초록 ▼

본원에서는 중합효소 연쇄 반응에 의해 올리고뉴클레오티드 바코드 서열로 DNA 샘플에서 표적화된 게놈 유전자좌의 각 가닥을 표지하고 고-처리량 서열 분석을 위해 게놈 영역(들)을 증폭시키기 위한 정량적 앰플리콘 서열 분석 방법이 제공된다. 상기 방법은 각 유전자의 추가적인 복제 빈도를 정량화함으로써 관심 유전자 세트에서 복제수 변이(CNV)의 동시 검출에 사용할 수 있다. 또한, 상기 방법은 다중 PCR을 사용하여 표적화된 게놈 유전자좌에 대한 서로 상이한 유전적 정체성의 대립 유전자 비율의 정량화를 제공한다. 또한, 상기 방법은 변

본원에서는 중합효소 연쇄 반응에 의해 올리고뉴클레오티드 바코드 서열로 DNA 샘플에서 표적화된 게놈 유전자좌의 각 가닥을 표지하고 고-처리량 서열 분석을 위해 게놈 영역(들)을 증폭시키기 위한 정량적 앰플리콘 서열 분석 방법이 제공된다. 상기 방법은 각 유전자의 추가적인 복제 빈도를 정량화함으로써 관심 유전자 세트에서 복제수 변이(CNV)의 동시 검출에 사용할 수 있다. 또한, 상기 방법은 다중 PCR을 사용하여 표적화된 게놈 유전자좌에 대한 서로 상이한 유전적 정체성의 대립 유전자 비율의 정량화를 제공한다. 또한, 상기 방법은 변이의 검출 및 변이 대립 유전자 빈도의 정량화를 제공한다.

대표청구항 ▼

고-처리량 서열 분석을 위한 게놈 DNA의 표적화된 영역을 제조하는 방법으로서:(a) 게놈 DNA 샘플을 수득하는 단계;(b) 게놈 DNA 샘플의 적어도 일부를 증폭시키는 단계로서:(i) 5'에서 3’ 방향으로 제1 영역, 0 내지 50개의 뉴클레오티드의 길이를 갖는 제2 영역, 적어도 4개의 축퇴 뉴클레오티드를 포함하는 제3 영역, 및 제1 표적 게놈 DNA 영역에 상보적인 서열을 포함하는 제4 영역을 포함하는 제1 올리고뉴클레오티드; 및(ii) 5'에서 3’ 방향으로 제5 영역, 0 내지 50개의 뉴클레오티드의 길이를 갖는 제6

고-처리량 서열 분석을 위한 게놈 DNA의 표적화된 영역을 제조하는 방법으로서:(a) 게놈 DNA 샘플을 수득하는 단계;(b) 게놈 DNA 샘플의 적어도 일부를 증폭시키는 단계로서:(i) 5'에서 3’ 방향으로 제1 영역, 0 내지 50개의 뉴클레오티드의 길이를 갖는 제2 영역, 적어도 4개의 축퇴 뉴클레오티드를 포함하는 제3 영역, 및 제1 표적 게놈 DNA 영역에 상보적인 서열을 포함하는 제4 영역을 포함하는 제1 올리고뉴클레오티드; 및(ii) 5'에서 3’ 방향으로 제5 영역, 0 내지 50개의 뉴클레오티드의 길이를 갖는 제6 영역, 및 제2 표적 게놈 DNA 영역에 상보적인 서열을 포함하는 제7 영역을 포함하는 제2 올리고뉴클레오티드를 사용한 2회 주기의 PCR을 실시하여 게놈 DNA 샘플의 적어도 일부를 증폭시키는 단계:;(c) 단계 (b)에서 사용된 어닐링 온도보다 0~10℃ 더 높은 어닐링 온도로 적어도 3회 주기의 PCR을 실시하고:(i) 상기 제1 영역의 적어도 일부의 역 보체에 혼성화될 수 있는 서열을 포함하는 제3 올리고뉴클레오티드; 및(ii) 상기 제5 영역의 적어도 일부의 역 보체에 혼성화될 수 있는 서열을 포함하는 제4 올리고뉴클레오티드를 사용하여 단계 (b)의 생성물을 증폭시키는 단계; 및(d) 5'에서 3’ 방향으로 제8 영역, 0 내지 50개의 뉴클레오티드의 길이를 갖는 제9 영역, 및 제3 표적 게놈 DNA 영역에 상보적인 서열을 포함하는 제10 영역을 포함하는 제 5 올리고뉴클레오티드를 사용한 적어도 1회 주기의 PCR을 실시하여 상기 단계 (c)의 생성물을 증폭시키는 단계로서, 여기서 상기 제3 표적 게놈 DNA 영역은 상기 제2 표적 게놈 DNA 영역보다 상기 제1 표적 게놈 DNA 영역에 더 가까운 적어도 하나의 뉴클레오티드인 단계를 포함하는 것인, 방법.