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초위성체 마커를 이용한 산양의 분자유전학적 고찰
Molecular genetic evaluation of gorals(naemorhedus caudatus raddeanus) genetic resources using microsatellite markers 원문보기

Journal of the Korean Data & Information Science Society = 한국데이터정보과학회지, v.28 no.5, 2017년, pp.1043 - 1053  

서주희 (한경대학교 미래융합기술대학원 유전체정보전공) ,  이윤석 (한경대학교 유전정보연구소) ,  전광주 (한경대학교 유전정보연구소) ,  공홍식 (한경대학교 유전정보연구소)

초록
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본 연구는 산양 7 품종을 대상으로 (Saanen (88), Laoshan (67), Toggenburg (32), Alpine (12), Anglonubian (9), Jamnapari (7), Black Bengal (4)) 13종의 초위성체 마커 (microsatellite marker)를 활용하여 유전적 다형성 분석을 실시하였다. 대립유전자 수는 4개 (INRA005) 부터 18개 (SRCRSP23)까지 확인되었으며, 관측이형접합율 ($H_{obs}$)과 기대이형접합율 ($H_{\exp}$) 그리고 다형성 정보지수 (PIC) 값은 각각 0.482 ~ 0.786, 0.476 ~ 0.923 그리고 0.392 ~ 0.915로 나타났다. 품종별 유전적 거리를 확인하기 위하여 실시한 주성분분석 (PCoA) 결과는 요인대응분석 (FCA) 분석과 유사한 결과를 보였으며, 동일개체출현빈도는 $2.47{\times}10^{-15}$으로 확인되었다. 따라서 본 연구 결과는 산양 품종 개량 및 보존에 있어 기초자료로써 유용한 자료로 활용 가능 할 것으로 사료된다.

Abstract AI-Helper 아이콘AI-Helper

In this study, genotyping was executed by using 13 microsatellite markers for genetic diversity of 224 Gorals (Saanen(88), Laoshan(67), Toggenburg(32), Alpine(12), Anglonubian(9), Jamnapari(7) and Black Bengal(4)). The number of alleles was observed 4 (INRA005) to 18 (SRCRSP23) each markers. Observe...

주제어

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문제 정의

  • Hi는 i번째 초위성체 마커의 이형질성이며 r은 분석대상 초위성체 마커 수이다. 각각의 집단에 다형성정보지수 (PIC : Polymorphism information content)는 다음과 같다.
  • Pi는 초위성체 마커의 각각의 대립유전자 빈도이다. 또한 분석된 모든 초위성체 마커들의 평균 이형질성 (H)는 다음과 같이 산출하였다.
  • h1>1. 서론
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  • h1>1. 서론
  • h1>1. 서론
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질의응답

핵심어 질문 논문에서 추출한 답변
본 연구에서 MS Toolkit software은 무엇을 계산하기 위해 사용되었는가? 대립유전자의 수 (No. of allele), 기대이형접합율 (expected heterozygosity; Hexp), 관측이형접합율(observed heterozygosity; Hobs), 다형성정보지수 (Polymorphism information content; PIC)를 계산하기 위해 MS Toolkit software (Park, 2001)를 이용하였다. 초위성체 마커 좌위별 동형질성 (homozygosity; H0), 이형질성 (heterozygosity; hi)는 다음과 같이 표시한다.
초위성체는 어떠한 목적으로 널리 이용되엇는가? 초위성체 (Microsatellit)는 다른 마커와 비교하여 유전변이가 높아 집단 간의 관계 및 분포, 근친정도 파악에 대한 접근이 용이하여 1990년대 중반부터 재래가축의 유전적 다양성, 유래와 계통, 유전적 특성 및 보존 등의 목적으로 널리 이용되기 시작하였다 (Shi 등, 2010; Lee 등, 2007 Blott 등, 1999; Ciampolini 등, 1995; Loftus 등, 1999; Martin-Burriel 등, 1999; Moazami-Goudarzi 등, 1997; Peelman 등, 1998; Ruane, 1999; Schmid 등, 1999). 따라서 본 연구는 초위성체 마커를 이용하여 대표적인 자넨종 (Saanen)을 포함하여 8 품종간의 유전적 거리 분석 및 품종별 다형성 분석 등의 계통유전학적 분석을 실시하여 다양한 산양 품종을 중요한 가축유전자원으로써 인식하고 타 품종간의 유전적 차별화와 순수성을 보존하고 능력을 개량하는데 있어 기초 자료로 활용하고자 실시하였다.
산양 8품종을 대상으로 13종의 초위성체 마커의 다형성 분석, 부정 부권율 및 동일 개체 출현율을 계산한 본 연구의 결과로 어떠한 점이 사료되는가? 본 연구는 산양 8품종을 대상으로 13종의 초위성체 마커의 다형성 분석, 부정 부권율 및 동일 개체 출현율을 계산하였다. 이러한 결과는 본 연구에 이용된 13종의 초위성체 마커가 산양 품종을 대상으로 다형성 분석, 가계도 분석 및 동일성 분석에 있어 충분한 활용 가치가 있는 마커라고 사료된다. 또한 산양 8품종 간의 유전적 거리를 계산하여 계통유전학적 분석을 실시한 결과, 3 품종 (SS, LO 그리고 TG)의 경우 각 품종별 군집을 형성하는 것을 확인 할 수 있었다. 그러나 특정 품종의 유전적 고정보다는 전체적으로 다형성을 갖고 있는 것으로 확인되었다.
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참고문헌 (23)

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  2. Belkhir, K., Borsa, P., Chikhi, L., Raufaste, N. and Bonhomme, F. (1996-2004). GENETIX 4.05, logiciel sous windows TM pour la genetique des populations, Laboratoire Genome, Populations, Interactions, CNRS UMR 5171, Universite de Montpellier II, Montpellier. France. 

  3. Blott, S. C., Williams, J. L. and Haley, C. S. (1999). Discriminating among cattle breeds using genetic markers. Heredity, 82, 613-619. 

  4. Faostat, F. (2012). Disponivel em: http://faostat.fao.org, Acesso em, 14. 

  5. Ciampolini, R., Moazami-Goudarzi, K., Vaiman, D., Dillmann, C., Mazzanti, E. and Foulley, J. L. (1995). Individual multilocus genotypes using microsatellite polymorphisms to permit the analysis of the genetic variability within and between Italian beef cattle breeds. Journal of Animal Science, 73, 3259-3268. 

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  9. Lee, J. Y., Bae, J. H. and Yeo, J. S. (2007). Bootstrapping and DNA marker Mining of BMS941 microsatellite Locus in Hanwoo chromosome 17. Journal of the Korean Data & Information Science Society, 18, 1103-1113. 

  10. Loftus, R. T., Ertugrul, O., Harba, A. H., El-Barody, M. A. A., MacHugh, D. E., Park, S. D. E. and Bradley, D. G. (1999). A microsatellite survey of cattle from a centre of origin: The Near East. Molecular Ecology, 8, 2015-2022. 

  11. Marshall, T., Slate, C. J., Kruuk, L. E. and Pemberton, J. M. (1998). Statistical confidence for likelihoodbased paternity inference in natural populations. Molecular Ecology, 7, 639-655. 

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  14. Park, S. D. E. (2001). Trypanotolerance in West African cattle and the population genetic effects of selection, Ph.D. Thesis, University of Dublin. 

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  18. Schmid, M., Saitbekova, N., Gaillard, C. and Dolf. G. (1999). Genetic diversity in Swiss cattle breeds. Journal of Animal Breeding and Genetics, 116, 1-8. 

  19. Talpur, F. N., Bhanger, M. and Memon, N. N. (2009). Milk fatty acid composition of indigenous goat and ewe breeds from Sindh. Pakistan Journal of Food Composition and Analysis , 22, 59-64. 

  20. Weir, B. S. and Cockerham, C. C. (1984). Estimating F-statistics for the analysis of population structure. Evolution, 38, 358-1370. 

  21. Wright, S. (1951). The genetical structure of populaitons. Annals of Eugenics, 15, 323-354. 

  22. Yangilar, F. (2013). As a potentially functional food: goats'milk and products. Journal of Food and Nutrition Research, 1, 68-81. 

  23. Zheng, S., Lee, J. H., Lee, Y. S., Oh, D. Y. and Yeo, J. S. (2010). Analysis of genetic diversity and distances in Asian cattle breeds using microsatellite markers. Journal of the Korean Data & Information Science Society, 21, 798-802. 

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