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카드뮴에 노출된 왼돌이물달팽이(Physa acuta)의 EST 연구와 새로운 환경오염 바이오마커 유전자 발굴 원문보기

한국양식학회 2006년도 수산관련학회 공동학술대회 발표요지집, 2006 May 19, 2006년, pp.624 - 626  

Lee, Yong-Seok (Department of Parasitology, College of Medicine, Inje University) ,  Byun, In-Seon (Genome Research Center, Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology) ,  Choi, Sang-Haeng (Genome Research Center, Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology) ,  Chae, Sung-Hwa (Genome Research Center, Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology) ,  Choi, Han-Ho (Genome Research Center, Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology) ,  Jo, Yong-Hun (Department of Biology, College of Natural Sciences, Soonchunhyang University) ,  Kang, Se-Won (Department of Biology, College of Natural Sciences, Soonchunhyang University) ,  Kho, Weon-Gyu (Department of Parasitology, College of Medicine, Inje University<) ,  Jeong, Kye-Heon ,  Park, Hong-Seog

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제안 방법

  • P. ac心의 total mRNA를 추출한 후 5' oligo capping를 통해 제작한 cDNA library에서 1996개의 클론을 무작위 서열분석하여 얻은 trace file을 phred 프로그램을 통해 Phred 20 조건에서 base calling 한 후 fasta file을 만들었다. 그 후 TIGRCThe Institute for Genomic Research) 에서 제공받은 TGICL(TIGR Gene Indices Clustering Tools) 프로그램을 통해 clustring 및 assembling 한 후 연체동물 전용 BLAST 서버 (http://blast.
  • ac心의 total mRNA를 추출한 후 5' oligo capping를 통해 제작한 cDNA library에서 1996개의 클론을 무작위 서열분석하여 얻은 trace file을 phred 프로그램을 통해 Phred 20 조건에서 base calling 한 후 fasta file을 만들었다. 그 후 TIGRCThe Institute for Genomic Research) 에서 제공받은 TGICL(TIGR Gene Indices Clustering Tools) 프로그램을 통해 clustring 및 assembling 한 후 연체동물 전용 BLAST 서버 (http://blast.inje.ac.kr/mollusks)를 이용하여 서열분석한 후 COG(clusters of oHhologous groups) 및 문헌에 근거하여 25개의 바이오마커 후보 유전자를 선정 한 후 각각의 서열에 대해 primer를 제작하였다.
  • 실시 하였다. 노출 조건은 50ppb에서 시간별(4hrs, 8hrs, 12hrs, 24hrs) 및 8시간에서 농도별(5ppb, 50ppb, 500ppb, 5000ppb) 으로 실시하였다. 노출실험이 끝난 각 검체에서 추출한 total mRNA를 이용하여 합성한 cDNA와 후보유전자의 primer를 이용한 RT-PCR 실험을 통해 유전자의 발현양상을 조사하였다.
  • 노출 조건은 50ppb에서 시간별(4hrs, 8hrs, 12hrs, 24hrs) 및 8시간에서 농도별(5ppb, 50ppb, 500ppb, 5000ppb) 으로 실시하였다. 노출실험이 끝난 각 검체에서 추출한 total mRNA를 이용하여 합성한 cDNA와 후보유전자의 primer를 이용한 RT-PCR 실험을 통해 유전자의 발현양상을 조사하였다.
  • 바이오마커 후보 유전자들의 유의성을 검증하기 위하여 우선 카드뮴(Cd) 노출실험을 실시 하였다. 노출 조건은 50ppb에서 시간별(4hrs, 8hrs, 12hrs, 24hrs) 및 8시간에서 농도별(5ppb, 50ppb, 500ppb, 5000ppb) 으로 실시하였다.
  • 이 서열들을 clustering 및 assembly 하여 얻은 contig 중 대부분은 동정 되었으나 일부 서열들은 동정이 되질 않았다. 이 서열 중 중금속(카드뮴) 노출에 대한 마커를 찾기 위해 노출실험을 실시하였다. 실험결과 카드뮴에 대한 매우 유용한 바이오마커로 생각되는 novel gene 을 찾아내었다.

대상 데이터

  • 본 실험에서는 왼돌이물달팽이의 EST(Expressed Sequence Tags) library# 만들고 무작위 염기서열분석을 실시하여 유효한 서열 1192개를 확보하였다 (Accession numbers BW985220-BW986415). 이 서열들을 clustering 및 assembly 하여 얻은 contig 중 대부분은 동정 되었으나 일부 서열들은 동정이 되질 않았다.
  • 이 서열 중 중금속(카드뮴) 노출에 대한 마커를 찾기 위해 노출실험을 실시하였다. 실험결과 카드뮴에 대한 매우 유용한 바이오마커로 생각되는 novel gene 을 찾아내었다. Novel gene의 유전자 길이는 303bp 였으며발현되는 단백질은 100개의 아미노산으로 구성되어 있었다.
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