$\require{mediawiki-texvc}$

연합인증

연합인증 가입 기관의 연구자들은 소속기관의 인증정보(ID와 암호)를 이용해 다른 대학, 연구기관, 서비스 공급자의 다양한 온라인 자원과 연구 데이터를 이용할 수 있습니다.

이는 여행자가 자국에서 발행 받은 여권으로 세계 각국을 자유롭게 여행할 수 있는 것과 같습니다.

연합인증으로 이용이 가능한 서비스는 NTIS, DataON, Edison, Kafe, Webinar 등이 있습니다.

한번의 인증절차만으로 연합인증 가입 서비스에 추가 로그인 없이 이용이 가능합니다.

다만, 연합인증을 위해서는 최초 1회만 인증 절차가 필요합니다. (회원이 아닐 경우 회원 가입이 필요합니다.)

연합인증 절차는 다음과 같습니다.

최초이용시에는
ScienceON에 로그인 → 연합인증 서비스 접속 → 로그인 (본인 확인 또는 회원가입) → 서비스 이용

그 이후에는
ScienceON 로그인 → 연합인증 서비스 접속 → 서비스 이용

연합인증을 활용하시면 KISTI가 제공하는 다양한 서비스를 편리하게 이용하실 수 있습니다.

황해 갑각 중형동물플랑크톤의 형태 분석과 DNA 메타바코딩 비교
Comparison of Morphological Analysis and DNA Metabarcoding of Crustacean Mesozooplankton in the Yellow Sea 원문보기

Ocean and polar research, v.43 no.1, 2021년, pp.45 - 51  

김가람 (한국해양과학기술원 해양생태연구센터) ,  강형구 (한국해양과학기술원 해양생태연구센터) ,  김충곤 (한국해양과학기술원 해양생태연구센터) ,  최재호 (한국해양과학기술원 해양생태연구센터) ,  김성 (한국해양과학기술원 해양생태연구센터)

Abstract ▼ AI-Helper 아이콘AI-Helper

Studies on marine zooplankton diversity and ecology are important for understanding marine ecosystem, as well as environmental conservation and fisheries management. DNA metabarcoding is known as a useful tool to reveal and understand diversity among animals, but a comparative evaluation with classi...

주제어

#mesozooplankton   #crustacean   #morphology   #metabarcoding   #NGS  

표/그림 (3)

참고문헌 (30)

  1. Abad D, Albaina A, Aguirre M, Laza-Martinez A, Uriarte I, Iriarte A, Villate F, Estonba A (2016) Is metabarcoding suitable for estuarine plankton monitoring? A comparative study with microscopy. Mar Biol 163(7):1-13 

  2. Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ (1990) Basic local alignment search tool. J Mol Biol 215(3):403-410 

    상세보기

  3. Beaugrand G, Edwards M, Legendre L (2010) Marine biodiversity, ecosystem functioning, and carbon cycles. P Natl Acad Sci USA 107(22):10120-10124 

  4. Bucklin A, Lindeque PK, Rodriguez-Ezpeleta N, Albaina A, Lehtiniemi M (2016) Metabarcoding of marine zooplankton: prospects, progress and pitfalls. J Plankton Res 38(3):393-400 

    상세보기

  5. Bucklin A, Yeh HD, Questel JM, Richardson DE, Reese B, Copley NJ, Wiebe PH (2019) Time-series metabarcoding analysis of zooplankton diversity of the NW Atlantic continental shelf. ICES J Mar Sci 76(4):1162-1176 

    상세보기

  6. Chihara M, Murano M (1997) An illustrated guide to marine plankton in Japan. Tokai University Press, Tokyo, 1574 p 

  7. Clark K, Karsch-Mizrachi I, Lipman DJ, Ostell J, Sayers EW (2016) GenBank. Nucleic Acids Res 44(D1):D67-D72. doi:10.1093/nar/gkv1276 

    상세보기 crossref

  8. Djurhuus A, Pitz K, Sawaya NA, Rojas-Marquez J, Michaud B, Montes E, Muller-Karger F, Breitbart M (2018) Evaluation of marine zooplankton community structure through environmental DNA metabarcoding. Limnol Oceanogr-Meth 16(4):209-221 

  9. Gannon JE, Stemberger RS (1978) Zooplankton (especially crustaceans and rotifers) as indicators of water quality. T Am Microsc Soc 97(1):16-35 

  10. Geller J, Meyer C, Parker M, Hawk H (2013) Redesign of PCR primers for mitochondrial cytochrome coxidase subunit I for marine invertebrates and application in all-taxa biotic surveys. Mol Ecol Resour 13(5):851-861 

    상세보기

  11. Harvey JB, Johnson SB, Fisher JL, Peterson WT, Vrijenhoek RC (2017) Comparison of morphological and next generation DNA sequencing methods for assessing zooplankton assemblages. J Exp Mar Biol Ecol 487:113-126 

    상세보기

  12. Helle K (2000) Distribution of the copepodite stages of Calanus finmarchicus from Lofoten to the Barents Sea in July 1989. ICES J Mar Sci 57(6):1636-1644 

    상세보기

  13. Hirai J, Katakura S, Kasai H, Nagai S (2017a) Cryptic zooplankton diversity revealed by a metagenetic approach to monitoring metazoan communities in the coastal waters of the Okhotsk Sea, Northeastern Hokkaido. Front Mar Sci 4:379. doi:10.3389/fmars.2017.00379 

    상세보기 crossref

  14. Hirai J, Nagai S, Hidaka K (2017b) Evaluation of metagenetic community analysis of planktonic copepods using Illumina MiSeq: comparisons with morphological classification and metagenetic analysis using Roche 454. PloS One 12(7):e0181452. doi:10.1371/journal.pone.0181452 

    상세보기 crossref

  15. Illumina (2013) 16s metagenomic sequencing library preparation. https://support.illumina.com/documents/documentation/chemistry_documentation/16s/16s-metagenomic-library-prep-guide-15044223-b.pdf Accesed 31 Oct 2020 

  16. Jeong MK, Suh HL, Soh HY (2011) Taxonomy and zoogeography of euchaetid copepods (Calanoida, Clausocalanoidea) from Korean waters, with notes on their female genital structure. Ocean Sci J 46(2):117-132 

  17. Katoh K, Standley DM (2013) MAFFT multiple sequence alignment software version 7: improvements in performance and usability. Mol Biol Evol 30(4):772-780 

    상세보기

  18. Kim DK, Park K, Jo H, Kwak IS (2019) Comparison of water sampling between environmental DNA metabarcoding and conventional microscopic identification: a case study in Gwangyang Bay, South Korea. Appl Sci 9:3272. doi: 10.3390/app9163272 

    상세보기 crossref

  19. Kim H, Lee CR, Lee SK, Oh SY, Kim W (2020) Biodiversity and community structure of mesozooplankton in the marine and coastal national park areas of Korea. Diversity 12:233. doi:10.3390/d12060233 

    상세보기 crossref

  20. Kozich JJ, Westcott SL, Baxter NT, Highlander SK, Schloss PD (2013) Development of a dual-index sequencing strategy and curation pipeline for analyzing amplicon sequence data on the MiSeq Illumina sequencing platform. Appl Environ Microb 79(17):5112-5120 

  21. Leray M, Yang JY, Meyer CP, Mills SC, Agudelo N, Ranwez V, Boehm JT, Machida RJ (2013) A new versatile primer set targeting a short fragment of the mitochondrial COI region for metabarcoding metazoan diversity: application for characterizing coral reef fish gut contents. Front Zool 10(1):34. doi:10.1186/1742-9994-10-34 

    상세보기 crossref

  22. Lindeque PK, Parry HE, Harmer RA, Somerfield PJ, Atkinson A (2013) Next generation sequencing reveals the hidden diversity of zooplankton assemblages. PloS One 8(11): e81327. doi:10.1371/journal.pone.0081327 

    상세보기 crossref

  23. Mauchline J (1998) The biology of calanoid copepods. Academic Press, San Diego, 710 p 

  24. NIBR (2013) Invertebrate fauna of Korea: marine planktonic copepods II. National Institute of Biological Resource, 11-1480592-000652-01, 41 p 

  25. Peterson W (1998) Life cycle strategies of copepods in coastal upwelling zones. J Marine Syst 15:313-326 

  26. Schloss PD, Westcott SL, Ryabin T, Hall JR, Hartmann M, Hollister EB, Lesniewski RA, Oakley BB, Parks DH, Robinson CJ, Sahl JW, Stres B, Thallinger GG, Van Horn DJ, Weber CF (2009) Introducing mothur: open-source, platform-independent, community-supported software for describing and comparing microbial communities. Appl Environ Microb 75(23):7537-7541 

  27. Schminke HK (2007) Entomology for the copepodologist. J Plankton Res 29(suppl_1):i149-i162 

  28. Schroeder A, Stankovic D, Pallavicini A, Gionechetti F, Pansera M, Camatti E (2020) DNA metabarcoding and morphological analysis-assessment of zooplankton biodiversity in transitional waters. Mar Environ Res 160:104946. doi:10.1016/j.marenvres.2020.104946 

    상세보기 crossref

  29. Shokralla S, Spall JL, Gibson JF, Hajibabaei M (2012) Next-generation sequencing technologies for environmental DNA research. Mol Ecol 21(8):1794-1805 

    상세보기

  30. Yoon WD, Cho SH, Lim D, Choi YK, Lee Y (2000) Spatial distribution of Euphausia pacifica (Euphausiacea: crustacea) in the Yellow Sea. J Plankton Res 22(5):939-949 

    상세보기

저자의 다른 논문 :

관련 콘텐츠

오픈액세스(OA) 유형

BRONZE

출판사/학술단체 등이 한시적으로 특별한 프로모션 또는 일정기간 경과 후 접근을 허용하여, 출판사/학술단체 등의 사이트에서 이용 가능한 논문

이 논문과 함께 이용한 콘텐츠

저작권 관리 안내
섹션별 컨텐츠 바로가기

AI-Helper ※ AI-Helper는 오픈소스 모델을 사용합니다.

AI-Helper 아이콘
AI-Helper
안녕하세요, AI-Helper입니다. 좌측 "선택된 텍스트"에서 텍스트를 선택하여 요약, 번역, 용어설명을 실행하세요.
※ AI-Helper는 부적절한 답변을 할 수 있습니다.

선택된 텍스트

맨위로