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S. cerevisiae 단백질간 상호작용과 세포 내 위치 정보를 활용한 MAP Kinase 신호전달경로추출 및 예측을 위한 고성능 알고리즘 연구
High performance Algorithm for extracting and redicting MAP Kinase signaling pathways based on S. cerevisiae rotein-Protein Interaction and Protein location Information 원문보기

韓國컴퓨터情報學會論文誌 = Journal of the Korea Society of Computer and Information, v.14 no.3, 2009년, pp.193 - 207  

조미경 (이화여자대학교) ,  김민경 (이화여자대학교) ,  박현석 (이화여자대학교)

초록
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세포 내에서 일어나는 단백질 신호 전달 과정은 단백질간의 상호작용을 통해 수행되고 조절된다. Yeast 상호작용 정보와 녹색형광단백질(GFP)을 이용하여 밝혀진 약 5,000여 개의 Yeast 단백질 위치정보를 이용하여 가중치를 부여하고 신호 전달경로 추출 및 예측을 위한 고성능 LocSPF 알고리즘을 최초로 제안하였다. 가중치 알고리즘에 의해 산출된 결과 중 의미 상관도가 높은 것을 채택한 후 KEGG에서 제공하는 신호전달 경로와 같은 신호전달 경로를 추출하는지 유사도 비교를 하였다. 한편 더 나아가 아직 실험을 통해 밝혀지지 않은 단백질 신호전달 경로를 예측하여 결과를 제시함으로써 본 연구를 통해서 알려지지 않은 새로운 신호전달 경로를 발견하거나 이전 경로에 참여하지 않은 단백질들을 발견할 수 있는 가능성을 제시 하였다.

Abstract ▼ AI-Helper 아이콘AI-Helper

Intracellular signal transduction is achieved by protein-protein interaction. In this paper, we suggest high performance algorithm based on Yeast protein-protein interaction and protein location information. We compare if pathways predicted with high valued weights indicate similar tendency with pat...

주제어

#상호작용   #위치정보   #신호전달   #경로예측   #알고리즘   #가중치  

참고문헌 (18)

  1. Schikowski B, Uetz P and Fields S, "A network of Protein-Protein Interaction in Yeast," Nat Biotechnol, 18:1257-1261, 2000 

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  17. Ronald Jansen, Dov Greenbaum, Mark Gerstein, "Relating Whole-Genome Expression Data with Protein-Protein Interactions," Genome Research, 2001 

  18. 조미경, 김민경, 박현석, "Protein-Protein Interaction에 세포 내 위치 정보를 활용한 단백질 신호전달 경로 추출 알고리즘 연구," 한국컴퓨터정보학회 동계학술발표대회 논문집, 제2권, 제1호, 77-84쪽, 2008년 12월. 

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