초록 ▼

본 발명은 단백질의 아미노산 서열 변화 예측방법 및 시스템에 관한 것으로, 더욱 상세하게는 단백질 조각의 질량정보 및 단백질 서열 정보를 이용하여 상기 단백질 내에 아미노산 서열 변화 가능성이 있는 위치를 예측함으로써 사용자가 신속하고 합리적인 결정을 할 수 있도록 도와주는 방법 및 시스템에 관한 것이다. 이를 위해, 본 발명은 펩타이드 단편 질량 정보, 펩타이드 서열 정보 및 펩타이드 분자량(MW) 정보를 획득하는 단계; 상기 획득된 정보들을 이용하여 상기 펩타이드 내에서 아미노산 서열변화 가능성이 있는 영역을 표시하는 단계; 상

본 발명은 단백질의 아미노산 서열 변화 예측방법 및 시스템에 관한 것으로, 더욱 상세하게는 단백질 조각의 질량정보 및 단백질 서열 정보를 이용하여 상기 단백질 내에 아미노산 서열 변화 가능성이 있는 위치를 예측함으로써 사용자가 신속하고 합리적인 결정을 할 수 있도록 도와주는 방법 및 시스템에 관한 것이다. 이를 위해, 본 발명은 펩타이드 단편 질량 정보, 펩타이드 서열 정보 및 펩타이드 분자량(MW) 정보를 획득하는 단계; 상기 획득된 정보들을 이용하여 상기 펩타이드 내에서 아미노산 서열변화 가능성이 있는 영역을 표시하는 단계; 상기 영역 내에서 적어도 하나의 아미노산 서열을 변경하여 얻어진 수정된 펩타이드 서열 정보와 이미 알려진 펩타이드 단편들의 질량 정보를 저장하고 있는 데이터베이스와의 비교하여 매칭되는 수정된 펩타이드 서열 정보를 획득하는 단계; 및 상기 수정된 펩타이드 서열 정보를 이용하여, 상기 펩타이드 서열 내에서 아미노산 서열변화 가능성이 가장 높은 위치를 표시하는 단계;를 포함하는 것을 특징으로 하는 아미노산 서열변화 예측 방법을 제공한다.

대표청구항 ▼

단편화 예측 모듈이, 펩타이드에 대하여 질량 분석기에 의해 분석된 펩타이드 단편 질량 정보, 펩타이드 서열 정보 및 펩타이드 분자량(MW) 정보를 입력부에 의해 입력받는 단계;상기 단편화 예측 모듈이, 입력부에 의해, 상기 입력된 펩타이드 단편 질량 정보, 펩타이드 서열 정보 및 펩타이드 분자량(MW) 정보와 펩타이드 단편 계산 데이터베이스에 저장되어 있는 이론적 펩타이드 단편 질량 정보, 펩타이드 서열 정보 및 펩타이드 분자량(MW) 정보의 매칭 범위를 제한하기 위한 소정의 설정값인 단편화 허용 오차 범위를 입력받는 단계(상기 펩

단편화 예측 모듈이, 펩타이드에 대하여 질량 분석기에 의해 분석된 펩타이드 단편 질량 정보, 펩타이드 서열 정보 및 펩타이드 분자량(MW) 정보를 입력부에 의해 입력받는 단계;상기 단편화 예측 모듈이, 입력부에 의해, 상기 입력된 펩타이드 단편 질량 정보, 펩타이드 서열 정보 및 펩타이드 분자량(MW) 정보와 펩타이드 단편 계산 데이터베이스에 저장되어 있는 이론적 펩타이드 단편 질량 정보, 펩타이드 서열 정보 및 펩타이드 분자량(MW) 정보의 매칭 범위를 제한하기 위한 소정의 설정값인 단편화 허용 오차 범위를 입력받는 단계(상기 펩타이드 단편 계산 데이터베이스는 PTM(post-translational modification) 규칙에 의한 펩타이드 단편들의 조합과 PTM 규칙에 의하지 않은 아미노산 서열의 모든 조합과 각 조합의 질량 정보를 포함함);상기 단편화 예측 모듈이, 상기 입력된 펩타이드 단편 질량 정보, 펩타이드 서열 정보 및 펩타이드 분자량(MW) 정보와 상기 이론적 펩타이드 단편 질량 정보, 펩타이드 서열 정보 및 펩타이드 분자량(MW) 정보를 비교하는 단계;비교 결과, 상기 단편화 예측 모듈이, 상기 입력된 펩타이드 단편 질량 정보, 펩타이드 서열 정보 및 펩타이드 분자량(MW) 정보와 상기 이론적 펩타이드 단편 질량 정보, 펩타이드 서열 정보 및 펩타이드 분자량(MW) 정보의 일치하지 않는 아미노산 서열들을 상기 펩타이드 내에서 아미노산 서열 변화 가능성이 있는 영역을 표시부에 표시하는 단계;상기 단편화 예측 모듈이, 상기 입력부에 의해 상기 아미노산 서열 변화 가능성이 있는 영역 내의 아미노산 변화 예상 개수 및 상기 입력된 펩타이드 단편 질량 정보에 대한 허용 오차를 나타내는 허용 오차 범위를 입력받는 단계; 및데이터베이스 매칭 모듈이, 상기 아미노산 변화 예상 개수를 이용하여 상기 오차 범위 내에서 아래의 수학식 1 또는 수학식 2에 의해 스코어를 계산함으로써 상기 아미노산 서열 변화 가능성이 있는 영역 내에서 아미노산 서열 변화 가능성이 가장 높은 서열을 상기 표시부에 표시하는 단계를 포함하는 아미노산 서열 변화 예측 방법. [수학식 1]스코어 = {1 / (아미노산 서열 길이 - 이중으로 단편화된 개수) x 0.4} x {총 단편화 개수 / (아미노산 서열 길이 - 1) x 0.2} x {(1 / 단편화 오차범위) x 0.99} x (작은 단편화 개수 / 큰 단편화 개수) x {(1 / 이론적 질량값과 실험적 질량값 차이의 절대값) x 0.97} x 104 (여기서, 두 단편화 개수의 곱은 0이 아니고, 이론적 질량값과 실험적 질량값 차이는 0이 아니다.) [수학식 2](여기서, x = mean = 1/111.1 x 2 x Ma x 2 이고, f는 입력 단편화 이온들의 개수이며, n은 매칭되는 단편화 이온들의 개수이고, Ma는 질량 정확도(Mass Accuracy),즉 실험에 의한 오차 허용범위를 나타낸다.)