이 연구에서는 PacBio RS II 플랫폼을 사용하여 동해에서 분리된 해양 미생물 Pseudoalteromonas donghaensis $HJ51^T$의 전체 유전체 서열화를 수행하였다. 그 결과, 크기 3,646,857 bp, G + C 함량 41.8%인 염색체와 함께 크기 842,855 bp, G + C 함량 41.3% 및 크기 244,204 bp, G + C 함량 40.4%인 두 개의 플라스미드로 구성된 3개의 유전체 서열을 획득하였다. 이 유전체는 4,083개의 단백질 암호화 유전자와 127개의 RNA 유전자를 포함하고 있다. 다양한 생체 고분자분해효소의 유전자원과 대장균과 유사한 세포외 단백질 분비 숙주로서의 개발에 이용될 수 있을 것으로 생각된다.
이 연구에서는 PacBio RS II 플랫폼을 사용하여 동해에서 분리된 해양 미생물 Pseudoalteromonas donghaensis $HJ51^T$의 전체 유전체 서열화를 수행하였다. 그 결과, 크기 3,646,857 bp, G + C 함량 41.8%인 염색체와 함께 크기 842,855 bp, G + C 함량 41.3% 및 크기 244,204 bp, G + C 함량 40.4%인 두 개의 플라스미드로 구성된 3개의 유전체 서열을 획득하였다. 이 유전체는 4,083개의 단백질 암호화 유전자와 127개의 RNA 유전자를 포함하고 있다. 다양한 생체 고분자 분해효소의 유전자원과 대장균과 유사한 세포외 단백질 분비 숙주로서의 개발에 이용될 수 있을 것으로 생각된다.
The whole genome sequencing using PacBio RS II platform was performed for a marine bacterium Pseudoalteromonas donghaensis $HJ51^T$ isolated from East Sea of Korea. As a result, three assembled contigs consisting of a chromosome (size of 3,646,857 bp, and G + C content of 41.8%) and two p...
The whole genome sequencing using PacBio RS II platform was performed for a marine bacterium Pseudoalteromonas donghaensis $HJ51^T$ isolated from East Sea of Korea. As a result, three assembled contigs consisting of a chromosome (size of 3,646,857 bp, and G + C content of 41.8%) and two plasmids (size of 842,855 bp and 244,204 bp, and G + C content of 41.3% and 40.4%, respectively) were obtained. The genome included 4,083 protein coding genes and 127 RNA genes. This result could be used for gene sources of biopolymers degradation and the development as a new host with secretion system similar to Escherichia coli.
The whole genome sequencing using PacBio RS II platform was performed for a marine bacterium Pseudoalteromonas donghaensis $HJ51^T$ isolated from East Sea of Korea. As a result, three assembled contigs consisting of a chromosome (size of 3,646,857 bp, and G + C content of 41.8%) and two plasmids (size of 842,855 bp and 244,204 bp, and G + C content of 41.3% and 40.4%, respectively) were obtained. The genome included 4,083 protein coding genes and 127 RNA genes. This result could be used for gene sources of biopolymers degradation and the development as a new host with secretion system similar to Escherichia coli.
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제안 방법
이 연구에서는 PacBio RS II 플랫폼을 사용하여 동해에서 분리된 해양 미생물 Pseudoalteromonas donghaensis HJ51T의 전체 유전체 서열화를 수행하였다. 그 결과, 크기 3,646,857 bp, G + C 함량 41.
대상 데이터
The type strain Pseudoalteromonas donghaensis HJ51T is available at KCTC 22219 and LMG 24469. The complete genome sequences for a chromosome and two plasmids are accessible in GenBank under the accession number CP032090, CP032091, and CP032092, respectively.
의 전체 유전체 서열화를 수행하였다. 그 결과, 크기 3,646,857 bp, G + C 함량 41.8%인 염색체와 함께 크기 842,855 bp, G + C 함량 41.3% 및 크기 244,204 bp, G + C 함량 40.4%인 두 개의 플라스미드로 구성된 3개의 유전체 서열을 획득하였다. 이 유전체는 4,083개의 단백질 암호화 유전자와 127개의 RNA 유전자를 포함하고 있다.
4%인 두 개의 플라스미드로 구성된 3개의 유전체 서열을 획득하였다. 이 유전체는 4,083개의 단백질 암호화 유전자와 127개의 RNA 유전자를 포함하고 있다. 다양한 생체 고분자 분해효소의 유전자원과 대장균과 유사한 세포외 단백질 분비 숙주로서의 개발에 이용될 수 있을 것으로 생각된다.
성능/효과
1). The complete genome size of P. donghaensis HJ51T was 4,733,916 bp with G + C content of 41.6% (Table 1). Total 4,210 coding sequences including 102 tRNAs and 25 rRNAs were identify and annotated by Prokka (Seemann, 2014) and BlastKOALA (Kanehisa et al.
후속연구
이 유전체는 4,083개의 단백질 암호화 유전자와 127개의 RNA 유전자를 포함하고 있다. 다양한 생체 고분자 분해효소의 유전자원과 대장균과 유사한 세포외 단백질 분비 숙주로서의 개발에 이용될 수 있을 것으로 생각된다.
참고문헌 (13)
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Kanehisa M, Sato Y, and Morishima K. 2016. BlastKOALA and GhostKOALA: KEGG tools for functional characterization of genome and metagenome sequences. J. Mol. Biol. 428, 726-731.
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