김보민
/ 경기도 의왕시 흥안대로***번길 ***, ***동 ****호(포일동, 의왕포일동 동아에코빌아파트)
출원인 / 주소
대한민국
대리인 / 주소
특허법인 웰
심사청구여부
있음 (2018-02-27)
심사진행상태
등록결정(재심사후)
법적상태
등록
초록
차세대 염기서열분석(NGS)을 이용한 마이크로하플로타입(microhaplotype) 분석 방법이 제공된다. 상기 NGS를 이용한 마이크로하플로타입 분석 방법은, 마이크로하플로타입들을 동시에 증폭할 수 있는 멀티플렉스 PCR(multiplex PCR)을 실시하는 (a) 단계, 상기 멀티플렉스 PCR의 산물을 이용하여 인덱싱 PCR(indexing PCR)을 실시하는 (b) 단계, 및 상기 인덱싱 PCR의 산물을 이용하여 차세대 염기서열분석(Next Generation Sequencing; NGS)을 실시하는 (c) 단계를 포함한다.
대표청구항▼
DNA 시료의 마이크로하플로타입들(microhaplotypes)을 115~263 bp 의 크기로 한 번에 동시에 증폭할 수 있는 멀티플렉스 PCR(multiplex PCR)을 실시하는 (a) 단계;상기 멀티플렉스 PCR의 산물을 이용하여 인덱싱 PCR(indexing PCR)을 실시하는 (b) 단계; 및상기 인덱싱 PCR의 산물을 이용하여 차세대 염기서열분석(Next Generation Sequencing; NGS)을 실시하는 (c) 단계; 를 포함하며,상기 (a) 단계는 상기 마이크로하플로타입에 상보적으로 결합하는 제1 프라이머들
DNA 시료의 마이크로하플로타입들(microhaplotypes)을 115~263 bp 의 크기로 한 번에 동시에 증폭할 수 있는 멀티플렉스 PCR(multiplex PCR)을 실시하는 (a) 단계;상기 멀티플렉스 PCR의 산물을 이용하여 인덱싱 PCR(indexing PCR)을 실시하는 (b) 단계; 및상기 인덱싱 PCR의 산물을 이용하여 차세대 염기서열분석(Next Generation Sequencing; NGS)을 실시하는 (c) 단계; 를 포함하며,상기 (a) 단계는 상기 마이크로하플로타입에 상보적으로 결합하는 제1 프라이머들(primers)을 이용하여 상기 마이크로하플로타입들 각각의 특이적 서열을 증폭하고, 상기 (b) 단계는 상기 멀티플렉스 PCR의 산물에 상보적으로 결합하는 제2 프라이머들(primers)을 이용하여 바코딩된 NGS 라이브러리를 생성하며, 상기 (c) 단계에서 상기 마이크로하플로타입들 별로 얻어진 NGS 리드 수(read count)는 최대와 최소의 차이가 2배가 넘지 않고,상기 마이크로하플로타입들은, COG2, ITGB6, D18S1122, GFI1B, D21S1263, D5S1970, LOC642852, COL4A1, IGSF21, RXRA, SGCG, LINC0111, LRRN2, CPNE4, GNGT2, COL4A3, SUDS3, D13S169, PLCG2, D22S1159, KIF16B, ADH7, C14ORF43, FAM99A, FRMD4A, OR52S1P, ARHGAP27, LRRC63, KLK5, USH2A, D13S1320, SEMA6D, MYO5C, TOM1L1, HERC1, DRD2NCAM, ELK2B, FRMD3, CEBPB, LINC01233, STATP1, RBFOX1-1,NELFA, ZC3H7B, EDAR, KANK1, RBFOX1, PFKP, LPPR1, CYYR1, HRH4, LOC28716, D12S290, TENM4, CNTN5, 및 CEP104 를 포함하고, 상기 제1 프라이머들에는 프라이머 12 내지 프라이머 111112가 포함되며, 프라이머 12는 상기 COG2의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제1 서열의 프라이머 및 제2 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머 12의 농도는 0.18~0.38 μM 이고, 프라이머 34는 상기 ITGB6의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제3 서열의 프라이머 및 제4 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머34의 농도는 0.06~0.36 μM 이고, 프라이머 56은 상기 D18S1122의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제5 서열의 프라이머 및 제6 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머56의 농도는 0.08~0.28 μM이고, 프라이머 78은 상기 GFI1B의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제7 서열의 프라이머 및 제8 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머78의 농도는 0.08~0.28 μM이고, 프라이머 910은 상기 D21S1263의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제9 서열의 프라이머 및 제10 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머910의 농도는 0.24~0.55 μM이고, 프라이머 1112는 상기 D5S1970의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제11 서열의 프라이머 및 제12 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머1112의 농도는 0.90~1.10 μM이고, 프라이머 1314는 상기 LOC642852의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제13 서열의 프라이머 및 제14 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머1314의 농도는 0.22~0.42 μM이고, 프라이머 1516은 상기 COL4A1의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제15 서열의 프라이머 및 제16 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머1516의 농도는 0.15~0.35 μM이고, 프라이머 1718은 상기 IGSF21의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제17 서열의 프라이머 및 제18 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머1718의 농도는 0.30~0.50 μM이고, 프라이머1920은 상기 RXRA의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제19 서열의 프라이머 및 제20 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머1920의 농도는 0.15~0.35 μM이고, 프라이머2122는 상기 SGCG의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제21 서열의 프라이머 및 제22 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머2122의 농도는 0.40~0.60 μM이고, 프라이머 2324는 상기 LINC0111의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제23 서열의 프라이머 및 제24 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머2324의 농도는 0.30~0.60 μM이고, 프라이머2526은 상기 LRRN2의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제25 서열의 프라이머 및 제26 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머2526의 농도는 0.15~0.35 μM이고, 프라이머2728은 상기 CPNE4의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제27 서열의 프라이머 및 제28 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머2728의 농도는 1.90~2.10 μM이고,프라이머2930은 상기 GNGT2 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제29 서열의 프라이머 및 제30 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머2930의 농도는 0.14~0.34 μM이고, 프라이머3132는 상기 COL4A3 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제31 서열의 프라이머 및 제32 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머3132의 농도는 0.27~0.47 μM이고, 프라이머3334는 상기 SUDS3 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제33 서열의 프라이머 및 제34 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머3334의 농도는 0.19~0.39 μM이고, 프라이머3536은 상기 D13S169 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제35 서열의 프라이머 및 제36 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머3536의 농도는 0.45~0.65 μM이고, 프라이머3738은 상기 PLCG2 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제37 서열의 프라이머 및 제38 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머3738의 농도는 0.18~0.38 μM이고, 프라이머3940은 상기 D22S1159 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제39 서열의 프라이머 및 제40 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머3940의 농도는 0.08~0.28 μM이고,프라이머4142는 상기 KIF16B 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제41 서열의 프라이머 및 제42 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머4142의 농도는 0.19~0.39 μM이고, 프라이머4344는 상기 ADH7 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제43 서열의 프라이머 및 제44 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머4344의 농도는 0.26~0.46 μM이고,프라이머4546은 상기 C14ORF43 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제45 서열의 프라이머 및 제46 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머4546의 농도는 0.28~0.48 μM이고, 프라이머4748은 상기 FAM99A 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제47 서열의 프라이머 및 제48 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머4748의 농도는 0.50~0.70 μM이고, 프라이머4950은 상기 FRMD4A 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제49 서열의 프라이머 및 제50 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머4950의 농도는 0.21~0.41 μM이고, 프라이머5152는 상기 OR52S1P의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제51 서열의 프라이머 및 제52 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머5152의 농도는 1.30~1.50 μM이고, 프라이머5354는 상기 ARHGAP27 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제53 서열의 프라이머 및 제54 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머5354의 농도는 0.40~0.60 μM이고, 프라이머5556은 상기 LRRC63의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제55 서열의 프라이머 및 제56 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머5556의 농도는 0.45~0.65 μM이고, 프라이머5758은 상기 KLK5 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제57 서열의 프라이머 및 제58 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머5758의 농도는 0.19~0.39 μM이고, 프라이머5960은 상기 USH2A 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제59 서열의 프라이머 및 제60 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머5960의 농도는 0.35~0.55 μM이고, 프라이머6162는 상기 D13S1320 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제61 서열의 프라이머 및 제62 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머6162의 농도는 0.26~0.46 μM이고, 프라이머6364는 상기 SEMA6D 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제63 서열의 프라이머 및 제64 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머6364의 농도는 0.15~0.35 μM이고, 프라이머6566은 상기 MYO5C 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제65 서열의 프라이머 및 제66 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머6566의 농도는 0.40~0.60 μM이고,프라이머6768은 상기 TOM1L1 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제67 서열의 프라이머 및 제68 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머6768의 농도는 0.40~0.60 μM이고, 프라이머6970은 상기 HERC1 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제69 서열의 프라이머 및 제70 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머6970의 농도는 0.25~0.45 μM이고, 프라이머7172는 상기 DRD2NCAM 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제71 서열의 프라이머 및 제72 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머7172의 농도는 0.14~0.34 μM이고, 프라이머7374는 상기 ELK2B 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제73 서열의 프라이머 및 제74 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머7374의 농도는 1.00~1.20 μM이고, 프라이머7576은 상기 FRMD3 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제75 서열의 프라이머 및 제76 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머7576의 농도는 0.40~0.60 μM이고, 프라이머7778은 상기 CEBPB 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제77 서열의 프라이머 및 제78 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머7778의 농도는 0.28~0.48 μM이고, 프라이머7980은 상기 LINC01233 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제79 서열의 프라이머 및 제80 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머7980의 농도는 0.70~0.90 μM이고, 프라이머8182는 상기 STATP1 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제81 서열의 프라이머 및 제82 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머8182의 농도는 0.30~0.50 μM이고, 프라이머8384는 상기 RBFOX1-1 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제83 서열의 프라이머 및 제84 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머8384의 농도는 1.20~1.40 μM이고, 프라이머8586은 상기 NELFA 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제85 서열의 프라이머 및 제86 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머8586의 농도는 0.18~0.38 μM이고, 프라이머8788은 상기 ZC3H7B 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제87 서열의 프라이머 및 제88 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머8788의 농도는 0.25~0.45 μM이고, 프라이머8990은 상기 EDAR 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제89 서열의 프라이머 및 제90 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머8990의 농도는 0.05~0.25 μM이고, 프라이머9192는 상기 KANK1 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제91 서열의 프라이머 및 제92 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머9192의 농도는 0.15~0.35 μM이고, 프라이머9394는 상기 RBFOX1 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제93 서열의 프라이머 및 제94 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머9394의 농도는 0.17~0.37 μM이고, 프라이머9596은 상기 PFKP 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제95 서열의 프라이머 및 제96 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머9596의 농도는 0.50~0.70 μM이고, 프라이머9798은 상기 LPPR1 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제97 서열의 프라이머 및 제98 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머9798의 농도는 0.20~0.40 μM이고, 프라이머99100은 상기 CYYR1 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제99 서열의 프라이머 및 제100 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머99100의 농도는 0.45~0.65 μM이고, 프라이머101102는 상기 HRH4 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제101 서열의 프라이머 및 제102 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머101102의 농도는 1.70~1.90 μM이고, 프라이머103104는 상기 LOC28716 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제103 서열의 프라이머 및 제104 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머103104의 농도는 0.17~0.37 μM이고, 프라이머105106은 상기 D12S290 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제105 서열의 프라이머 및 제106 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머105106의 농도는 0.35~0.55 μM이고, 프라이머107108은 상기 TENM4 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제107 서열의 프라이머 및 제108 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머107108의 농도는 0.28~0.48 μM이고, 프라이머109110은 상기 CNTN5 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제109 서열의 프라이머 및 제110 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머109110의 농도는 0.55~0.75 μM이고, 프라이머111112는 상기 CEP104 의 유전좌위에 상보적으로 결합하는 서열목록 제111 서열의 프라이머 및 제112 서열의 프라이머를 포함하고 상기 프라이머111112 의 농도는 0.19~0.39 μM 이며,분해된 DNA 시료의 리드 수가 분해되지 않은 DNA 시료 대비 평균 50% 이상인NGS를 이용한 마이크로하플로타입 분석 방법.
※ AI-Helper는 부적절한 답변을 할 수 있습니다.