초록

본 발명은 k-mer 완전 매치 알고리즘과 박테리아 코어 유전자를 사용하여 시료에 포함된 미생물을 동정 및 분류 방법에 관한 것으로, 바람직하게는 상기 메타게놈 샘플에 대한 분류학적 조성에 대한 분석을 편향없이 더 빠르고 더 정확하게 할 수 있는 장점이 있다.

대표청구항 ▼

컴퓨터 장치를 이용하여, 시료에서 얻은 미생물 유전체 정보를 제공하고,k-mer 추출기를 이용하여 상기 미생물 유전체 정보에서 시료 k-mer 데이터세트를 얻고,미생물 분류(taxon) 정보가 부여된, 참조 미생물 코어 유전자(core gene)의 참조 k-mer 데이터베이스와, 상기 시료 k-mer 데이터세트를 k-mer 분석기로 비교하여, 상기 시료 내 미생물을 동정 및 분류하는 단계를 포함하며,상기 참조 미생물 코어 유전자의 참조 k-mer 데이터베이스는,상기 각 참조 코어 유전자로부터 생성된 하나 이상의 k-mer를 포함하며

컴퓨터 장치를 이용하여, 시료에서 얻은 미생물 유전체 정보를 제공하고,k-mer 추출기를 이용하여 상기 미생물 유전체 정보에서 시료 k-mer 데이터세트를 얻고,미생물 분류(taxon) 정보가 부여된, 참조 미생물 코어 유전자(core gene)의 참조 k-mer 데이터베이스와, 상기 시료 k-mer 데이터세트를 k-mer 분석기로 비교하여, 상기 시료 내 미생물을 동정 및 분류하는 단계를 포함하며,상기 참조 미생물 코어 유전자의 참조 k-mer 데이터베이스는,상기 각 참조 코어 유전자로부터 생성된 하나 이상의 k-mer를 포함하며, 상기 각 k-mer에 대해 미생물 분류 (taxon) 정보에 관한 고유 ID를 부여하여 참조 코어 유전자의 k-mer 데이터베이스를 구축한 것이며,상기 각 k-mer에 대해 미생물 분류 (taxon) 정보에 관한 고유 ID를 부여하는 방법은,(i) 고유(Unique) k-mer 인 경우 해당 k-mer 가 속한 미생물 종의 고유 ID를 부여하고,(ii) 구별 (distinct) k-mer이면서 해당 k-mer가 미생물 한 종에서만 발견될 경우 해당 미생물 종의 고유 ID를 부여하고,(iii) 구별 (distinct) k-mer이면서 해당 k-mer가 여러 미생물 종에서 발견될 경우 최소공통조상(LCA)을 선택하여 해당 미생물 분류(taxon)정보에 대한 고유 ID를 부여하여 수행되는,시료 내 미생물을 동정 및 분류하는 방법.