초록 ▼

연구 목적
● 전장 유전체 분석기술인 array-CGH를 이용하여 DNA, RNA, protein이라는 생명체의 3대 축 중 RNA, proteomics 수준에서 발굴해온 간암 바이오마커와 보완적으로 DNA copy number 변이마커를 발굴하여 간암 예후예측의 실효성을 높임
● 임상친화성 간암예후예측용/치료효과 예측용 DNA칩 또는 검사키트 개발
● 임상적용을 지원하는 분석 시스템 개발
연구 결과
● 한국인 간암에서 공통적으로 변하는 common alteration region (CAR) 발굴 (특

연구 목적
● 전장 유전체 분석기술인 array-CGH를 이용하여 DNA, RNA, protein이라는 생명체의 3대 축 중 RNA, proteomics 수준에서 발굴해온 간암 바이오마커와 보완적으로 DNA copy number 변이마커를 발굴하여 간암 예후예측의 실효성을 높임
● 임상친화성 간암예후예측용/치료효과 예측용 DNA칩 또는 검사키트 개발
● 임상적용을 지원하는 분석 시스템 개발
연구 결과
● 한국인 간암에서 공통적으로 변하는 common alteration region (CAR) 발굴 (특허출원:한국,미국)
-32종의 CAR 및 43종의 high level copy number alteration 마커 발굴
-CAR 중 Gain of lq21.1-q32.1 (64.5%), 1q32.1-q44 (59.2%), 8q11.21-q24.3 (48.7%), Loss of 17p13.3-p12 (51.3%)은 한국인 간암의 45%이상에서 매우 빈번하게 발견되었으며 Mye, EIF3S3 유전자가 위치하는 8q11.1-8q24.3의 amplification은 76례의 간암 중 10례에서 공통적으로 발견되었음.
● Genomic qPCR기반 간암 예후예측 검사 kit 개발 (특허출원:한국)
-발굴한 CAR 마커 중 간암의 예후를 가장 정확히 나타내는 조합을 룰 마이닝을 이용하요 발굴하였고 이를 바탕으로 간암 간암 예후예측 검사 kit을 설계하였음.
● 간암 예후예측용 DNA 어레이 시스템 개발
-발굴한 CAR 마커 및 예후/임상 연관성 결과를 바탕으로 6093 probe를 디자인하고 이를 바탕으로 간암 예후예측용 DNA 어레이 시스템을 개발하였음 (http://ircgp.com/cnv_RND1.html).
● 간암 CAR에 속한 유전자들의 기능 연구 및 치료적용 가능성 확보
-TPM3, KIF14 유전자의 간암 발암기전을 규명하였으며 이 유전자의 과발현 경로 차단시 간암성장이 지연됨을 확인하였음.
● 간암 염색체 변이 분석 및 간암 예후예측 검사 kit을 지원하는 소프트웨어 개발
-Gene Set Enrichment Analysis for Genomic Alterations (GEAR:http://www.systemsbiology.co.kr/GEAR/)
-CGHscape, http://www.ircgp.com/software/CGHscape

Abstract ▼

● Analysis the whole-genome copy number alterations using array-CGH for Korean HCC cases (normal-tumor pair)
● Define the common alteration regions (CARs) in the HCCs
● Validation of the CARs by using genomic QPCR and real-time QRT-PCR
● Develop genomic QPCR kit and diagnostic array-chip fo

● Analysis the whole-genome copy number alterations using array-CGH for Korean HCC cases (normal-tumor pair)
● Define the common alteration regions (CARs) in the HCCs
● Validation of the CARs by using genomic QPCR and real-time QRT-PCR
● Develop genomic QPCR kit and diagnostic array-chip for HCC
● Develop softwares to support prediction of HCC prognosis in the clinical field

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 제출문 ... 6
• 보고서 초록 ... 8
• 요약문 ... 10
• SUMMARY ... 12
• CONTENTS ... 14
• 목차 ... 15
• 제1장 연구개발과제의 개요 ... 16
• 가. 연구개발의 목적 ... 16
• 나. 연구개발의 필요성 ... 16
• 제2장 국내외 기술개발 현황 ... 19
• 1. 간암의 염색체 변이 연구 ... 19
• 2. 혈청 DNA 마커 ... 21
• 3. siRNA를 이용한 간암발암유전자의 발현억제연구 ... 21
• 4. RNA expression ... 21
• 제3장 연구개발수행 내용 및 결과 ... 22
• 가. 한국인 간암에서 공통적으로 변하는 common alteration region(CAR) 발굴 ... 22
• 나. 한국인 간암 CAR 마커의 기술권 확보 ... 27
• 다. Genomic qPCR기반 간암 예후예측 검사 kit 개발 ... 27
• 라. 간암 예후예측용 qPCR 검사법의 기술권 확보 ... 29
• 마. 간암 예후예측용 올리고어레이 개발 ... 30
• 바. 간암 CAR 속한 유전자들의 기능 연구 및 치료적용 가능성 ... 31
• 사 .간암 염색체 변이 분석 및 간암 예후예측 검사kit을 지원하는 소프트웨어 개발 ... 40
• 아. 연구 성과 ... 44
• 제4장 목표달성도 및 관련분야에의 기여도 ... 46
• 가. 연구개발의 최종목표 ... 46
• 나. 연차별 연구개발 목표 및 내용 ... 46
• 다. 계획대비 달성도 ... 48
• 라. 제시된 연구목표중 중요도 순으로 목표(4-5개 정도)를 추출하고 가중치를 부여 ... 49
• 제5장 연구개발결과의 활용계획 ... 50
• 제6장 연구개발과정에서 수집한 해외과학기술정보 ... 52
• 제7장 참고문헌 ... 52
• 첨부 ... 53
• 끝페이지 ... 66