[논문]국내 양식 흰다리새우에서 검출된 노랑머리바이러스(YHV-8)의 유전학적 특성

김석렬; 신기욱

doi:10.7847/jfp.2020.33.1.077

[국내논문] 국내 양식 흰다리새우에서 검출된 노랑머리바이러스(YHV-8)의 유전학적 특성
Detection and genetic characteristic of Yellow-head virus genotype 8 (YHV-8) Cultured Litopanaeus vanamei, in Korea 원문보기

韓國魚病學會誌= Journal of fish pathology, v.33 no.1, 2020년, pp.77 - 81

김석렬 (국립수산과학원 서해수산연구소) , (전북대학교 수의학과) , (전북대학교 수의학과) , 신기욱 (전북대학교 수의학과)

Abstract ▼ AI-Helper

This study was performed for screening yellow head virus(YHV) complex in 252 including 235 white leg shrimps (Litopenaeus vannamei) and 17 oriental shrimp (Fenneropenaeus chinensis) collected from 18 farms located in southwestern province of Korea. The virus complex was detected by nested reverse-transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) assay. In the assay, amplicons were resulted in RNAs exracted from 38 shrimps (21 white leg shrimps and 17 oriental shrimps) obtained from 7 farms. In phylogenetic analysis using sequences of ORF1b gene, all 38 sequences obtained in this study formed an independent lineage with YHV-8 genotype firstly isolated in China, belonged to an YHV-8 clade.

Keyword

표/그림 (4)

표 Table 1. Primer set used in this study
그림 Fig. 1. Nested PCR assay for screening yellow head complex.
표 Table 2. Prevalence of yellow head complex in shrimps
그림 Fig. 2. Evolutionary relationships of YHV strains isolated from shrimp samples.

AI 본문요약
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제안 방법

따라서, 국내 미발생 감염병을 유발할 수 있는 신종 병원체의 유입 차단을 위해 검역 강화 그리고 국내 새우 양식장의 주기적인 예찰이 필요한 실정이다. 이러한 이유에서 본 연구는 국내 서남쪽 지역에 위치한 18곳의 흰다리새우(Litopa- naeus vanamei) 양식장에서 새우를 수거하여 yellow head complex를 조사하였고 YHV의 유전형을 분석하였다.
Nested PCR을 위한 양성 유전자는 증폭 target DNA가 삽입된 plasmid로 전남대학교 수산생명의학과에서 제공 받아 사용하였다. 전기영동에서 확인된 146 bp의 증폭산물은 PCR gel purification kit를 사용하여 정제하였으며 YC-F2a, YC-R2a primer set를 사용하여 PCR을 수행, 염기서열 분석을 하였다. 염기서열들은 bioedit Ver.

대상 데이터

국내 양식 새우에서 Yellow head complex를 조사하기 위해 2019년 서남해에 위치한 18곳 양식장으로부터 흰다리새우 235마리(전장: 16.5-20.5 cm, 체중: 12.1~25.7 g)와 자연산 대하 17마리 (전장: 18.5-21.9 cm, 체중: 56.1~80.7 g)를 채집하여 냉장 상태로 밀봉하여 실험실로 수송 후 아가미를 적출 하여 RNeasy PowerLyzer Tssue & cells kit를 사용하여 RNA를 추출하여 -80℃에 보관하였다. Yellow head complex의 검출은 OIE (2019)에서 추천하는 protocol 3의 nested RT-PCR을 위한 primer set 그리고 thermocycle condition에 준하여 수행하였다 (Table 1).

데이터처리

전기영동에서 확인된 146 bp의 증폭산물은 PCR gel purification kit를 사용하여 정제하였으며 YC-F2a, YC-R2a primer set를 사용하여 PCR을 수행, 염기서열 분석을 하였다. 염기서열들은 bioedit Ver.7.2.1를 사용하여 multiple alignments 를 실시하였고, MEGA7 software에서 근린결합분석(neighbor-joining analysis; 5,000 rounds of boo- strap)을 통하여 phylogenetic analysis를 수행하였다.

이론/모형

7 g)를 채집하여 냉장 상태로 밀봉하여 실험실로 수송 후 아가미를 적출 하여 RNeasy PowerLyzer Tssue & cells kit를 사용하여 RNA를 추출하여 -80℃에 보관하였다. Yellow head complex의 검출은 OIE (2019)에서 추천하는 protocol 3의 nested RT-PCR을 위한 primer set 그리고 thermocycle condition에 준하여 수행하였다 (Table 1). 새우 아가미로부터 추출한 RNA는 HighCapacity cDNA Reverse Transcription kit(Applied Biosystem^TM , ThermoFisher SCIENTIFIC)를 사용하여 cDNA를 합성하였다.

성능/효과

Nested RT-PCR로 yellow head complex를 스크리닝 한 결과, 13 양식장에서 수집한 235 개체 중 7곳 의 양식장 21 개체, 자연산 대하 17 개체에서 양성 반응이 확인되었다(Table 2). 증폭산물의 염기서열로 blast searching 결과 중국에서 분리된 YHV-8의 ORF1b와 95~98%의 identity를 보였으며 phyloge- netic analysis를 수행한 결과 증폭산물 간의 평균 divergency는 0.
027이었다. 위와 같이 새우의 조직에서 yellow head complex를 스크리닝 결과, 얻어 낸 증폭산물의 염기서열들은 YHV–8과 가장 가까운 근연관계가 있는 것을 확인할 수 있었다. 또한, phylogenetic tree에서도 증폭산물들은 기존에 보고 된 YHV-8와 함께 독립된 cluster를 형성하였다 (Fig.
두 유전형에 의한 새우 의 질병 발생 및 폐사와의 직접적인 연관성은 불분명하다. 본 연구에서 YHV-8이 검출된 38(흰다리 새우 21마리 그리고 대하 17마리)개체들로부터 AHPND진단을 위한 AP4 primer를 사용한 PCR as- say (Dangtip et al., 2015)를 수행한 결과 흰다리새우 8마리에서 양성을 보였으나 대하 17개체를 포함한 30마리에서는 음성반응을 보였다. 게다가, 두 질병의 단일 또는 복합으로 진단된 개체는 외관상 그 질병들과 연관한 뚜렷한 임상증상을 보이지 않았다(data not shown).

후속연구

, 2014) 2019년부터 자연산 및 양식산 새우에서 YHV-8이 검출되고 있다. YHV-8은 국내 검역·방역 및 OIE 등록 전염병이 아니어서 방역 조치 대상 질병이 아니지만 향후 역학 조사를 통한 YHV-8의 유입경로 및 양식산 흰다리새우에서의 질병 관여 역할을 규명해야 할 필요성은 있다.

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