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해수에서 분리된 Pelagicola sp. DSW4-44의 초안 유전체 서열분석
Draft genome sequence of Pelagicola sp. DSW4-44 isolated from seawater 원문보기

Korean journal of microbiology = 미생물학회지, v.55 no.3, 2019년, pp.283 - 285  

오지성 (충북대학교 자연과학대학 미생물학과) ,  노동현 (충북대학교 자연과학대학 미생물학과)

초록
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이 연구에서는 Illumina Hiseq platform을 사용하여 동해 심층 해양수로부터 분리된 Pelagicola sp. DSW4-44 (= KCTC 62762 = KCCM 43261)의 초안 유전체 염기서열 해독을 수행하였다. 그 결과, 유전체는 대략 4.85 Mbp의 길이 및 54.3%의 G + C 함량으로 구성되었고, 전체 4,566개의 단백질 암호 유전자, 3개의 rRNA 유전자, 48개의 tRNA 유전자, 3개의 non-coding RNA 유전자 및 67개의 위유전자(pseudo gene)가 확인되었다. 초안 유전체에서 균주 DSW4-44는 Pelagicola 속의 다른 균주에서 발견되지 않는 이화적 질산염의 암모늄 환원과 탈질화의 질소대사 유전자를 가지고 있었다.

Abstract ▼ AI-Helper 아이콘AI-Helper

The draft genome sequencing for Pelagicola sp. DSW4-44 (= KCTC 62762 = KCCM 43261), isolated from deep seawater of East Sea in Korea, was performed using Illumina HiSeq platform. As a result, the draft genome was comprised of a total length of approximately 4.85 Mbp with G + C content of 54.3%, and ...

주제어

#Pelagicola sp   #DSW4-44   #draft genome sequence   #Illumina HiSeq  

표/그림 (1)

AI 본문요약
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제안 방법

  • 이 연구에서는 Illumina Hiseq platform을 사용하여 동해 심층 해양수로부터 분리된 Pelagicola sp. DSW4-44 (= KCTC 62762 = KCCM 43261)의 초안 유전체 염기서열 해독을 수행하였다. 그 결과, 유전체는 대략 4.

대상 데이터

  • The strain Pelagicola sp. DSW4-44 is available at KCTC 62762 and KCCM 43261. The draft genome sequence is accessible in GenBank under the accession number VAUA 00000000.

이론/모형

  • 0). The potential contamination of the draft genome was assessed using ContEst16S (Lee et al., 2017). Genome annotation and functional characterization of genome were conducted by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) (http://www.
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