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부호 영역 DNA 시퀀스 기반 강인한 DNA 워터마킹
Robust DNA Watermarking based on Coding DNA Sequence 원문보기

電子工學會論文誌. Journal of the Institute of Electronics Engineers of Korea. CI, 컴퓨터, v.49 no.2 = no.344, 2012년, pp.123 - 133  

이석환 (동명대학교 정보보호학과) ,  권성근 (부경대학교 전자컴퓨터정보통신공학부) ,  권기룡 (경일대학교 전자공학과)

초록
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본 논문에서는 DNA 시퀀스의 불법 복제변이 방지와 개인 정보 침해 방지, 또는 인증을 위한 DNA 워터마킹에 대하여 논의하며, 변이에 강인하고 아미노산 보존성을 가지는 부호영역 DNA 시퀀스 기반 DNA 워터마킹 기법을 제안한다. 제안한 DNA 워터마킹은 부호 영역의 코돈 서열에서 정규 특이점에 해당되는 코돈들을 삽입 대상으로 선택되며, 워터마크된 코돈이 원본 코돈과 동일한 아미노산으로 번역되도록 워터마크가 삽입된다. DNA 염기 서열은 4개의 문자 {A,G,C,T}로 (RNA은 {A,C,G,U}) 구성된 문자열이다. 제안한 방법에서는 워터마킹 신호처리에 적합한 코돈 부호 테이블을 설계하였으며, 이 테이블에 따라 코돈 서열들을 정수열로 변환한 다음 원형 각도 형태의 실수열로 재변환한다. 여기서 코돈은 3개의 염기들로 구성되며, 64개의 코돈들은 20개의 아미노산으로 번역된다. 선택된 코돈들은 아미노산 보존성을 가지는 원형 각도 실수 범위 내에서 인접 코돈과의 원형 거리차 기준으로 워터마크에 따라 변경된다. HEXA와 ANG 시퀀스를 이용한 $in$ $silico$ 실험을 통하여 제안한 방법이 기존 방법에 비하여 아미노산 보존성을 가지면서 침묵 변이와 미스센스 변이에 보다 강인함을 확인하였다.

Abstract AI-Helper 아이콘AI-Helper

This paper discuss about DNA watermarking using coding DNA sequence (CDS) for the authentication, the privacy protection, or the prevention of illegal copy and mutation of DNA sequence and propose a DNA watermarking scheme with the mutation robustness and the animo acid preservation. The proposed sc...

주제어

AI 본문요약
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문제 정의

  • 본 논문에서는 DNA 시퀀스의 워터마킹 기법을 제안하며, 다음과 같은 주요 특징을 가진다.1) cDNA 시퀀스에 이진 워터마크가 삽입된다.
  • 본 논문에서는 아미노산 보존성을 유지하면서 변이에 강인한 cDNA 시퀀스 워터마킹 기법을 제안하며, 이를 in silico 기반으로 평가 분석하였다. 제안한 방법에서는 기존 유전자 부호와는 달리 순회 원형 부호로 코돈들을 배열한 다음, 차례로 정수 할당한다.
  • 이는 cDNA 정보 은닉의 필수 제한 조건으로, 아미노산 (Amino acids) 보존성 또는 코돈 동의성 (Codon equivalence)이라 한다. 본 논문에서는 아미노산 보존성이라 하기로 한다. 일반 영상 및 비디오, 3D 워터마킹[14~17]과는 달리 변이 공격에 강인한 DNA 워터마킹 설계시 가장 어려운 부분이 아미노산 보존성이다.
  • 부호영역 DNA 워터마킹의 가장 주요한 조건으로 아미노산 보존성과 변이에 대한 강인성이 있다. 본 논문에서는 위의 두 조건을 만족하는 DNA 워터마킹 기법을 제안하였다. 제안한 방법에서는 코돈 부호 테이블 설계, 부호영역 코돈 서열의 정수 변환과 원형 각도의 실수 변환, DWT Hard 임계화된 코돈들의 국부 최대치기반 정규 특이점 코돈 탐색, 아미노산 보존성 규칙에 따른 워터마크 삽입의 단계로 이루어져 있다.
  • 본 논문에서는 위의 요구 조건들 중 아미노산 보존성, 강인성, 보안성을 가지는 in silico 기반 DNA 워터 마킹 기법을 제안하며, 나머지 조건들에 대하여 간략히 살펴보기로 한다.

가설 설정

  • 1) 아미노산 보존성 : 원본 DNA와 워터마크된 DNA와의 아미노산 시퀀스는 동일하여야 한다.
  • 2) 워터마크된 코돈들이 아미노산 보존성을 가진다.3) 포인트 변이 및 삽입/삭제 변이에 강인하다.
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질의응답

핵심어 질문 논문에서 추출한 답변
DNA 염기 서열이란? 제안한 DNA 워터마킹은 부호 영역의 코돈 서열에서 정규 특이점에 해당되는 코돈들을 삽입 대상으로 선택되며, 워터마크된 코돈이 원본 코돈과 동일한 아미노산으로 번역되도록 워터마크가 삽입된다. DNA 염기 서열은 4개의 문자 {A,G,C,T}로 (RNA은 {A,C,G,U}) 구성된 문자열이다. 제안한 방법에서는 워터마킹 신호처리에 적합한 코돈 부호 테이블을 설계하였으며, 이 테이블에 따라 코돈 서열들을 정수열로 변환한 다음 원형 각도 형태의 실수열로 재변환한다.
게놈은 어떻게 구분되는가? 유기체(Organism)의 게놈(Genome)은 한 개체 유전자의 총 염기서열로, 단백질로 번역(translation)되는 부호 DNA (coding DNA, cDNA)과 그렇지 않은 비부호 DNA(non-coding DNA, ncDNA)으로 구분되어진다. 따라서 cDNA[8~11] 또는 ncDNA[5~7]에 따라 정보를 은닉하는 방법이 달라져야 한다.
유전 코드의 유출 시 발생하는 문제점을 막기위해 어떠한 것들이 마련되어야 하는가? DNA 내에 포함된 유전 코드(genetic code)는 ‘인간의 일기’라고 불리어지는 심오한 개인 정보로, 타인에게 노출될 경우 프라이버시를 포함한 인권 침해가 심각할 것이다. 따라서 유전 정보의 수집절차 적법성과 공정성 그리고 제도적인 안정망이 구축되어야 하며, 제한된 범위에서의 유전자 정보 활용 및 대외기밀 유지 등을 위한 대책이 마련되어져야 한다[1]. HGI(human genome information) 사용에 대한 윤리적인 법 또는 가이드라인이외에도 HGI의 불법 복제/도용 방지 및 인증을 위한 기술이 필요하다.
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참고문헌 (18)

  1. P. Sankar, "Genetic Privacy," Annual Review of Medicine, vol. 54, pp. 393-407, Feb. 2003. 

  2. C. T. Clelland, V. Risca, C. Bancroft, "Hiding messages in DNA microdots," Nature, vol. 399, pp. 533-534, June 1999. 

  3. A. Leier, C. Richter, W. Banzhaf, and H. Rauhe, "Cryptography with DNA binary strands," Biosystems, vol. 57, Issue 1, pp. 13-22, June 2000. 

  4. B. Anam, K. Sakib, M. A. Hossain, and K. Dahal, "Review on the Advancements of DNA Cryptography," 4th International Conference on Software, Knowledge, Information Management and Applications, Aug. 2010. 

  5. N. Yachie, K. Sekiyama, J. Sugahara, Y. Ohashi, and M. Tomita, "Alignment-based approach for durable data storage into living organisms," Biotechnol. Prog. vol. 23, pp. 501-505, April 2007. 

  6. D. Heider and A. Barnekow, "DNA watermarks in non-coding regulatory sequences," BMC Bioinformatics, vol. 2, no. 125, 2009. 

  7. D. Heider and A. Barnekow, "DNA-based watermarks using the DNA-Crypt algorithm," BMC Bioinformatics, vol. 8, no. 176, May 2007. 

  8. B. Shimanovsky, J. Feng, and M. Potkonjak, "Hiding data in DNA," Procs. of the 5th Intl. Workshop in Information Hiding, pp. 373-386, October 2002. 

  9. M. Arita and Y. Ohashi, "Secret Signatures Inside Genomic DNA," Biotechnology Prog., vol. 20, pp. 1605-1607, 2004. 

  10. D. Heider and A. Barnekow, "DNA Watermarks - A proof of concept," BMC Bioinformatics, vol. 9, no. 40, April 2008. 

  11. J. Shuhong and R. Goutte, "Code for encryption hiding data into genomic DNA of living organisms," 9th International Conference on Signal Processing (ICSP), pp. 2166-2169, Oct. 2008. 

  12. 김정연, 남제호, "DCT 압축영역에서의 DC 영상 기반 다해상도 워터마킹 기법," 대한전자공학회, 전자공학회논문지-SP, 제45권 제4호, pp. 1-9, 2008년 7월. 

  13. 박혜정, 최준림, "H.264/AVC 비디오 보호를 위한 비가시적 워터마킹의 설계 및 검증," 대한전자공학회, 전자공학회논문지-SD, 제45권 제6호, pp. 74-79, 2008년 6월 

  14. 이석환, 권기룡, "기하학적 구조 및 위치 보간기를 이용한 3D 애니메이션 워터마킹," 대한전자공학회, 전자공학회논문지-CI, 제43권 제6호, pp. 71-82, 2006년 11월. 

  15. 이석환, 권성근, 권기룡, "볼록 집합 투영 기법을 이용한 3D 메쉬 워터마킹," 대한전자공학회, 전자공학회논문지-CI, 제43권 제2호, pp. 81-92, 2006년 3월. 

  16. T.A. Brown, Genomes 3, Garland Science, 2006. 

  17. D. Anastassiou, "Genomic Signal Processing," IEEE Signal Processing Magazine, pp. 8-20, July 2001. 

  18. R.C. Deonier, S. Tavare, S, and M.S. Waterman, Computational Genome Analysis: An Introduction, Springer, 2005. 

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