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NTIS 바로가기韓國林學會誌 = Journal of Korean Forest Society, v.105 no.2, 2016년, pp.186 - 192
백승훈 (국립산림과학원 산림유전자원과) , 이제완 (국립산림과학원 산림유전자원과) , 홍경낙 (국립산림과학원 산림유전자원과) , 이석우 (국립산림과학원 산림유전자원과) , 안지영 (국립산림과학원 산림유전자원과) , 이민우 (국립산림과학원 산림유전자원과)
This study was conducted to develop microsatellite markers in Quercus variabilis using next generation sequencing. A total of 305,771 reads (384 bp on average) were generated on a Roche GS-FLX system, yielding 117 Mbp of sequences. The de novo assembly resulted in 7,346 contigs. A total of 606 conti...
핵심어 | 질문 | 논문에서 추출한 답변 |
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산림유전자원이란? | 산림유전자원은 산림에 존재하는 현재 또는 미래의 경 제적 가치를 갖는 생물자원을 의미한다. 산림유전자원의 보존은 산림 생태계를 구성하는 생물 종이 지속적으로 세 대를 거듭하여 진화적 동력을 유지하고, 생물종으로서의 영속성을 지속하기 위한 측면에서 매우 중요한 의미를 갖 는다. | |
근연종의 염 기서열 정보가 유연관계에 따라 적합하지 않은 이유는? | 그러나 근연종의 염 기서열 정보는 유연관계에 따라 적합하지 않을 수 있다. EST 정보를 이용하는 경우 microsatellite 영역을 증폭하기 위한 primer 제작 시 전사 과정에 포함되지 않은 intron 영 역을 고려하지 못하기 때문에 PCR과정에서 목표한 microsatellite 영역이 잘 증폭되지 않는 경우가 발생할 수 있으며, 발현 부위에 해당하므로 전체 유전체 중 일부 영 역에 편중될 가능성이 있다. Probe를 이용한 selective hybridization protocol 방법은 반복서열로 구성된 probe에 따라 제한된 microsatellite 정보만을 확보할 수 있고, 개발 절차가 복잡한 단점이 있다. 또한, 근연종에서 이미 개발 된 마커를 이용하는 경우에도 종간 유연관계에 따라 활용 이 제한되는 단점이 있다. 최근에는 NGS(next generation sequencing)를 이용하여 마커 개발 대상종으로 부터 대량 의 염기서열 정보를 분석하고, microsatellite 영역을 직접 탐색함으로써 microsatellite 마커를 개발하는 방법이 이용 되고 있다(Gardner et al. | |
RAPD와 ISSR의 단점은? | 초기의 DNA 마커는 다 수의 유전자좌를 용이하게 확인할 수 있는 RAPD (randomly amplified polymorphic DNA), ISSR(inter-simple sequence repeat) 등의 우성 마커(dominant marker)가 주 로 이용되었다. 그러나 RAPD와 ISSR의 경우 재현성이 떨 어질 뿐만 아니라 우성마커의 특성상 2배체에서 우성 동 형접합체와 이형접합체 유전자형의 구분이 불가능한 단 점이 있다(Welsh and McClelland, 1990). 반면, microsatellite (또는 SSR; simple sequence repeat)는 생물체 genome상 에 존재하는 2~8 bp의 염기서열이 단순 반복되는 구조로 염기서열의 반복 횟수의 차이로 인해 다형성(polymorphism) 이 나타나는 공우성 마커이다. |
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