국내 감자품종들의 품종간 유연관계를 분석하고 품종구분을 위한 DNA 표지인자를 개발하기 위하여 SSR(simple sequence repeats) 분석 및 다중초위성체 마커세트(multiplex-SSR set)를 개발하였다. 기존에 보고된 92개의 SSR 마커를 디자인 하고 이들을 이용하여 국내에서 육성된 24개 감자 품종에 대해 유전적 다양성을 분석하였다. 92개의 SSR 마커 중 PIC(polymorphism information contents) 값이 높은 14개의 SSR 마커를 선발하였고 PIC 값은 SSR 마커별로 0.48에서 0.89로 나타났고, 평균 값은 0.79였다. PSSR-29의 PIC 값은 0.48로 가장 낮은 값을 나타내었으며 PSSR-191에서 0.89로 가장 높은 값을 보였다. 선발된 14개의 SSR 마커를 이용하여 UPGMA 집괴분석 결과 24개의 감자 품종 중 21개의 품종이 2개의 집단으로 구분 할 수 있었으며 I 집단과 II 집단에는 각각 16개, 5개의 품종들이 군집되었으나 3개의 품종은 군집되지 않았다. 선발된 14개의 SSR 마커를 이용한 결과 24개의 품종에서 총 121개의 대립인자가 확인되었으며 각 마커별 대립인자는 3개에서 34개까지 확인되었고 평균 10.8개로 나타났다. 선발된 SSR 마커 중에서 PSSR-17, PSSR-24, PSSR-29 마커를 조합하여 다중초위성체 마커세트(multiplex-SSR set)를 개발하였다. 다중초위성체 마커세트는 한번의 PCR 반응과 PAGE 분석 만으로 본 연구에서 사용된 국내 24개의 감자 품종을 구분할 수 있었며 PIC 값은 0.95로 나타났다.
국내 감자품종들의 품종간 유연관계를 분석하고 품종구분을 위한 DNA 표지인자를 개발하기 위하여 SSR(simple sequence repeats) 분석 및 다중초위성체 마커세트(multiplex-SSR set)를 개발하였다. 기존에 보고된 92개의 SSR 마커를 디자인 하고 이들을 이용하여 국내에서 육성된 24개 감자 품종에 대해 유전적 다양성을 분석하였다. 92개의 SSR 마커 중 PIC(polymorphism information contents) 값이 높은 14개의 SSR 마커를 선발하였고 PIC 값은 SSR 마커별로 0.48에서 0.89로 나타났고, 평균 값은 0.79였다. PSSR-29의 PIC 값은 0.48로 가장 낮은 값을 나타내었으며 PSSR-191에서 0.89로 가장 높은 값을 보였다. 선발된 14개의 SSR 마커를 이용하여 UPGMA 집괴분석 결과 24개의 감자 품종 중 21개의 품종이 2개의 집단으로 구분 할 수 있었으며 I 집단과 II 집단에는 각각 16개, 5개의 품종들이 군집되었으나 3개의 품종은 군집되지 않았다. 선발된 14개의 SSR 마커를 이용한 결과 24개의 품종에서 총 121개의 대립인자가 확인되었으며 각 마커별 대립인자는 3개에서 34개까지 확인되었고 평균 10.8개로 나타났다. 선발된 SSR 마커 중에서 PSSR-17, PSSR-24, PSSR-29 마커를 조합하여 다중초위성체 마커세트(multiplex-SSR set)를 개발하였다. 다중초위성체 마커세트는 한번의 PCR 반응과 PAGE 분석 만으로 본 연구에서 사용된 국내 24개의 감자 품종을 구분할 수 있었며 PIC 값은 0.95로 나타났다.
To analyze the genetic relationships among Korean potato cultivars and to develop cultivar identification method using DNA markers, we carried out genotyping using simple sequence repeats (SSR) analysis and developed multiplex-SSR set. Initially, we designed 92 SSR primer combinations reported previ...
To analyze the genetic relationships among Korean potato cultivars and to develop cultivar identification method using DNA markers, we carried out genotyping using simple sequence repeats (SSR) analysis and developed multiplex-SSR set. Initially, we designed 92 SSR primer combinations reported previously and applied them to twenty four Korean potato cultivars. Among the 92 SSR markers, we selected 14 SSR markers based on polymorphism information contents (PIC) values. PIC values of the selected 14 markers ranged from 0.48 to 0.89 with an average of 0.76. PIC value of PSSR-29 was the lowest with 0.48 and PSSR-191 was the highest with 0.89. UPGMA clustering analysis based on genetic distances using 14 SSR markers classified 21 potato cultivars into 2 clusters. Cluster I and II included 16 and 5 cultivars, respectively. And 3 cultivars were not classified into major cluster group I and II. These 14 SSR markers generated a total of 121 alleles and the average number of alleles per SSR marker was 10.8 with a range from 3 to 34. Among the selected markers, we combined three SSR markers, PSSR-17, PSSR-24 and PSSR-24, as a multiplex-SSR set. This multiplex-SSR set used in the study can distinguish all the cultivars with one time PCR and PAGE (Polyacrylamide gel electrophoresis) analysis and PIC value of multiplex-SSR set was 0.95.
To analyze the genetic relationships among Korean potato cultivars and to develop cultivar identification method using DNA markers, we carried out genotyping using simple sequence repeats (SSR) analysis and developed multiplex-SSR set. Initially, we designed 92 SSR primer combinations reported previously and applied them to twenty four Korean potato cultivars. Among the 92 SSR markers, we selected 14 SSR markers based on polymorphism information contents (PIC) values. PIC values of the selected 14 markers ranged from 0.48 to 0.89 with an average of 0.76. PIC value of PSSR-29 was the lowest with 0.48 and PSSR-191 was the highest with 0.89. UPGMA clustering analysis based on genetic distances using 14 SSR markers classified 21 potato cultivars into 2 clusters. Cluster I and II included 16 and 5 cultivars, respectively. And 3 cultivars were not classified into major cluster group I and II. These 14 SSR markers generated a total of 121 alleles and the average number of alleles per SSR marker was 10.8 with a range from 3 to 34. Among the selected markers, we combined three SSR markers, PSSR-17, PSSR-24 and PSSR-24, as a multiplex-SSR set. This multiplex-SSR set used in the study can distinguish all the cultivars with one time PCR and PAGE (Polyacrylamide gel electrophoresis) analysis and PIC value of multiplex-SSR set was 0.95.
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문제 정의
따라서 본 연구는 국내에 등록된 감자 품종들 중에서 농촌진흥청 고령지농업연구센터에서 육성된 품종을 중심으로 전국 적으로 많이 재배되고 있는 수미, 남작, 대지 등을 포함한 24개 품종에 대해 SSR 표지인자를 이용하여 품종간 유연관계를 분석하고 품종구분의 활용성을 검토하고자 수행되었다.
제안 방법
PCR 반응 조건은 가지과 작물 유전정보에서 제작한 마커는 touchdown PCR을 이용하였다. 95℃에서 4분간 pre-denaturation을 실시한 후, 95℃에서 30초간 denaturation, 65℃로 30초간 annealing하여 매 회 cycle 마다 1℃씩 감한 뒤 72℃에서 30초간 extension의 과정을 25회 반복하고, 다시 95℃에서 30초간의 denaturation, 55℃에서 30초간 annealing, 72℃에서 30초간 extension의 과정을 30회 반복하고, 7분 동안 최종 extension을 수행하였다. 또한 Ghislain 등이 보고한 마커의 PCR조건은 94℃에서 5분간 predenaturation을 실시한 후, 94℃에서 1분간 denaturation, SSR 마커의 Tm값에 따라 50℃-60℃로 1분간 annealing, 72℃에서 1분간 extension의 과정을 33회 반복하였고, 4분 동안 최종 extension을 수행하였다.
DNA추출은 DNeasy Plant Mini Kit(Quiagen, Valencia, CA, USA)를 이용하였으며 분광광도계(ND-1000, NanoDrop Tech., USA)로 정량 후 20ng․μL-1로 희석하여 PCR 반응에 사용하였다.
PCR 반응 용액은 PCR PreMix(Bioneer Co., Korea, 1U Top DNA polymerase, 250uM dNTP, 10mM Tris-HCl(pH 9.0), 30mM KCl, 1.5mM MgCl2)에 20ng․μL-1 농도의 genomic DNA 2μL, 10pmol 농도의 0.5μL primer와 멸균수 17μL를 혼합하여 20μL에 맞추어 이용하였다.
, Korea)에 첨가 한 후 template DNA를 2μL(20ng․μL-1) 첨가하여 총 반응용액이 20μL가 되도록 멸균수를 첨가하였다. PCR 반응용액은 SSR 분석에서 사용된 touchdown PCR 및 PAGE 분석과 같은 방법으로 수행하였다.
PCR 반응은 Verti® 96-Well Thermal Cycler(AppliedBiosystem, CA, USA)를 사용하였다.
SSR 분석에서 선발된3개의마커(PSSR-17, PSSR-24, PSSR-29)의 forward 및 reverse 프라이머를 각각 0.5μL(10pMole)씩 PCR PreMix(Bioneer Co., Korea)에 첨가 한 후 template DNA를 2μL(20ng․μL-1) 첨가하여 총 반응용액이 20μL가 되도록 멸균수를 첨가하였다.
SSR 표지인자의 다양성 분석은 PAGE(polyacrylamide gel electrophoresis) gel에 전기영동한 후 band가 있는 것을 “1” 없는 것을 “0”으로 하여 data matrix를 작성하였으며 유전적 유사도는 NTSYS-pc computer program 을 이용하여 Dice 방법에 준하여 유전적 유사도 값을 산출하였고, 이 값을 근거로 UPGMA(unweighted pair group method using arithmetic average)를 이용한 SHAN clustering 방법으로 집괴분석하여 dendrogram을 작성하였다.
국내 감자품종들의 품종 간 유연관계를 분석하고 품종구분을 위한 DNA 표지인자를 개발하기 위하여 SSR(simple sequence repeats) 분석 및 다중초위성체 마커세트(multiplex-SSR set)를 개발하였다. 기존에 보고된 92개의 SSR 마커를 디자인 하고 이들을 이용하여 국내에서 육성된 24개 감자 품종에 대해 유전적 다양성을 분석하였다.
국내 감자품종들의 품종 간 유연관계를 분석하고 품종구분을 위한 DNA 표지인자를 개발하기 위하여 SSR(simple sequence repeats) 분석 및 다중초위성체 마커세트(multiplex-SSR set)를 개발하였다. 기존에 보고된 92개의 SSR 마커를 디자인 하고 이들을 이용하여 국내에서 육성된 24개 감자 품종에 대해 유전적 다양성을 분석하였다. 92개의 SSR 마커 중 PIC(polymorphism information contents) 값이 높은 14개의 SSR 마커를 선발하였고 PIC 값은 SSR 마커별로 0.
95℃에서 4분간 pre-denaturation을 실시한 후, 95℃에서 30초간 denaturation, 65℃로 30초간 annealing하여 매 회 cycle 마다 1℃씩 감한 뒤 72℃에서 30초간 extension의 과정을 25회 반복하고, 다시 95℃에서 30초간의 denaturation, 55℃에서 30초간 annealing, 72℃에서 30초간 extension의 과정을 30회 반복하고, 7분 동안 최종 extension을 수행하였다. 또한 Ghislain 등이 보고한 마커의 PCR조건은 94℃에서 5분간 predenaturation을 실시한 후, 94℃에서 1분간 denaturation, SSR 마커의 Tm값에 따라 50℃-60℃로 1분간 annealing, 72℃에서 1분간 extension의 과정을 33회 반복하였고, 4분 동안 최종 extension을 수행하였다. 증폭된 DNA는 6% polyacrylamide sequencing gel 상에서 전기 영동 후 silver staining(Bioneer, Silverstar staining systemTM, Korea) 방법으로 염색하여 밴드 패턴을 관찰하였다.
8개로 나타났다. 선발된 SSR 마커 중에서 PSSR-17, PSSR-24, PSSR-29 마커를 조합하여 다중초위성체 마커세트(multiplex-SSR set)를 개발하였다. 다중초위성체 마커세트는 한번의 PCR 반응과 PAGE 분석만으로 본 연구에서 사용된 국내 24개의 감자 품종을 구분할 수 있었며 PIC 값은 0.
또한 Ghislain 등이 보고한 마커의 PCR조건은 94℃에서 5분간 predenaturation을 실시한 후, 94℃에서 1분간 denaturation, SSR 마커의 Tm값에 따라 50℃-60℃로 1분간 annealing, 72℃에서 1분간 extension의 과정을 33회 반복하였고, 4분 동안 최종 extension을 수행하였다. 증폭된 DNA는 6% polyacrylamide sequencing gel 상에서 전기 영동 후 silver staining(Bioneer, Silverstar staining systemTM, Korea) 방법으로 염색하여 밴드 패턴을 관찰하였다. SSR 표지인자의 다양성 분석은 PAGE(polyacrylamide gel electrophoresis) gel에 전기영동한 후 band가 있는 것을 “1” 없는 것을 “0”으로 하여 data matrix를 작성하였으며 유전적 유사도는 NTSYS-pc computer program 을 이용하여 Dice 방법에 준하여 유전적 유사도 값을 산출하였고, 이 값을 근거로 UPGMA(unweighted pair group method using arithmetic average)를 이용한 SHAN clustering 방법으로 집괴분석하여 dendrogram을 작성하였다.
대상 데이터
‘두백’과 ‘제서’ 품종은 각각 ㈜오리온과 제주도농업기술원에서 씨감자를 공급받아 이용하였다.
감자 품종의 유전적 유연관계 및 품종식별에 적합한 SSR 마커를 선발하기 위하여 Ghislain et al.(2009)이 보고한 51개와 미시건 주립대학교에서 운영중인 가지과 작물 유전정보(http://www.solanaceae.plantbiology.msu.edu)로부터 41개의 SSR 마커 정보를 확인하여 모두 92개를 디자인하여 이용하였다. PCR 반응 용액은 PCR PreMix(Bioneer Co.
1. A UPGMA dendrogram based on genetic distance by 14 SSR markers in 24 Korean potato cultivars. The Roman numerals besides the vertical bars indicate the cluster number and the Arabic numbers indicate cultivars shown in Table 1.
4. Polymorphism revealed by a multiplex SSR marker set(PSSR-17, PSSR-24, PSSR-29) in 24 Korean potato cultivars. Lane 1-24 corresponded to the Korean potato cultivars in Table 1.
3. Polymorphisms revealed by SSR markers PSSR17 (A), PSSR24 (B), and PSSR29 (C) in 24 Korean potato cultivars. Lane 1-24 corresponded to the Korean potato cultivars in Table 1.
감자의 장려 품종은 농촌진흥청 고령지농업연구센터 양액온실에서 기본식물 생산용으로 재배되고 있던 씨감자를 물에 씻어 껍질을 벗긴 후 130 × 90mm의 크기로 절단 하여 동결건조기(KR/FDA5518, IlShin Co., Korea)에서 1주일간 동결 건조시켜 막자사발에서 분쇄하였다.
국내에서 개발되어 보급되고 있는 감자의 품종 간 유연관계 분석 및 품종판별에 적합한 SSR 마커를 선발하기 위해 92개의 SSR 마커를 디자인 후 분석한 결과 증폭된 밴드 패턴이 뚜렷하고 재현성이 높은 14개의 마커를 선발하였다(Table 2). 이들 14개의 마커 중 3개는 가지과 유전정보(http://www.
시험재료는 농촌진흥청 고령지농업연구센터에서 육성 또는 도입한 장려 품종과 ㈜오리온에서 육성한 ‘두백’, 제주도농업기술원에서 육성한 ‘제서’ 등 24품종을 이용하였다(Table 1).
데이터처리
SSR 표지인자의 다양성 분석은 PAGE(polyacrylamide gel electrophoresis) gel에 전기영동한 후 band가 있는 것을 “1” 없는 것을 “0”으로 하여 data matrix를 작성하였으며 유전적 유사도는 NTSYS-pc computer program 을 이용하여 Dice 방법에 준하여 유전적 유사도 값을 산출하였고, 이 값을 근거로 UPGMA(unweighted pair group method using arithmetic average)를 이용한 SHAN clustering 방법으로 집괴분석하여 dendrogram을 작성하였다. PIC(polymorphism information content) 및 heterozygosity는 PIC calculator Extra(Anderson et al., 1993, http://www.genomics.liv.ac.kr) 프로그램을 사용하여 계산하였다.
이론/모형
PCR 반응은 Verti® 96-Well Thermal Cycler(AppliedBiosystem, CA, USA)를 사용하였다. PCR 반응 조건은 가지과 작물 유전정보에서 제작한 마커는 touchdown PCR을 이용하였다. 95℃에서 4분간 pre-denaturation을 실시한 후, 95℃에서 30초간 denaturation, 65℃로 30초간 annealing하여 매 회 cycle 마다 1℃씩 감한 뒤 72℃에서 30초간 extension의 과정을 25회 반복하고, 다시 95℃에서 30초간의 denaturation, 55℃에서 30초간 annealing, 72℃에서 30초간 extension의 과정을 30회 반복하고, 7분 동안 최종 extension을 수행하였다.
성능/효과
기존에 보고된 92개의 SSR 마커를 디자인 하고 이들을 이용하여 국내에서 육성된 24개 감자 품종에 대해 유전적 다양성을 분석하였다. 92개의 SSR 마커 중 PIC(polymorphism information contents) 값이 높은 14개의 SSR 마커를 선발하였고 PIC 값은 SSR 마커별로 0.48에서 0.89로 나타났고, 평균값은 0.79였다. PSSR-29의 PIC 값은 0.
6개의 대립인자가 나타나는 것으로 확인되었다. 그리고, 각 마커의 다양성 정도를 나타내어 주는 PIC(polymorphism information content)값은 0.48-0.89의 범위로 나타났는데 PSSR-29가 가장 작았고 PSSR-191이 가장 높았으며 평균 0.76으로 나타나 국내 감자 품종을 구분하기 위한 다양성 정보가 높은 것으로 나타났다. 이러한 결과는 Yi et al.
선발된 SSR 마커 중에서 PSSR-17, PSSR-24, PSSR-29 마커를 조합하여 다중초위성체 마커세트(multiplex-SSR set)를 개발하였다. 다중초위성체 마커세트는 한번의 PCR 반응과 PAGE 분석만으로 본 연구에서 사용된 국내 24개의 감자 품종을 구분할 수 있었며 PIC 값은 0.95로 나타났다.
3) 한번의 PAGE 분석을 통하여 multiplexing이 가능 할 것이라고 예상되었다. 따라서 선발된 SSR 마커를 한번의 PCR 반응과 PAGE분석을 한 결과 27개의 대립유전자와 0.95의 높은 PIC값을 얻을 수 있었다(Fig. 4). 이들 3개의 SSR 마커를 개별로 분석하였을 때는 평균 0.
선발된 PGI kit 유래 마커에 대한 유전자 지도상의 위치를 확인한 결과, 4개의 연관그룹을 제외한 8개의 연관그룹에 분포되어 있음을 알 수 있었다(Table 2).선발된 14개의 SSR 마커를 24개의 감자 품종에 적용한 결과 모두 121의 대립인자가 확인되었고, 각 마커 별로 최소 3개(PSSR-222)에서 최대 13개(PSSR-17)까지 확인되었으며, 각 마커에 대해 평균 8.6개의 대립인자가 나타나는 것으로 확인되었다. 그리고, 각 마커의 다양성 정도를 나타내어 주는 PIC(polymorphism information content)값은 0.
89로 가장 높은 값을 보였다. 선발된 14개의 SSR 마커를 이용하여 UPGMA 집괴분석 결과 24개의 감자 품종 중 21개의 품종이 2개의 집단으로 구분 할 수 있었으며 Ⅰ 집단과 Ⅱ 집단에는 각각 16개, 5개의 품종들이 군집되었으나 3개의 품종은 군집되지 않았다. 선발된 14개의 SSR 마커를 이용한 결과 24개의 품종에서 총 121개의 대립인자가 확인되었으며 각 마커별 대립인자는 3개에서 34개까지 확인되었고 평균 10.
선발된 14개의 SSR 마커를 이용하여 UPGMA 집괴분석 결과 24개의 감자 품종 중 21개의 품종이 2개의 집단으로 구분 할 수 있었으며 Ⅰ 집단과 Ⅱ 집단에는 각각 16개, 5개의 품종들이 군집되었으나 3개의 품종은 군집되지 않았다. 선발된 14개의 SSR 마커를 이용한 결과 24개의 품종에서 총 121개의 대립인자가 확인되었으며 각 마커별 대립인자는 3개에서 34개까지 확인되었고 평균 10.8개로 나타났다. 선발된 SSR 마커 중에서 PSSR-17, PSSR-24, PSSR-29 마커를 조합하여 다중초위성체 마커세트(multiplex-SSR set)를 개발하였다.
, 2009) 로부터 유래되었다. 선발된 PGI kit 유래 마커에 대한 유전자 지도상의 위치를 확인한 결과, 4개의 연관그룹을 제외한 8개의 연관그룹에 분포되어 있음을 알 수 있었다(Table 2).선발된 14개의 SSR 마커를 24개의 감자 품종에 적용한 결과 모두 121의 대립인자가 확인되었고, 각 마커 별로 최소 3개(PSSR-222)에서 최대 13개(PSSR-17)까지 확인되었으며, 각 마커에 대해 평균 8.
(2009)은 24개의 SSR을 이용하여 740개의 유전자원 및 품종을 구분할 수 있는 PGI(potato genetic identify) kit를 보고하였으며 본 연구에서는 24개의 PGI kit 중 10개가 선발되었다. 선발된 SSR 마커 중 PSSR-17, PSSR-24, PSSR-29는 밴드가 선명하고 대립인자가 PSSR-17은 200-1600bp, PSSR-24는 100-200, 290-400bp, PSSR-29는 200-300bp 범위에 위치하고 있어서(Fig. 3) 한번의 PAGE 분석을 통하여 multiplexing이 가능 할 것이라고 예상되었다. 따라서 선발된 SSR 마커를 한번의 PCR 반응과 PAGE분석을 한 결과 27개의 대립유전자와 0.
4). 이들 3개의 SSR 마커를 개별로 분석하였을 때는 평균 0.70의 PIC 값을 얻을 수 있었던 반면, multiplexing 결과 PIC 값이 0.95를 나타내어 공시된 24개의 품종을 쉽게 구분이 가능하였다(Table 3).
35로 나타냄을 보고한 바 있어본 시험에서 선발된 SSR 마커는 국내 감자 품종에 대한 다양성을 평가하기에 적합한 것으로 판단되었다. 이형접합성(Heterozygosity)은 PSSR-29 마커가 0.53으로 가장 적었으며 PSSR-191 마커가 0.9로 가장 큰 값을 나타내었으며 14개 마커의 평균은 0.79였다.
제1그룹은 4개 그룹으로 구분되었으며, 첫 번째 그룹(Ⅰa)은 ‘조원’, ‘서홍’, ‘하령’, ‘조풍’이 속하였고, 두 번째 그룹(Ⅰb)은 ‘홍영’, ‘자서’, ‘자심’, ‘자영’ 이 속하였으며, 세 번째 그룹(Ⅰc)은 ‘추백’, ‘신남작’, ‘대지’, ‘남작’, 네 번째 그룹(Ⅰd)은 ‘대서’, ‘고운’, ‘수미’, ‘세풍’ 이 속하였다.
후속연구
(2010)은 4개의 SSR 마커를 이용하여야 국내 품종의 구분이 가능 할 것이라고 보고하고 있어 최소한 4번의 PAGE 분석이 필요한 것으로 보고 하였다. 그러나 본 시험에서 선발한 multiplex PCR 및 PAGE 분석의 경우 감자의 괴경으로부터 DNA 추출 및 PAGE 분석이 1일만에 가능하여 금후 국내 품종 구분에 활용 가능성이 높을 것으로 판단된다.
, 2009) 선발된 SSR을 이용할 경우 안토시아닌 합성관련 연관 마커로서의 가능성이 있을 것으로 판단된다. 이러한 결과는 금후 보다 다양한 농업특성 즉 숙기, 전분함량 등과 같은 주요 농업형질과의 연관분석(association analysis)에 유용한 마커로 이용될 수 있을 것으로 판단된다.
질의응답
핵심어
질문
논문에서 추출한 답변
형태적 및 생화학적 특성에 의하여 유전적 다양성을 평가하는 방법의 단점은?
작물의 육종에 이용되는 품종이나 유전자원의 유전적 다양성과 그들 간의 유연관계 분석은 유전 변이의 확대와 품종 육성 효율성 증대에 매우 효과적으로 이용될 수 있다(Li and Nelson, 2001). 과거에는 형태적 및 생화학적 특성에 의하여 유전적 다양성을 평가하여 왔으나 이러한 평가방법은 유전적 특성이 가까운 근연종간에는 사용이 매우 제한적이며, 대상형질이 환경의 영향을 받기 때문에 다양성의 평가가 어려운 실정이다(Chen and Nelson, 2004). DNA 표지인자는 형태적 특성에 관계없이 보다 쉽고 정확하게 유전적 특성 평가가 가능하다고 알려져 있으며(Hosaka et al.
작물의 육종에 이용되는 품종이나 유전자원의 유전적 다양성과 그들 간의 유연관계 분석은 어떤 이점을 가져다 줄 수 있는가?
작물의 육종에 이용되는 품종이나 유전자원의 유전적 다양성과 그들 간의 유연관계 분석은 유전 변이의 확대와 품종 육성 효율성 증대에 매우 효과적으로 이용될 수 있다(Li and Nelson, 2001). 과거에는 형태적 및 생화학적 특성에 의하여 유전적 다양성을 평가하여 왔으나 이러한 평가방법은 유전적 특성이 가까운 근연종간에는 사용이 매우 제한적이며, 대상형질이 환경의 영향을 받기 때문에 다양성의 평가가 어려운 실정이다(Chen and Nelson, 2004).
선발된 SSR 마커를 한번의 PCR 반응과 PAGE분석을 한 결과 27개의 대립유전자와 0.95의 높은 PIC값을 얻을 수 있었던 이유는?
(2009)은 24개의 SSR을 이용하여 740개의 유전자원 및 품종을 구분할 수 있는 PGI(potato genetic identify) kit를 보고하였으며 본 연구에서는 24개의 PGI kit 중 10개가 선발되었다. 선발된 SSR 마커 중 PSSR-17, PSSR-24, PSSR-29는 밴드가 선명하고 대립인자가 PSSR-17은 200-1600bp, PSSR-24는 100-200, 290-400bp, PSSR-29는 200-300bp 범위에 위치하고 있어서(Fig. 3) 한번의 PAGE 분석을 통하여 multiplexing이 가능 할 것이라고 예상되었다. 따라서 선발된 SSR 마커를 한번의 PCR 반응과 PAGE분석을 한 결과 27개의 대립유전자와 0.
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