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임상검체에서 분리된 병원성 사상균의 분자생물학적 분석
Molecular Analysis of Pathogenic Molds Isolated from Clinical Specimen 원문보기

Korean journal of clinical laboratory science : KJCLS = 대한임상검사과학회지, v.52 no.3, 2020년, pp.229 - 236  

이장호 (세명대학교 임상병리학과) ,  권계철 (충남대학교 의과대학 진단검사의학과) ,  구선회 (충남대학교 의과대학 진단검사의학과)

초록
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임상 검체에서 분리된 65개의 사상형 진균을 대상으로 연구하였다. 이 균주들은 형태학적으로 동정이 불가능한 진균, 형태학적으로 유사하여 동정이 까다로운 균주, 종(species) 수준의 동정이 요구되는 균종들이다. PCR과 염기서열분석은 ITS. DiD2, 그리고 β-tubulin 유전자를 표적 부위로 하였고, 증폭된 염기서열은 상동성 분석을 위하여 GenBank 데이터베이스의 알고리즘을 이용하여 분석하였다. 형태학적으로 속 수준의 동정이 가능한 진균은 61.5%이었고, 65주의 염기서열분석으로 62 균주는 속과 종의 동정이 가능하였다. 형태학적 검사와 염기서열분석의 결과, 속과 종이 불일치한 경우 14주(21.5%)이었고, 형태학적으로 동정이 불가능하였던 사례는 11 균주이었다. B. dermatitidis, T. marneffei, 그리고 G. argillacea 등은 염기서열분석으로 국내에서 처음으로 확인하였다. Aspergillus와 같이 흔히 분리되고 성장이 빠른 진균들의 경우에는 형태학적인 검사가 보고시간과 비용 면에서는 매우 유용한 방법이다. 분자유전학적인 검사 방법은 비용과 임상적 중요성 등을 고려하여야 하지만 분자유전학적 검사를 병행하여 신속하고 정확한 결과를 제공할 수 있다.

Abstract AI-Helper 아이콘AI-Helper

Sixty-five molds isolated from clinical specimens were included in this study. All the isolates were molds that could be identified morphologically, strains that are difficult to identify because of morphological similarities, and strains that require species-level identification. PCR and direct seq...

주제어

AI 본문요약
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문제 정의

  • 본 연구는 임상 검체에서 분리되는 진균의 형태학적 동정 결과를 기준으로, 염기서열 분석결과와 비교하여 보고하고자 한다.
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질의응답

핵심어 질문 논문에서 추출한 답변
침습적 감염을 일으키는 사상형 진균들은 무엇이 있나요? 사상형 진균에 의한 침습적 감염은 여전히 Aspergillus가 대부분을 차지하고 있지만, 장기이식이나 악성 종양환자의 항암치료에 의한 면역저하 환자의 증가와 더불어 Zygomycetes, Fusarium 그리고 Scedosporium spp와 같은 다양한 사상형 진균에 의한 감염도 증가하고 있다[1, 2].
진균의 형태학적인 동정의 문제점을 극복하기 위해서 활용되는 분자생물학적 동정 방법은? 최근에 진균의 형태학적인 동정의 문제점들을 극복하기 위하여 분자생물학적 검사 방법들이 활발하게 이용되고 있다[3]. 진균의 분자생물학적 동정 방법 가운데 염기서열분석법(sequencing)은 진균 검사의 전통적인 형태학적 검사의 문제점을 극복할 수 있는 검사 방법으로 간주되고 있다[4-6].
사상균의 집락의 특징적인 형태를 현미경으로 쉽게 동정하지 못하는 이유는? 대부분의 사상균은 배양에서 자란 집락의 형태와 현미경적 특성으로 동정할 수 있는 표현형 기준으로 동정을 하지만, 집락의 특징적인 형태를 관찰하기 위해서는 균종에 따라 수일 또는 수 주일이 소요되고, 동정을 위해서는 매우 숙련된 전문가를 필요로 할 뿐만 아니라, 판독자의 주관적인 소견에 의존하기 때문에 잘못 동정하거나 동정을 하지 못하는 문제점이 있다[1].
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참고문헌 (21)

  1. Lee NY, Heo HJ, et al. Clinical cases in medical mycology. Seoul: Panmun education; 2015. 

  2. Shoham S. Emerging fungal infections in solid organ transplant recipients. Infec Dis Clin North Am. 2013;27:305-316. https://doi.org/10.1016/j.idc.2013.02.004 

  3. Summerbell RC, Levesque CA, Seifert KA, Bovers M, Fell JW, Diaz MR, et al. Microcoding: the second step in DNA barcoding. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 2005;29:1897-903. https://doi.org/10.1098/rstb.2005.1721 

  4. Peter CI, Ishwor T, Dhundy B. Review of methods for the identification of zygomycetes with an emphasis on advances in molecular diagnostics. Lab Med. 2011;42:260-266. https://doi.org/10.1309/LMJ8Z0QPJ8BFVMZF 

  5. Landlinger C, Preuner S, Willinger B, Landlinger C1, Preuner S, Willinger B, et al. Species-specific identification of a wide range of clinically relevant fungal pathogens by use of Luminex xMAP technology. J Clin Microbiol. 2009;47:1063-1073. https://doi.org/10.1128/JCM.01558-08 

  6. Clinical and Laboratory Standards Institute. Interpretive criteria for identification of bacteria and fungi by DNA target sequencing: approved guideline, CLSI document MM18-A, Wayne: Clinical and Laboratory Standards Institute; 2008. 

  7. Arvanitis M, Anagnostou T, Fuchs BB, Caliendo AM, Mylonakis E. Molecular and nonmolecular diagnostic methods for invasive fungal infections. Clini Microbiol Rev. 2014;27:490-526. https://doi.org/10.1128/CMR.00091-13 

  8. Ciardo DE, Lucke K, Imhof A, Bloemberg GV, Bottger EC. Systematic internal transcribed spacer sequence analysis for identification of clinical mold isolates in diagnostic mycology: a 5-year study. J Clin Microbiol. 2010;48:2809-2813. https://doi.org/10.1128/JCM.00289-10 

  9. Lee JH, Yu SR, Koo BK, Moon C. Study on imported case dimorphic fungi isolated from clinical specimen in Korea. Korean J Clin Lab Sci. 2018;50:29-36. https://doi.org/10.15324/kjcls.2018.50.1.29 

  10. Seo JY, Ma YE, Lee JH, Lee ST, Ki CS, Lee NY. A case of disseminated Penicillium marneffei infection in a liver transplant recipient. Korean J Lab Med. 2010;30:400-405. https://doi.org/10.3343/kjlm.2010.30.4.400 

  11. Sohn JY, Jang MA, Lee JH, Park KS, Ki CS, Lee NY. Isolation and identification of Geosmithia argillacea from a fungal ball in the lung of a tuberculosis patient. Ann Lab Med. 2013;33:136-140. https://doi.org/10.3343/alm.2013.33.2.136 

  12. Jang JH, Lee JH, Ki, CS, Lee NY. Identification of clinical mold isolates by sequence analysis of the internal transcribed spacer region, ribosomal large-subunit D1/D2, and $\beta$ -Tubulin. Ann Lab Med. 2012;32:126-132. https://doi.org/10.3343/alm.2012.32.2.126 

  13. Jang JH, Usefulness of molecular identification of molds in clinical isolates. Seoul: Sungkyungkwan University; 2011. 

  14. Lee JH, Koo BK, Study of Aspergillus spp. from clinical specimen isolate. Korean J Clin Lab Sci. 2016;48:15-21. https://doi.org/10.15324/kjcls.2016.48.1.15 

  15. Park KS, Ki CS, Lee NY. Laboratory experience in phenotypic and molecular identification of Blastomyces dermatitidis first isolated in Korea. Korean J Clin Microbiol. 2012;15:114-116. http://doi.org/10.5145/KJCM.2012.15.3.114 

  16. Jung JY, Jo GH, Kim HS, Park MY, Shin JH, Chin BS, et al. Disseminated penicilliosis in a Korean human immunodeficiency virus infected patient from Laos. J Korean Med Sci. 2012;27:697-700. http://doi.org/10.3346/jkms.2012.27.6.697 

  17. Supparatpinyo K, Khamwan C, Baosoung V, Nelson KE, Sirisanthana T. Disseminated Penicillium marneffei infection in Southeast Asia. Lancet. 1994;344:110-113. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(94)91287-4 

  18. Larone DH. Medically important fungi: A guide to identification, 5th ed. Washington DC: ASM press; 2011. 

  19. Chayakulkeeree M, Ghannoum MA, Perfect JR. Zygomycosis: the re-emerging fungal infection. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2006;25:215-229. https://doi.org/10.1007/s10096-006-0107-1 

  20. Robin C, Alanio A, Cordonnier C. Mucormycosis: a new concern in the transplant ward?. Curr Opin Hematol. 2014;21:482-490. https://doi.org/10.1097/MOH.0000000000000082 

  21. Joichi Y, Chijimatsu I, Yarita K, Kamei K, Miki M, Onodera M, et al. Detection of Mucor velutinosus in a blood culture after autologous peripheral blood stem cell transplantation: a pediatric case report. Med Mycol J. 2014;55:43-48. https://doi.org/10.3314/mmj.55.e43 

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