[논문]Paenibacillus woosongensis로부터 대장균에 Xylanase 10A의 유전자 클로닝과 정제 및 특성분석

윤기홍

doi:10.4014/mbl.2002.02013

[국내논문] Paenibacillus woosongensis로부터 대장균에 Xylanase 10A의 유전자 클로닝과 정제 및 특성분석
Gene Cloning, Purification and Characterization of Xylanase 10A from Paenibacillus woosongensis in Escherichia coli 원문보기

Microbiology and biotechnology letters = 한국미생물·생명공학회지, v.48 no.2, 2020년, pp.158 - 166

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Paenibacillus woosongensis의 xylanase 유전자를 클로닝하고 그 염기서열을 결정하였다. Xylanase 유전자는 xyn10A로 명명되었으며, 481 아미노잔기로 구성된 단백질을 코드하는 1,446개 뉴클레오티드로 구성되었다. 추론된 아미노산 배열에 따르면 Xyn10A는 glycosyl hydrolase family 10 xylanase와 상동성이 높은 활성영역과 카르복실 말단에 탄수화물을 결합하는 것으로 추정되는 영역이 포함된 다영역 효소로 확인되었다. DEAE-Sepharose와 Phenyl-Separose 컬럼 크로마토그래피 과정을 통해 P. woosongensis xyn10A 유전자를 함유한 재조합 대장균의 균체 파쇄상등액으로부터 Xyn10A를 정제하였다. 정제된 Xyn10A의 아미노 말단 배열이 GIANGSKF로 결정되었으며 이는 SignalP5.0 server로 예측된 signal peptide의 다음 아미노산 배열과 정확하게 일치하였다. 정제된 Xyn10A는 33 kDa 크기의 절단된 단백질이며 균체내 분해에 의해 카르복시 말단에서 CBM이 제거된 것으로 판단된다. 정제된 효소는 최적 pH와 온도가 6.0과 55-60℃이며 oat spelt xylan에 대한 반응 동력학적 계수 V_max와 K_m이 298.8 U/mg과 2.47 mg/ml로 각각 나타났다. 효소는 birchwood xylan이나 oat spelt xylan보다 arabinoxylan에 대한 활성이 높았으며 para-nitrophenyl-β-xylopyranoside에 대해 낮은 활성을 보였다. Xyn10A의 활성은 Cu²⁺, Mn²⁺과 SDS에 의해서 크게 저해되었으며 K⁺, Ni²⁺과 Ca²⁺에 의해는 상당하게 증진되었다. 또한 이 효소는 xylobiose 보다 중합도가 큰 자일로올리고당을 분해하였으며, 자일로올리고당의 최종 가수분해 산물은 xylose와 xylobiose로 확인되었다.

Abstract ▼ AI-Helper

A gene coding for the xylanase was cloned from Paenibacillus woosongensis, followed by determination of its complete nucleotide sequence. This xylanase gene, designated as xyn10A, consists of 1,446 nucleotides encoding a polypeptide of 481 amino acid residues. Based on the deduced amino acid sequence, Xyn10A was identified to be a modular enzyme composed of a catalytic domain highly homologous to the glycosyl hydrolase family 10 xylanase and a putative carbohydrate-binding module (CBM) in the C-terminus. By using DEAE-sepharose and phenyl-sepharose column chromatography, Xyn10A was purified from the cellfree extract of recombinant Escherichia coli carrying a P. woosongensis xyn10A gene. The N-terminal amino acid sequence of the purified Xyn10A was identified to exactly match the sequence immediately following the signal peptide predicted by the Signal5.0 server. The purified Xyn10A was a truncated protein of 33 kDa, suggesting the deletion of CBM in the C-terminus by intracellular hydrolysis. The purified enzyme had an optimum pH and temperature of 6.0 and 55-60℃, respectively, with the kinetic parameters Vmax and Km of 298.8 U/mg and 2.47 mg/ml, respectively, for oat spelt xylan. The enzyme was more active on arabinoxylan than on oat spelt xylan and birchood xylan with low activity for p-nitrophenyl-β-xylopyranoside. Xylanase activity was significantly inhibited by 5 mM Cu2+, Mn2+, and SDS, and was noticeably enhanced by K+, Ni2+, and Ca2+. The enzyme could hydrolyze xylooligosaccharides larger than xylobiose. The predominant products resulting from xylooligosaccharide hydrolysis were xylobiose and xylose.

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AI 본문요약
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문제 정의

H2C가 분리되었으며, 배양상등액으로부터 4종류의 xylanases (Xyn5A, Xyn10B, Xyn11A, and Xyn30A)가 확인되었다[13]. 본 연구에서는 이미 두 종류의 GH11 xylanases의 유전자와 효소 특성이 보고된 바 있는, P. woosongensis로부터 신규 GH10 xylanase 유전자를 클로닝하고 재조합 대장균에서 생산된 효소를 정제하여 그 특성을 조사하였다.

제안 방법

초음파로 균체를 파쇄하고 원심분리한 후 균체 파쇄상등액을 채취하여 ammonium sulfate (30−75%)로 침전시키고 투석하였다.
P. woosongensis의 부분적인 유전체 염기서열로부터 유추된 신규 xylanase 유전자를 클로닝하기 위해 upper primer YB45C37-10F (CTTGCTGCAGATGGAATCGCGCAAAAG AAAGC; 밑줄은 PstI 위치)와 lower primer YB45C37-10R (ACTCTCTAGATTAATTCCACAAATATACGTTATCC; 밑줄은 XbaI 위치)을 합성하였다. P.
woosongensis의 부분적인 유전체 염기서열로부터 유추된 신규 xylanase 유전자를 클로닝하기 위해 upper primer YB45C37-10F (CTTGCTGCAGATGGAATCGCGCAAAAG AAAGC; 밑줄은 PstI 위치)와 lower primer YB45C37-10R (ACTCTCTAGATTAATTCCACAAATATACGTTATCC; 밑줄은 XbaI 위치)을 합성하였다. P. woosongensis의 유전체 DNA를 주형, YB45C37-10F와 YB45C37-10R을 primers로 하고 pfu-X DNA polymerase (Solgent Co., Korea)를 사용하여 xylanase 유전자를 증폭하였다. PCR은 95℃에서 3분 간 처리 후 95℃ (25초), 56℃ (40초), 72℃ (1분 30초)의 반응을 25회 반복하고 최종적으로 72℃에서 20분간 반응함으로써 수행하였다.
, Korea)를 사용하여 xylanase 유전자를 증폭하였다. PCR은 95℃에서 3분 간 처리 후 95℃ (25초), 56℃ (40초), 72℃ (1분 30초)의 반응을 25회 반복하고 최종적으로 72℃에서 20분간 반응함으로써 수행하였다. 증폭된 DNA 단편을 PstI과 XbaI으로 동시에 절단하여 agarose gel 전기영동을 한 후 xylanase 유전자를 함유한 DNA를 추출하여 동일한 효소로 처리한 pUC19에 도입하였다.
PCR은 95℃에서 3분 간 처리 후 95℃ (25초), 56℃ (40초), 72℃ (1분 30초)의 반응을 25회 반복하고 최종적으로 72℃에서 20분간 반응함으로써 수행하였다. 증폭된 DNA 단편을 PstI과 XbaI으로 동시에 절단하여 agarose gel 전기영동을 한 후 xylanase 유전자를 함유한 DNA를 추출하여 동일한 효소로 처리한 pUC19에 도입하였다. 이를 E.
초음파로 균체를 파쇄하고 원심분리한 후 균체 파쇄상등액을 채취하여 ammonium sulfate (30−75%)로 침전시키고 투석하였다. 동일 완충용액으로 평형화한 DEAE-Sepharose 컬럼(Sigma-Aldrich Co., USA)에 단백질 용액을 주입하고 컬럼에 흡착되지 않은 효소 용액을 회수한 후 고농도의 ammonium sulfate 용액을 첨가하여 최종적으로 1 M ammonium sulfate와 20 mM Tris (pH 8.0) 을 포함하는 용액이 되도록 하였다. 효소액과 동일 용액으로 활성화된 Phenyl-Sepharose 컬럼에 효소액을 주입하고 정제를 실시하였으며 컬럼에 흡착된 효소는 ammonium sulfate의 농도를 1.
0) 을 포함하는 용액이 되도록 하였다. 효소액과 동일 용액으로 활성화된 Phenyl-Sepharose 컬럼에 효소액을 주입하고 정제를 실시하였으며 컬럼에 흡착된 효소는 ammonium sulfate의 농도를 1.0 M에서 0 M까지 역으로 농도구배를 주어 용출하였다. Xylanase 활성을 갖는 분획을 SDS-PAGE로 분석하여 정제된 분획만을 10 mM sodium phosphate 완충액 (pH 6.
0 M에서 0 M까지 역으로 농도구배를 주어 용출하였다. Xylanase 활성을 갖는 분획을 SDS-PAGE로 분석하여 정제된 분획만을 10 mM sodium phosphate 완충액 (pH 6.0)으로 투석하여 정제 효소로 사용하였다. 정제된 효소의 아미노 말단의 아미노산 배열을 결정하기 위해서는 기초과학연구소 서울분원의 Procise 491 protein sequencer (Applied Biosystems, USA)를 사용하였다.
열안정성은 55−65℃ 범위의 온도에서 xylanase 효소액을 방치하면서 시간별로 채취한 효소액의 잔존활성을 측정하여 결정하였다.
반응 온도와 pH가 효소 활성에 미치는 영향을 조사하기 위하여 30−65℃와 pH 4.5−9.0 의 범위에서 xylanase 활성을 각각 측정하였다.
발색단 기질인 paranitrophenyl-β-xylopyranoside (pNPX)의 분해활성을 측정하기 위해서는 기질 농도를 1 mM로 하고 적정 반응조건에서 10분 동안 반응 후 반응액의 2배 부피의 1 M Na2CO3 용액을 첨가하여 반응을 종결시키고 405 nm에서 흡광도를 측정함으로써 방출된 pNP의 양을 결정하였다.
Xylanase 활성은 적정 반응조건에서 15분 동안 반응 후에 xylan (0.5%)으로부터 유리된 환원당을 3, 5-dinitrosalicylic acid 방법으로 정량하여 결정하였다. 발색단 기질인 paranitrophenyl-β-xylopyranoside (pNPX)의 분해활성을 측정하기 위해서는 기질 농도를 1 mM로 하고 적정 반응조건에서 10분 동안 반응 후 반응액의 2배 부피의 1 M Na₂CO₃ 용액을 첨가하여 반응을 종결시키고 405 nm에서 흡광도를 측정함으로써 방출된 pNP의 양을 결정하였다.
열안정성은 55−65℃ 범위의 온도에서 xylanase 효소액을 방치하면서 시간별로 채취한 효소액의 잔존활성을 측정하여 결정하였다. 금속이온이나 화합물을 반응액에 5 mM이 되도록 첨가하여 효소활성을 측정함으로써 각 물질이 효소 활성에 미치는 영향을 결정하였다. 효소의 반응동력학 계수는 oat spelt xylan 을 기질로 하여 최적조건에서 초기 반응속도를 측정한 후 Lineweaver-Burk plot에서 결정하였으며 정제효소의 단백질 농도는 Bradford 방법으로 결정하였다.
효소의 반응동력학 계수는 oat spelt xylan 을 기질로 하여 최적조건에서 초기 반응속도를 측정한 후 Lineweaver-Burk plot에서 결정하였으며 정제효소의 단백질 농도는 Bradford 방법으로 결정하였다. Xylanase에 의한 최종 가수분해산물을 조사하기 위해 1% 자일로올리고당을 과량의 정제 효소로 45℃에서 4시간 동안 처리하였다. 반응액을 95℃에서 3분간 방치하고 원심분리하여 효소단백질을 제거한 후 반응상등액을 silica gel-precoated thin layer plate (Merck, Gemany)에 점적하여 TLC를 수행하였다.
Xylanase에 의한 최종 가수분해산물을 조사하기 위해 1% 자일로올리고당을 과량의 정제 효소로 45℃에서 4시간 동안 처리하였다. 반응액을 95℃에서 3분간 방치하고 원심분리하여 효소단백질을 제거한 후 반응상등액을 silica gel-precoated thin layer plate (Merck, Gemany)에 점적하여 TLC를 수행하였다. 전개용매로는 chloroform, acetic acid와 증류수(4.
0)를 함유한 agarose gel을 중층한 후 50℃에서 1시간 반응하였다. Polyacrylamide gel은 단백질 염색을 하였으며, 중층한 agarose gel은 0.2% congo red 용액으로 30분간 염색하고 1 M NaCl 용액으로 탈색하여 xylan 분해 단백질을 관찰하였다.
이들 효소는 GH10, GH11, GH30 또는 GH5에 속하는 것으로 GH10 xylanase가 가장 많았다. P. woosongensis의 유전정보로부터 이미 보고된 2 종류의 GH11 xylanases외에 GH10 xylanase로 추정되는 유전자가 확인되어 이를 PCR로 클로닝하기 위한 primers를 제조하였다. Primers YB45C37-10F와 YB45C37-10R를 사용하여 PCR을 수행한 결과 예상되는 크기의 1.
woosongensis의 유전정보로부터 이미 보고된 2 종류의 GH11 xylanases외에 GH10 xylanase로 추정되는 유전자가 확인되어 이를 PCR로 클로닝하기 위한 primers를 제조하였다. Primers YB45C37-10F와 YB45C37-10R를 사용하여 PCR을 수행한 결과 예상되는 크기의 1.5-kb xylanase 유전자 단편이 증폭 되었으며 이를 PstI과 XbaI으로 절단하여 pUC19에 도입함으로써 재조합 플라스미드 pYX7을 제조하였다.
PwXyn10A의 효소 특성을 조사하기 위해 재료 및 방법에 기술한 대로 pwxyn10A 유전자를 함유한 E. coli DH5α 배양 균체로부터 PwXyn10A를 정제하였다.
5 kDa으로 추정되었으며 이것은 SDSPAGE에서 활성을 보이는 큰 단백질과 유사하였다. 최종적으로 정제된 33 kDa 크기의 xylanase는 분자량이 예상보다 매우 작으므로 정제된 xylanase가 PwXyn10A의 어느 부분에 해당하는지 확인하기 위해 정제효소를 SDS-PAGE로 전개한 후 PVDF 막으로 옮겨 아미노 말단의 서열을 분석하였다. 그 결과 아미노 말단 배열이 GIANGSKF로 확인되었으며 이는 pwxyn10A 유전자로부터 유추된 PwXyn10A의 33− 40번째 잔기에 해당하였다.
Phenyl-Sepharose 컬럼 크로마토그래피 과정을 통해 최종적으로 정제된 PwXyn10A-CD를 사용하여 효소의 특성을 조사하였다. 반응온도와 pH가 xylanase 활성에 미치는 영향을 조사한 결과 Fig.
pH에 대한 안정성을 측정하기 위해 pH 3−9 범위의 완충액에서 1시간동안 방치한 후 잔존 활성을 결정하였다.
열안정성 조사를 위해 55−65℃에서 효소를 방치하면서 시간별 잔존활성을 측정하였다.
금속이온을 비롯한 화합물이 PwXyn10A-CD 활성에 미치는 영향을 분석하여 ManF-X10, KRICT PX-3 및 XynNF와 비교하였다(Table 2). 5 mM의 화합물이 존재할 때 PwXyn10A 는 Ca²⁺, Mg²⁺, Ni²⁺, Fe²⁺과 K⁺에 의해서는 활성이 증가되었으며 Fe³⁺에 의해서는 거의 영향을 받지 않았다.

대상 데이터

Escherichia coli DH5α(F− λ−glnV44 thi-1 recA1 gyrA96 deoR nupG purB20 φ80dlacZΔM15 Δ(lacZYA-argF)U169 hsdR17(rm− mk +))와 플라스미드 pUC19는 유전자조작을 위한 숙주와 vector로 사용되었다.
이를 E. coli DH5α에 형질전환하고 oat spelt xylan (0.5%)과 ampicillin (100 μg/ml)이 첨가된 LB 배지에 도말하여 투명환을 보이는 콜로니를 xylanase 유전자가 클로닝된 형질전환주로 선발하였다.
정제된 효소의 아미노 말단의 아미노산 배열을 결정하기 위해서는 기초과학연구소 서울분원의 Procise 491 protein sequencer (Applied Biosystems, USA)를 사용하였다.
반응액을 95℃에서 3분간 방치하고 원심분리하여 효소단백질을 제거한 후 반응상등액을 silica gel-precoated thin layer plate (Merck, Gemany)에 점적하여 TLC를 수행하였다. 전개용매로는 chloroform, acetic acid와 증류수(4.3 : 5 : 0.7, (v/v)) 혼합용액을 사용하였고 발색제로는 9 ml ethanol, 0.5 ml p-anisaldehyde, 0.5 ml sulfuric acid와 glacial acetic acid 몇 방울을 혼합한 용액을 사용하였다[4].

이론/모형

금속이온이나 화합물을 반응액에 5 mM이 되도록 첨가하여 효소활성을 측정함으로써 각 물질이 효소 활성에 미치는 영향을 결정하였다. 효소의 반응동력학 계수는 oat spelt xylan 을 기질로 하여 최적조건에서 초기 반응속도를 측정한 후 Lineweaver-Burk plot에서 결정하였으며 정제효소의 단백질 농도는 Bradford 방법으로 결정하였다. Xylanase에 의한 최종 가수분해산물을 조사하기 위해 1% 자일로올리고당을 과량의 정제 효소로 45℃에서 4시간 동안 처리하였다.

성능/효과

클론된 P. woosongensis의 xylanase는 GH10에 속하는 xylanase의 활성영역(33−318 잔기)과 CBM으로 추정되는 영역(319−481 잔기)이 배열된 다영역 효소로 확인되었으며 Xyn10A로 명명하였다.
클론된 유전자 단편의 염기서열을 결정한 결과 481개 아미노산 잔기의 단백질을 코드하는 1,446 bp의 xylanase 유전자가 확인되었다 (GenBank accession number MF062088). 유전자로부터 유추된 아미노산 배열을 SignalP5.
클론된 유전자 단편의 염기서열을 결정한 결과 481개 아미노산 잔기의 단백질을 코드하는 1,446 bp의 xylanase 유전자가 확인되었다 (GenBank accession number MF062088). 유전자로부터 유추된 아미노산 배열을 SignalP5.0 프로그램 (http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/)으로 분석한 결과 아미노 말단의 32개 잔기가 signal peptide로 예측되었다(Fig. 1). Signal peptide는 아미노산 배열이 매우 다양하므로 그 상동성을 비교하기 어려운 것으로 알려져 있지만[15], 예측된 signal peptide는 염기성 아미노산이 배열한 아미노 말단과 소수성 아미노산이 배열한 중앙 지역 및 signal peptidase의 절단 지점 앞에 AXA 배열을 포함하고 있어 signal peptide의 전형적인 특징을 보였다[16, 17].
woosongensis의 xylanase는 GH10에 속하는 xylanase의 활성영역(33−318 잔기)과 CBM으로 추정되는 영역(319−481 잔기)이 배열된 다영역 효소로 확인되었으며 Xyn10A로 명명하였다. P. woosongensis의 Xyn10A (PwXyn10A)를 미국의 NCBI database에 등록된 다른 효소와 아미노산 배열을 비교한 결과 P. macerans의 xylanase (KFM94218; 484 잔기)와 상동성이 76%로 가장 높았다. 이외에 Paenibacillus sp.
그 결과 아미노 말단 배열이 GIANGSKF로 확인되었으며 이는 pwxyn10A 유전자로부터 유추된 PwXyn10A의 33− 40번째 잔기에 해당하였다.
결합되지 않은 효소액을 Phenyl-Sepharose 컬럼 크로마토그래피로 정제한 결과 PwXyn10A는 Phenyl-Sepharose 컬럼에 흡착되었으며 0.6− 0.3 M ammonium sulfate 농도에서 용출되었다.
3 M ammonium sulfate 농도에서 용출되었다. 정제 단계별 단백질을 SDS-PAGE와 활성염색으로 분석한 결과 균체파쇄상등액, 황산암모늄 침전단백질과 DEAE-Sepharose 컬럼에 결합되지 않는 단백질 용액에서 동일하게 47 kDa 및 33 kDa의 상이한 분자량을 갖고 xylanase 활성을 보이는 두 개의 단백질 밴드가 관찰되었다(Fig. 2A). Phenyl-Sepharose 컬럼에 흡착되지 않은 용액에서는 효소활성이 관찰되지 않았으며 ammonium sulfate 농도차에 의해 용출된 분획 중 활성을 갖는 분획에서 오직 33 kDa의 단백질만이 정제 효소 로 관찰되었다(Fig.
2A). Phenyl-Sepharose 컬럼에 흡착되지 않은 용액에서는 효소활성이 관찰되지 않았으며 ammonium sulfate 농도차에 의해 용출된 분획 중 활성을 갖는 분획에서 오직 33 kDa의 단백질만이 정제 효소 로 관찰되었다(Fig. 2B).
8 kDa로 계산되며 정제된 단백질과 거의 일치하는 것을 알 수 있다. 이로 보아 카르복실 말단의 CBM으로 추정되는 영역이 절단된 것으로 판단되며 정제된 효소를 PwXyn10A-CD로 명명하였다. 재조합 대장균에서 생산된 단백질이 균체내 단백질 분해효소에 의해 분해되어[19], 크기가 다른 여러 개 활성 단백질로 생산된 예가 Paenibacillus sp.
반응온도와 pH가 xylanase 활성에 미치는 영향을 조사한 결과 Fig. 3A에 보인 바와 같이 55−60℃와 pH 6.0에서 최대활성을 보였으며 pH 완충액 종류에 따라 활성에 차이가 크게 나타났다.
pH 3과 4에서 약 66%와 84%의 잔존활성을 보였고 pH 6−9 범위에서는 전혀 실활되지 않고 활성이 그대로 유지되었다(Fig. 3B).
그 결과 60℃에서 6시간동안 방치한 후에도 활성이 완전하게 유지하였으나, 65℃에서는 1시간 방치하였을 때 잔존활성이 1−2% 수준으로 확인되었다(결과 미제시).
GH10의 활성영역으로만 구성된 xylanase인 PcXyn10C [3]와 P. amylolyticus KCTC 3005의 PaXN_10 [9]은 pH 7.0과 50℃에서 모두 최대 활성을 보여 최적온도가 PwXyn10A-CD보다 약간 낮았다. PcXyn10C는 60℃에서 1시간 방치후에 그 활성이 그대로 유지되지만 70℃에 1시간 방치하면 완전히 실활되어 열안정성이 PwXyn10A-CD와 유사하였다.
PcXyn10C는 60℃에서 1시간 방치후에 그 활성이 그대로 유지되지만 70℃에 1시간 방치하면 완전히 실활되어 열안정성이 PwXyn10A-CD와 유사하였다. pH에 대한 안정성은 산성과 중성 부근에서는 PcXyn10C와 PwXyn10A-CD는 유사하였지만, pH 9.0에서 PwXyn10A-CD는 안정하여 실활이 일어나지 않는데 비해 PcXyn10C는 크게 실활되어 25% 잔존활성을 보이는 차이가 있었다. ManF-X10은 pH 7과 40℃에서 최대 활성을 보이며 열안정성이 낮아 50℃에서 30분간 방치하였을 때 잔존활성이 4%로 보고되었다.
기질에 따른 반응성을 조사한 결과 Table 1에 보인 바와 같이 PwXyn10A-CD는 arabinoxylan에 대한 분해활성이 가장 높았고, oat spelt xylan의 분해능이 birchwood xylan 보다 약간 높았으며 carboxymethyl cellulose (CMC), locust bean gum과 같이 xylan이 아닌 섬유질계 물질을 분해하지 못하였다. P.
한편 pNP 화합물을 분해하지 못하는 다수의 xylanase와는 달리 PwXyn10A-CD는 pNPX, pNP-β-glucopyranoside와 pNP-β-galactopyranoside에 대해 높지는 않지만 분해 활성을 갖는 특성을 보였다.
최적 반응조건에서 oat spelt xylan을 기질로 하여 5−10 mg/ml의 농도 범위에서 PwXyn10A-CD의 초기 반응속도를 구해 Vmax와 Km 값을 결정한 결과 298.8 U/mg과 2.47 mg/ ml로 측정되었다.
Fe²⁺의 경우 효소에 따라 향상시키거나 심하게 저해하였으며, Fe³⁺와 Cu²⁺는 대부분의 효소활성을 저해하였으며 효소간에 차이가 컸으며, 농도에 따라서도 큰 편차를 보였다. PwXyn10A-CD는 5 mM EDTA에 의해 미약하게 저해되는 것과는 달리 KRICT PX-3 [27]과 XynNF는 약 50% 수준의 활성이 저해되었고, PwXyn10A-CD와 XynNF는 모두 SDS에 의해서 심하게 활성이 저해되었다.
598K (GBF76989; 478 잔기) 및 Planifilum fulgidum (SFG13237; 480 잔기)의 xylanases와는 크기가 유사하고 70−77% 수준의 상동성을 보여 PwXyn10A는 신규의 xylanase로 확인되었다.
598K (GBF76989; 478 잔기) 및 Planifilum fulgidum (SFG13237; 480 잔기)의 xylanases와는 크기가 유사하고 70−77% 수준의 상동성을 보여 PwXyn10A는 신규의 xylanase로 확인되었다. 상기의 상동성이 높은 xylanase 는 모두 유전체에서 추론된 아미노산 배열과 비교한 결과이며 효소적 특성이 확인된 xylanase와 비교하였을 때 아미노산 배열과 그 크기가 가장 유사한 것은 발효 분뇨의 유전체 은행에서 탐색된 xylanase (ManF-X10)이며[18], 그 크기가 14개 아미노산이 차이가 있고 아미노산 배열 상동성이 69%로 확인되었다. 실제 ManF-X10은 아미노 말단이 완전하게 클로닝되지 못한 상태이다(Fig.

참고문헌 (27)

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표제어: PCR

동의어: Packet Collision Rate

용어 설명 출처 목록 (6)

용어 설명: PCR은 세균 특이성이 있는 primer를 이용하여 적은 수의 세균이 있을지라도 쉽게 검출할 수 있는 유용한 방법이며, 이를 이용하여 구강 내 치면세균막이나 타액에서 직접 세균을 검출할 수 있게 되었다[8].

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