[논문]탄수화물 분해 세균 Microbacterium aurum KACC 15219T의 유전체 염기서열 해독

정연균; 정병권; 박창언; 제랄드 콘라드 이발; 김상준; 신재호

doi:10.7845/kjm.2019.9024

탄수화물 분해 세균 Microbacterium aurum KACC 15219T의 유전체 염기서열 해독
Complete genome sequence of Microbacterium aurum strain KACC 15219T, a carbohydrate-degrading bacterium 원문보기

Korean journal of microbiology = 미생물학회지, v.55 no.2, 2019년, pp.164 - 166

정연균 (경북대학교 농업생명과학대학 응용생명과학부) , 정병권 (경북대학교 농업생명과학대학 응용생명과학부) , 박창언 (경북대학교 농업생명과학대학 응용생명과학부) , 제랄드 콘라드 이발 (경북대학교 농업생명과학대학 응용생명과학부) , 김상준 (해군사관학교 자연과학부) , 신재호 (경북대학교 농업생명과학대학 응용생명과학부)

초록
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이 연구에서는 Microbacterium aurum KACC $15219^T$ (=IFO $15204^T$ = DSM $8600^T$)의 완전한 유전체 서열이 해독되었다. 하나의 원형 염색체는 3.42 Mbp였으며 G+C 함량이 69.9%였다. 해당 염색체 염기서열을 주석화한 결과, 총 3,096개의 유전자 서열이 발견되었다. 16종 이상의 탄소원을 분해하는 것으로 알려진 M. aurum KACC $15219^T$에는 방향족 아미노산 합성 기질인 quinic acid를 비롯한 다양한 탄소원의 이용과 관련된 유전자가 존재하였다. M. aurum KACC $15219^T$의 유전체 정보는 이 미생물에 대한 이해를 높이고 산업적인 이용을 위한 기반이 될 것이다.

Abstract ▼ AI-Helper

The complete genomic information of Microbacterium aurum KACC $15219^T$ (= IFO $15204^T$ = DSM $8600^T$) is described. The genome of M. aurum KACC $15219^T$ contains 3,096 protein coding genes and an average G+C content of 69.9% in its chromosome (3.42 Mbp). This strain can use various carbon sources for growth, including quinic acid. Quinic acid is used as a substrate for the synthesis of aromatic amino acids via the shikimate pathway which are useful in the industry. M. aurum KACC $15219^T$ will provide basis to improve our understanding of this organism and allow more efficient application of the strain to industry.

주제어

표/그림 (2)

그림 Fig. 1. Circular representation and subsystem category distribution of the genome of Microbacterium aurum KACC15219^T.
표 Table 1. Genome features of Microbacterium aurum strain KACC15219^T

AI 본문요약
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대상 데이터

p>Microbacterium aurum strain KACC 15219^T (= IFO 15204^T = DSM 8600^T) was isolated from corn steep liquor. A polyphasic taxonomic study revealed that M.

성능/효과

9%. In total, 3,302 genes, including 154 pseudogenes, were predicted from the genome sequence, and 52 RNA genes (3 rRNAs, 46 tRNAs) were identified. Approximately 72.
이 연구에서는 Microbacterium aurum KACC 15219^T (= IFO 15204^T = DSM 8600^T)의 완전한 유전체 서열이 해독되었다. 하나의 원형 염색체는 3.
9%였다. 해당 염색체 염기서열을 주석화한 결과, 총 3,096개의 유전자 서열이 발견되었다. 16종 이상의 탄소원을 분해하는 것으로 알려진 M.

후속연구

aurum KACC 15219^T에는 방향족 아미노산 합성 기질인 quinic acid를 비롯한 다양한 탄소원의 이용과 관련된 유전자가 존재하였다. M. aurum KACC 15219^T의 유전체 정보는 이 미생물에 대한 이해를 높이고 산업적인 이용을 위한 기반이 될 것이다.

참고문헌 (10)

Angiuoli SV, Gussman A, Klimke W, Cochrane G, Field D, Garrity GM, Kodira CD, Kyrpides N, Madupu R, Markowitz V, et al. 2008. Toward an online repository of standard operating procedures (SOPs) for (meta)genomic annotation. OMICS 12, 137-141.

상세보기
Aziz RK, Bartels D, Best AA, DeJongh M, Disz T, Edwards RA, Formsma K, Gerdes S, Glass EM, Kubal M, et al. 2008. The RAST server: rapid annotations using subsystems technology. BMC Genomics 9, 75.

상세보기
Chin CS, Alexander DH, Marks P, Klammer AA, Drake J, Heiner C, Clum A, Copeland A, Huddleston J, Eichler EE, et al. 2013. Nonhybrid, finished microbial genome assemblies from longread SMRT sequencing data. Nat. Methods 10, 563-569.

상세보기
Eid J, Fehr A, Gray J, Luong K, Lyle J, Otto G, Peluso P, Rank D, Baybayan P, Bettman B, et al. 2009. Real-time DNA sequencing from single polymerase molecules. Science 323, 133-138.

상세보기
Guo J, Carrington Y, Alber A, and Ehlting J. 2014. Molecular characterization of quinate and shikimate metabolism in Populus trichocarpa. J. Biol. Chem. 289, 23846-23858.

상세보기
Justice NB, Norman A, Brown CT, Singh A, Thomas BC, and Banfield JF. 2014. Comparison of environmental and isolate Sulfobacillus genomes reveals diverse carbon, sulfur, nitrogen, and hydrogen metabolisms. BMC Genomics 15, 1107.

상세보기
Koma D, Yamanaka H, Moriyoshi K, Ohmoto T, and Sakai K. 2012. Production of aromatic compounds by metabolically engineered Escherichia coli with an expanded shikimate pathway. Appl. Environ. Microbiol. 78, 6203-6216.

상세보기
Markowitz VM, Szeto E, Palaniappan K, Grechkin Y, Chu K, Chen IMA, Dubchak I, Anderson I, Lykidis A, Mavromatis K, et al. 2008. The integrated microbial genomes (IMG) system in 2007: data content and analysis tool extensions. Nucleic Acids Res. 36, D528-D533.

상세보기
Nzila A, Jung BK, Kim MC, Ibal JC, Budiyanto F, Musa MM, Thukair A, Kim SJ, and Shin JH. 2018. Complete genome sequence of the polycyclic aromatic hydrocarbons biodegrading bacterium Idiomarina piscisalsi strain 10PY1A isolated from oil-contaminated soil. Korean J. Microbiol. 54, 289-292.

원문보기 상세보기
Yokota A, Takeuchi M, and Weiss N. 1993. Proposal of two new species in the genus Microbacterium: Microbacterium dextranolyticum sp. nov. and Microbacterium aurum sp. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 43, 549-554.

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