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단백질 이차 구조에 기반을 둔 단백질 구조 정렬 방법
A Method for Protein Structure Alignment based on Protein Secondary Structure 원문보기

2002봄 학술발표논문집(A):Proceedings of The 29th KISS Spring Conference(한국정보과학회), 2002 Apr., 2002년, pp.700 - 702  

김진홍 (울산대학교 컴퓨터·정보통신공학부) ,  안건태 (울산대학교 컴퓨터·정보통신공학부) ,  윤형석 (울산대학교 컴퓨터·정보통신공학부) ,  이수현 (창원대학교 컴퓨터공학과) ,  이명준 (울산대학교 컴퓨터·정보통신공학부)

초록
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단백질 구조를 정렬하는 방법은 단백질의 모티프 또는 폴드를 찾는데 사용되고 있으며, 기능적 또는 구조적으로 연관된 단백질을 분류하는데 유용하게 사용되고 있다. 본 논문에서는 단백질 이차 구조($\alpha$-나선 구조와 $\beta$-병풍구조)를 기반으로 하는 단백질 구조 정렬 방법에 대하여 기술한다. 제안된 단백질 이차 구조 요소 기반의 정렬방법은 단백질 구조를 단백질 이차 구조 요소와 그들 사이의 관계(수소결합, 상대적 위치)를 이용하여 표현하고, 표현된 두 개의 구조를 단백질 이차 구조 요소와 그들 사이의 관계만을 이용하여 비교하는 방법으로 기존의 방법보다 빨리 정렬할 수 있다.

AI 본문요약
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문제 정의

  • 이차 구조 요소 등으로 표현될 수 있다. 논문에서는 단백질 구조를 단백질 이차 구조 요소로 표현하고 이들 사이의 관계를 이용하여 기술한다. 단백질 구조를 단백질 이차 구조 요소로 표현하기 위하여, 그 기능이 파악된 단백질에 대한 3차원 정보를 제공하는 PDB 데이터베이스를 이용한다.
  • 본 논문에서는 단백질 이차 구조 요소를 기반으로 표현[6, 기된 두 단백질 구조를 정렬하는 방법에 대하여 기술한다. 제안된 단백질 구조 정렬 방법은 단백질 이차구조 요소와 그들 사이의 관계를 이용하여 단백질 구조를 정렬하는 방법이다.
  • 본 논문에서는 단백질 이차 구조로 표현된 두 단백질 구조를 정렬하는 방법에 대하여 기술하였다. 단백질 구조는 3차원 구조 데이터에서 단백질 이차 구조 요소(a-나선 구조와 8-병풍 구조)를 알아내고, 이들 사이의 관계를 정의함으로써 표현된다.
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