho, W., Ahn, Y. and Hwang, S.-Y., 2006, “PDMS/Glass Serpentine Microchannel Chip for PCR with Bubble Suppression in Sample Injection,” Trans. of the KSME (A), Vol. 30, No. 10, pp. 1261-1268 

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  8. Kim, D. S., Lee, S. H., Kwon, T. H. and Ahn, C. H., 2005, “A Serpentine Laminating Micromixer Combining Splitting/Recombination and Advection,” Lab Chip, Vol. 5, pp. 739-747 

  9. Hong , C. C., Choi, J. W. and Ahn, C. H., 2004, “A Novel In-Plane Passive Microfluidic Mixer with Modified Telas Structures,” Lab Chip, Vol. 4, pp. 109-113 

  10. Lin, C. H., Tsai, C. H. and Fu, L. M., 2005, “A Rapid Three-Dimensional Vortex Micromixer Utilizing Self-Rotation Effects under Low Reynolds Number Conditions,” J. Micromech. Microeng., Vol. 15, pp. 935-943 

  11. Liu. R. H., Stremler, M. A., Sharp, K. V., Olsen, M. G., Santiago, J. G., Adrian, R. J., Aref, J. H. and Beebe, D. J., 2000, “Passive Mixing in a Three?Dimensional Serpentine Microchannel,” J. Microelectromech. Syst., Vol. 9, pp. 190-197 

  12. Stroock, A. D., Dertinger, S. K. W., Ajdari, A., Mezic, I., Stone, H. A. and Whitesides, G. M., 2002, “Chaotic Mixer for Microchannels,” Science, Vol. 295, pp. 647-651 

  13. Suh, Y. K. and Heo, H. S., 2002, “A Numerical Study on Stirring Characteristics in a Microchannel with Various Arrangement of Blocks,” Trans. of the KSME (B), Vol. 27, No.7, pp. 901-908 

  14. Kim, K.-m., Shin, Y-s., Lee, D. and Ahn, Y.-m., 2007, “Mixing Efficiency Evaluation in Y-channel Micromixer Using LIF Confocal Microscope,” Trans. of the KSME (B), Vol. 31, No. 2, pp. 159-166 

  15. Giordano, B. C., Copeland, E. R., Landers, J. P., 2001, “Towards Dynamic Coating of Glass Microchip Chambers for Amplifying DNA via the Polymerase Chain Reaction,” Electrophoresis, Vol. 22, pp. 334-340 

  16. Lee, S. W, Kim, D. S., Lee, S. S and Kwon, T. H., 2006, “A Split and Recombination Micromixer Fabricated in a PDMS Three-Dimensional Structure,” J. Micromech. Microeng. Vol. 16, pp. 1067-1072 

  17. Wilkinson, A., Smith, A., Bullard, D., Lavesa-Curto, M., Sayer, H., Bonner, A., Hemmings, A. and Bowater, R., 2005, “Analysis of Ligation and DNA Binding by Escherichia Coli DNA Ligase (LigA),” BBA-Proteins Proteomics, Vol. 1749, pp. 113-122 

  18. Joseph Sambrook and David W. Russell, 2001, Molecular Cloning (third edition), CSHL PRESS, Vol. 1, pp.1.84-1.87 

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