초록 ▼

본 발명은 텍스트 마이닝을 이용한 단백질 상호작용 검증 방법 및 시스템에 관한 것이다. 본 발명에 따른 단백질 상호작용 검증 방법은 (a) 바이오 정보 문헌 데이터베이스로부터 검색된 단백질 관련 문서들 중 단백질 상호작용 관계를 텍스트 마이닝 방법을 이용하여 추출하는 단계; (b) 상기 단백질 상호작용 관계 정보를 온톨로지 아이디로 매핑하는 단계; 및 (c) 상기 매핑된 단백질 상호작용 관계 정보 중 상기 정보의 출현 빈도 및 해당 단백질 관련 문서의 영향력 요인을 기준으로 높은 가중치를 갖는 정보를 필터링 하는 단계;를 포함한다

본 발명은 텍스트 마이닝을 이용한 단백질 상호작용 검증 방법 및 시스템에 관한 것이다. 본 발명에 따른 단백질 상호작용 검증 방법은 (a) 바이오 정보 문헌 데이터베이스로부터 검색된 단백질 관련 문서들 중 단백질 상호작용 관계를 텍스트 마이닝 방법을 이용하여 추출하는 단계; (b) 상기 단백질 상호작용 관계 정보를 온톨로지 아이디로 매핑하는 단계; 및 (c) 상기 매핑된 단백질 상호작용 관계 정보 중 상기 정보의 출현 빈도 및 해당 단백질 관련 문서의 영향력 요인을 기준으로 높은 가중치를 갖는 정보를 필터링 하는 단계;를 포함한다. 본 발명에 따르면, 예측한 단백질 상호작용을 실험적으로 검증하기에 앞서 기존에 문헌으로 입증된 지식을 활용함으로써 중복 실험을 피할 수 있으며, 실험 전개의 타당성을 미리 점검할 수 있게 된다. 또한, 단백질 상호작용을 예측하는 시스템의 결과를 문헌을 통해 검증함으로써 예측 시스템의 성능 평가를 위한 척도로 활용될 수 있다.

대표청구항 ▼

(A) 바이오 정보 문헌 데이터베이스로부터 검색된 단백질 관련 문서들 중 단백질 상호작용 관계를 텍스트 마이닝 방법을 이용하여 추출하는 단계; (B) 상기 단백질 상호작용 관계 정보를 온톨로지 아이디로 매핑하는 단계; 및 (C) 상기 매핑된 단백질 상호작용 관계 정보 중 상기 정보의 출현 빈도 및 해당 단백질 관련 문서의 영향력 요인을 기준으로 높은 가중치를 갖는 정보를 필터링 하는 단계;를 포함하는 단백질 상호작용 검증 방법.제 1항에 있어서,(D) 상기 단백질 관련 문서 정보, 문서 내의 단백질 관련 문장 정보, 온톨로지 아이디

(A) 바이오 정보 문헌 데이터베이스로부터 검색된 단백질 관련 문서들 중 단백질 상호작용 관계를 텍스트 마이닝 방법을 이용하여 추출하는 단계; (B) 상기 단백질 상호작용 관계 정보를 온톨로지 아이디로 매핑하는 단계; 및 (C) 상기 매핑된 단백질 상호작용 관계 정보 중 상기 정보의 출현 빈도 및 해당 단백질 관련 문서의 영향력 요인을 기준으로 높은 가중치를 갖는 정보를 필터링 하는 단계;를 포함하는 단백질 상호작용 검증 방법.제 1항에 있어서,(D) 상기 단백질 관련 문서 정보, 문서 내의 단백질 관련 문장 정보, 온톨로지 아이디 정보, 단백질 상호작용 관계 정보 및 그의 정확도 정보를 색인하는 단계;를 추가로 포함하는 것을 특징으로 하는 단백질 상호작용 검증 방법.제 1항에 있어서, 상기 (A) 단계는 (A1) 상기 단백질 관련 문서에 포함된 용어에 대해 태깅을 수행하는 단계; (A2) 상기 태깅된 문서로부터 단백질 상호작용 관계에 관련된 문장을 추출하는 단계; 및(A3) 상기 추출된 문장 중에서 하나의 단백질에 관한 주체 문자, 다른 단백질에 관한 객체 문자 및 그들 사이의 관계를 나타내는 이벤트 문자를 인식하는 단계;를 포함하는 것을 특징으로 하는 단백질 상호작용 검증 방법.제 1항에 있어서, 상기 (B) 단계는 온톨로지 데이터베이스를 이용하여 상기 단백질 상호작용 관계 정보를 종에 따라 매핑하는 것을 특징으로 하는 단백질 상호작용 검증 방법.제 1항에 있어서, 상기 (C) 단계는 (C1) 상기 복수의 단백질 상호작용 정보가 충돌하는 경우 각 정보의 가중치를 산정하는 단계; 및(C2) 상기 정보들의 가중치 차이가 특정 임계치를 초과하는 경우 상기 정보들 중 높은 가중치를 갖는 정보를 선택하는 단계;를 포함하는 것을 특징으로 하는 단백질 상호작용 검증 방법.단백질들 사이의 상호 연관성 정보 및 계층 구조 정보를 저장하는 온톨로지 데이터베이스;단백질 관련 문서들 중 단백질 상호작용 관계를 텍스트 마이닝 방법을 이용하여 추출하는 텍스트 마이닝부; 상기 온톨로지 데이터베이스를 이용하여 상기 단백질 상호작용 관계 정보를 온톨로지 아이디로 매핑하는 온톨로지 매핑부; 및 상기 매핑된 단백질 상호작용 관계 정보 중 상기 정보의 출현 빈도 및 해당 단백질 관련 문서의 영향력 요인을 기준으로 높은 가중치를 갖는 정보를 필터링 하는 정보 필터링부;를 포함하는 단백질 상호작용 검증 시스템.제 6항에 있어서,상기 단백질 관련 문서 정보, 문서 내의 단백질 관련 문장 정보, 온톨로지 아이디 정보, 단백질 상호작용 관계 정보 및 그의 정확도 정보를 색인하고, 상기 색인 정보를 상호작용 정보 데이터베이스에 저장하는 정보 색인부;를 추가로 포함하는 것을 특징으로 하는 단백질 상호작용 검증 시스템.제 6항에 있어서, 상기 텍스트 마이닝부는 (A1) 상기 단백질 관련 문서에 포함된 용어에 대해 태깅을 수행하는 단계; (A2) 상기 태깅된 문서로부터 단백질 상호작용 관계에 관련된 문장을 추출하는 단계; 및(A3) 상기 추출된 문장 중에서 하나의 단백질에 관한 주체 문자, 다른 단백질에 관한 객체 문자 및 그들 사이의 관계를 나타내는 이벤트 문자를 인식하는 단계;를 수행하는 것을 특징으로 하는 단백질 상호작용 검증 시스템.제 6항에 있어서, 상기 정보 필터링부는 (C1) 상기 복수의 단백질 상호작용 정보가 충돌하는 경우 각 정보의 가중치를 산정하는 단계; 및(C2) 상기 정보들의 가중치 차이가 특정 임계치를 초과하는 경우 상기 정보들 중 높은 가중치를 갖는 정보를 선택하는 단계;를 수행하는 것을 특징으로 하는 단백질 상호작용 검증 시스템.