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질병 의존 단백질 도출을 위한 데이터 큐브의 응용
Application of Data Cube to Identify Differentially Expressed Proteins by Disease 원문보기

한국정보과학회 04 봄 학술발표논문집(B), 2004 Apr., 2004년, pp.268 - 270  

김단비 (연세대학교 컴퓨터과학과) ,  이원석 (연세대학교 컴퓨터과학과)

초록
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주어진 셀이나 조직에 발현된 단백질 프로파일의 구조적인 분석을 다루는 단백질체학(Proteomics) 연구에 있어서, 질병에 대한 마커 단백질(marker proteins)을 도출(identification)하는 것은 핵심 논점 중 하나이다. 수십 개의 샘플로부터 추출한 셀이나 조직 내에는 수많은 단백질이 포함되어 있으며, 존재하는 단백질의 질병에 의한 발현량(expression level) 변화 및 임상 특성에 의한 영향을 분석하기 위해서 데이터베이스와 데이터 마이닝 기술의 활용이 효과적이다. 본 논문에서는 질병 일 임상 특성에 따른 단백질의 발현량 변화를 분석하기 위한 OLAP 데이터 큐브(Data cube)의 응용 방법과 단백질 데이터의 분석에 적합한 척도(measure)를 제안하고, 유효성을 보인다.

AI 본문요약
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문제 정의

  • 단백잘체학 연구는 주어진 셀이나 조직에 발현된 단백질 프로파알의 구조적인 분석울 다루며, 유전자 명령으로 만들어진 단백질체를 대상으로 특청 조건 하에서 단백질의 기능 이상 및 구조 변형 유무를 규명하고 질병 과정을 추적하는 것이 목표이다. 따라서, 찰병에 따른 마커 단백질 올 검증하는 것이 단백질체학의 주요 논점의 하나이며, 질병 의존 단백질어iff erentially expressed proteins by disease)0! 잠재적인 마커 단백질일 수 있다.
  • 본 논문에서는 질병뿐 아니라 임의의 임상적 특성에 따라 발현량이 변하는 단백질을 검증하기 위한 OLAP 데이터 큐브의 웅 용 방법과 단백질의 발현량 변화 분석에 적합한 데이터 큐브의 척도를 제안한다. 또한, 통계적 방법과의 비교 실험을 통해 본 논문에서 제안한 척도가 단백질의 발현량 변화 분석에 적합하며 보다 효과적임을 보인다.
  • 본 논문에서는 질병에 따라 다르게 발현되는 단백질을 검증하기 위해 기존에 사용하는 롱계적 방법의 문제점을 해결할 수 있는 척도를 제안하고, 이 척도를 이용한 데이터 큐브의 응용 방안 올 보였다. 제안한 척도는 실험자의 판단에 따라 데이터에 적합한 임계 값을 설정할 수 있으며, 척도의 값에 따라 실제 단백질 검 중 실험을 위한 우선순위 지정이 가능하다.
  • 본 장에서는 단백질 발현량 분석에 대표적으로 사용되는 통계적 분석 방법에 대해 기술하고, 이러한 기존 분석 방법의 문제점을 해결하는 척도를 제안한다.
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