마이크로어레이 실험 관리 및 분석을 위한 사용자 중심의 실험실 정보관리 시스템(LIMS) 개발 Development of User-Oriented Laboratory Information Management System for Management and Analysis of Microarray Experiment원문보기
생물정보학.마이크로어레이.실험실 정보 관리 시스템.유전자 네트워크.데이터베이스 관리.Bioinformatics.Microarray.LIMS.Genetic Network.Database Management.
초록▼
본 연구개발 목표는 (A) 마이크로어레이에 관련된 실험, 분석 데이터를 효율적으로 관리할 수 있는 리눅스 기반의 LIMS 시스템을 개발하고, (B) 개발된 LIMS와 본 연구실에서 이미 개발된 마이크로어레이 이미지 분석 시스템인 ArrayMall(KISTEP 2004년 특정연구개발사업의 결과물)과 유전자 네트웍 분석 시스템을 연계하는 것이다. 또한, (C) 관련 연구자들의 원활한 의사소통을 위해 LIMS 시스템에 저장되는 각 프로젝트 단위별로 그룹웨어 기능과 프로젝트 스케쥴을 관리할 수 있는 기능을 제공한다. 본 연구과제에서 개발할
본 연구개발 목표는 (A) 마이크로어레이에 관련된 실험, 분석 데이터를 효율적으로 관리할 수 있는 리눅스 기반의 LIMS 시스템을 개발하고, (B) 개발된 LIMS와 본 연구실에서 이미 개발된 마이크로어레이 이미지 분석 시스템인 ArrayMall(KISTEP 2004년 특정연구개발사업의 결과물)과 유전자 네트웍 분석 시스템을 연계하는 것이다. 또한, (C) 관련 연구자들의 원활한 의사소통을 위해 LIMS 시스템에 저장되는 각 프로젝트 단위별로 그룹웨어 기능과 프로젝트 스케쥴을 관리할 수 있는 기능을 제공한다. 본 연구과제에서 개발할 시스템에 대한 구체적인 내용은 다음과 같다. 1) 해외 LIMS의 벤치마킹 2) 데이터베이스 관리 3) 마이크로어레이 분석 기능 4) 그룹 웨어 기능 제공 5) 마이크로어레이 데이터의 표준화 6) 외부 데이터베이스와의 연계 7) LIMS에 저장되어있는 데이터들의 다양한 검색 8) 마이크로어레이 이미지 뷰어, 2D/3D 스팟 뷰어와 같은 가시화 기능 9) 생물학 전공자를 위한 편리한 인터페이스 기능
Abstract▼
Microarray is a principal technology in molecular biology, because it results in hundreds and thousands of expressions of genotypes at once. Typically, microarray contains various and vast information such as gene names, sequences, expression profiles, scanned images, annotation and etc. So, the org
Microarray is a principal technology in molecular biology, because it results in hundreds and thousands of expressions of genotypes at once. Typically, microarray contains various and vast information such as gene names, sequences, expression profiles, scanned images, annotation and etc. So, the organization and analysis of vast amounts of data are required. Microarray LIMS (Laboratory Information Management System) provides data management, search, and analysis basically. Recently, microarray joint researches such as the skeletal system disease and the anti-cancer medicine are widely conducted. These researches require data sharing among laboratories within joint research group with their security. However, there is no LIMS for microarray data sharing within Joint research groups. In this paper, we introduce a web based microarray LIMS, SMILE (Small and solid MIcroarray Lims for Experimenters), especially for the shared data management. The data sharing function of SMILE is based on Friend-to-Friend (F2F) which is a particular type of anonymous P2P (Pier-to-Pier)in which people connect directly with their "friends". It only allows its friends to exchange data directly using IP addresses or digital signatures you trust. In SMILE, there are two types of friends, "service provider" which provides data and "client" which is provided with data. So, the service provider provides shared data to only its clients. SMILE is a system based on LINUX which provides useful functions for microarray experiments such as variant data management, image analysis, normalization, system management, project schedule management, and shared data management. Moreover, it has connection with two systems: ArrayMall for analyzing microarray image and GENAW for constructing genetic network. SMILE isavailable at http://neobio.cs.pusan.ac.kr:8080/smile.
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