선택한 단어 수는 입니다.
최소 단어 이상 선택하여야 합니다.
최소 단어 이상 선택하여야 합니다.
선택한 단어 수는 30입니다.
최대 10 단어까지만 선택 가능합니다.
최대 10 단어까지만 선택 가능합니다.
문제 정의
- 따라서 Shamir 백신주는 광범위한 공통항원성을 지니고 있을 것으로 여겨지나(박 등, 2009) 아직 분자생물학적인 분석은 미흡한 실정이다. 따라서 이 논문에서는 국내에 유입 가능성이 있는 Asia1 형의 바이러스에 대비해 1D re gion 염기서열을 분석하고 이 백신주의 방어 가능한 방어 유전형을 분석해보고자 하였다
- 따라서 주변국가로부터 유입위험이 있는 바이러스와 유사한 적절한 백신주의 선정과 이에 따른 백신정책은 바이러스의 전파를 막는 매우 중요한 요소가 된다. 이 실험은 이러한 실제적인 백신의 효용성을 유전적인 변화 정도에 의하여 판단할 수 있는 기준을 마련하기 위해 시도되었으며, 이러한 백신 주와의 상관성을 유전자의 변화에 따라 방어 가능성을 빠르게 판단하는 것도 향후 백신 접종 정책 시 중요한 일일 것이다.
제안 방법
- 바이 러스 RNA는 RNeasy MINI kit (QIAGEN, USA)을이용하여 제조사에서 추천한 방법대로 사용하여 추출한 후 SuperScriptw First-Strand Synthesis System (Invitrogen, USA)을 이용해 cDNA를 합성하였다. 합성된 cDNA 2 u]를 Phusion® Hot Start enzyme (Finnzyme,Finland) 을 이용해 특이적으로 결합 가능한 primer를 합성하여 PCR을 수행하였다(Table 1).
- 합성된 cDNA 2 u]를 Phusion® Hot Start enzyme (Finnzyme,Finland) 을 이용해 특이적으로 결합 가능한 primer를 합성하여 PCR을 수행하였다(Table 1). Phusion® Hot Start enzyme 의 제조사에서 제시된 protoc이에 따라 PCR mix는 최종 50 ul 가 되게 조정하였다.
- PCR 수행한 후 QIAquick Gel Extraction Kit (QIAGEN,USA) 를 이용해 agarose gel 에서 분리, 정제하였고 그 후 pGEM®-T Easy vector (Promega, USA) 에 삽입하였^다. 그 후 형성된 콜로니를 선별하여 AccuPower® PCR premix (Bioneer, Korea)를 이용해 M13 forward와 M13 reverse universal primer를 이용, colony PCR을 시행해 클로닝이확인된 플라스미드를 DNA 염기서열 분석을 하였다.
- 그 후 형성된 콜로니를 선별하여 AccuPower® PCR premix (Bioneer, Korea)를 이용해 M13 forward와 M13 reverse universal primer를 이용, colony PCR을 시행해 클로닝이확인된 플라스미드를 DNA 염기서열 분석을 하였다.
- 염기서열 분석은 M13 forward와 M13 reverse universal primer를 이용하여 ABI Prism 3730xi DNA sequencer (Applied BiosystemsTM, Life Technologies^, USA) 로 수행하였다. 염기서열의 Align 및 분석, 유사도 분석은Clone Manager professional suite (Scientific & Educational Software, USA), DNASTAR package (DNASTAR, INC.
- BiosystemsTM, Life Technologies^, USA) 로 수행하였다. 염기서열의 Align 및 분석, 유사도 분석은Clone Manager professional suite (Scientific & Educational Software, USA), DNASTAR package (DNASTAR, INC., USA)를 이용하여 결과를 얻었다. Phylogenetic tree 의 제작과 identity 분석에는 MEGA version 3.
- 1 software 를 이용하여 자료를 정리하였다. 이 실험에서 분석된 Asia1/Shamir 의 1D 의 유전자 서열과 비교에 함께 이용한 reference 유전자 염기서열은 GsnBank 에서 이미 공개된 전체 cDNA를 확인하여 비교하였다(Table 2).
대상 데이터
- 실험에 사용한 구제역 바이러스는 백신주인 Asia1/ Shamir (ISR 3/89)주로 2009년 세계 구제역 표준연구소(World Reference Laboratory Institute for Animal Health, WRLFMD UK)로부터 Bovine thyroid cell (BYT)에서 한번 계대 후 Baby hamster kidney cell(BHK) 에서 3 번 계대한 바이러스를 분양받아 국립수의과학검역원(NationalVeterinary Research and Quarantine Service, NVRQS) 의 Biosafety level III (BL-3) 실험실에서 실험을 수행했다.
데이터처리
- , USA)를 이용하여 결과를 얻었다. Phylogenetic tree 의 제작과 identity 분석에는 MEGA version 3.1 (Center for Evolutionary Medicine and Informatics, USA) 을 이용했으며, 염기서열의 similarity를 분석에 Simplot 3.5.1 software 를 이용하여 자료를 정리하였다. 이 실험에서 분석된 Asia1/Shamir 의 1D 의 유전자 서열과 비교에 함께 이용한 reference 유전자 염기서열은 GsnBank 에서 이미 공개된 전체 cDNA를 확인하여 비교하였다(Table 2).
성능/효과
- Asia1/Shamir 의 1D 의 유전자 서열을 결정하고, Asia1 바이러스를 그룹별로 1D 부위의 아미노산 서열 유사도를 분석한 결과 세 부위의 epitope 부위에서 유사도가 낮은 것을 볼 수 있었다(Fig. 1).
- 유전형 별로 1D부위를 뉴클레오타이드와 아미노산의 유사성을 수치적으로 분석한 결과에서 아미노산 유사성이 높은 순은 group VI, IV, II, III, V, I 순이었다 뉴클레오타이드 유사성의 높은 순서로는 group VI, IV, II, V, III, I 순이었다.
- 기존에 알려진 r1 value 의 비교에서 아미노산 유사도가 약 70%가 넘어야 0.3 이상의 좋은 방어 수치를 보임이 확인되었다(Table 3).
- r1 value가 알려진 FMDV strain과 Shamir 백신주의 1D부위의 아미노산 서열 일치도를 비교했을 때, r1 value 가 높은 Group II에 속하는 Asia1/KRG/1/04 주가 일치도 역시 가장 높은 93.36%였으며 r1 value가 낮은 Asia1/ Amursky/Rus/05 주의 1D region 의 일치 정도는 91.94%로 비교군 가운데 가장 낮았다. 세 개의 epitope 중 특히 Bcell 의 epitope 로 알려진 141~160 residue (이하 epitope2로 명명)에서 일치도가 가장 낮았으며 또 그 서열의 일치도 변화 역시 그룹 간의 차이가 컸다(Table 4).
- 94%로 비교군 가운데 가장 낮았다. 세 개의 epitope 중 특히 Bcell 의 epitope 로 알려진 141~160 residue (이하 epitope2로 명명)에서 일치도가 가장 낮았으며 또 그 서열의 일치도 변화 역시 그룹 간의 차이가 컸다(Table 4).
- 그리고 r1 value와 1D 전체 서열의 일치도, 각 epitope 서열의 일치도 사이의 상관계수 r2 값을 구했을 때 r1 value와 1D 전체 서열 사이의 상관계수『가 0.042, epitope 1 과의 /가 0.202, epitope2 와 /가 0.796 (Fig. 2A), 그리고 세 부위의 epitope 모두를 합한 것과의『가 0.789 (Fig. 2B) 로 epitope 2가 전체 epitope 의 일치하는 정도에큰 영향을 미치는 것을 알 수 있었다.
- 예상 결과와 일치하였다. 특히 rl value와 의상 관성에서 lD 부위의 아미노산 서열과 70% 이상의 수치가 되면 방어 가능성이 있을 것으로 보이며 그 중 특히 epitope 2가 중요함을 확인하였다.
- 이러한 Asial 형 바이러스는 유전학적으로 분석해 볼 때 차이가 있었다. 즉, 대부분의 중국에서 발생한 바이러스들은 몽골, 러시아 등에서 발생한 같은 group V의 유전형으로 확인되었고, 베트남, 미얀마에서 발생한 동남아시아 바이러스는 중국 발생 구제역과는 다른 group IV에 속하는 바이러스였다. 서남아시아 국가들에서 발생한 구제역은 이와는 또 다른 유전형에 속하는 것으로 확인되었다.
- 이번 실험의 유전형 I〜VI의 분석에서는 Shamir는 1989년 이스라엘에서 발생한 바이러스로 유전형 그룹 중 터키 지역에서 발생한 group VI와 가장 가까운 유전형으로 판단되었으며, 타지키스탄에서 발생한 유전형 IV는 이란 및 아프가니스탄에서 발생한 유전형【과 홍콩과 터키, 그리스의 유전형 II( 박 등, 2008)와도 유전적 거리를 보였다. 따라서 이 바이러스는 레바논, 인도 등 중동 유래 바이러스와 유전적으로 유사하다는 것이 확인되었다.
- 보였다. 따라서 이 바이러스는 레바논, 인도 등 중동 유래 바이러스와 유전적으로 유사하다는 것이 확인되었다. 따라서 우리나라에서 발생가능성이 있는 동남아시아 중국에서 발생하는 유전형 IV 및 V와는 어느 정도 유전적인 거리가 있는 것으로 판단되었다.
- 따라서 이 바이러스는 레바논, 인도 등 중동 유래 바이러스와 유전적으로 유사하다는 것이 확인되었다. 따라서 우리나라에서 발생가능성이 있는 동남아시아 중국에서 발생하는 유전형 IV 및 V와는 어느 정도 유전적인 거리가 있는 것으로 판단되었다.
- 구제역 바이러스의 1D 의 주요 epitope 3개 중 141 〜 160번째 아미노산에 해당하는 epitope 부위가 백신과 혈청학적 상관성과의 비교에서 가장 높은 관련성(r2= 0.796)을 보였다 또한, 구제역 바이러스 백신주 Asia1/ Shamir는 유전형 I〜VI 중 터키 등 중동지역에서 발생하는 유전형 VI 바이러스들과 아미노산 서열에서 가장 유사한 것으로 확인되었다. 우리나라 유입가능성이 있는 유전형 V와 유전적인 비교 분석결과 항원적인 상관성이 비교적 낮은 것으로 확인되어, 이를 위해서는 고역가 백신을 접종하거나 2회 접종, 또는 적절한 백신 주의 재선정도 고려가 필요할 것으로 여겨진다.
후속연구
- 796)을 보였다 또한, 구제역 바이러스 백신주 Asia1/ Shamir는 유전형 I〜VI 중 터키 등 중동지역에서 발생하는 유전형 VI 바이러스들과 아미노산 서열에서 가장 유사한 것으로 확인되었다. 우리나라 유입가능성이 있는 유전형 V와 유전적인 비교 분석결과 항원적인 상관성이 비교적 낮은 것으로 확인되어, 이를 위해서는 고역가 백신을 접종하거나 2회 접종, 또는 적절한 백신 주의 재선정도 고려가 필요할 것으로 여겨진다.
※ AI-Helper는 부적절한 답변을 할 수 있습니다.