초록 ▼

*연구목적
컴퓨터을 이용한 PrPsc의 구조적 특징 규명하여, PRPsc dirner,PrPc-PrPsc dirner의 구조적 특징을 설명하고, 저해제 탐색을 위한 가상 탐색법 정립
*연구요약
(1) PRP(111-135)의 구조를이용하여 가장 β-sheet으로의 구조걱 변이를 유도하는 외부 환경을 다음과 같이 선정
-온도: 300k
-PH조건: PH7.4
-모사환경:NPT 모사
(2) 가능한 변성 프리온 단백질의 구조 스페이스 탐색법 개발과정을 통하여 PRP단백질에서 β-sheet으로 가장 안

*연구목적
컴퓨터을 이용한 PrPsc의 구조적 특징 규명하여, PRPsc dirner,PrPc-PrPsc dirner의 구조적 특징을 설명하고, 저해제 탐색을 위한 가상 탐색법 정립
*연구요약
(1) PRP(111-135)의 구조를이용하여 가장 β-sheet으로의 구조걱 변이를 유도하는 외부 환경을 다음과 같이 선정
-온도: 300k
-PH조건: PH7.4
-모사환경:NPT 모사
(2) 가능한 변성 프리온 단백질의 구조 스페이스 탐색법 개발과정을 통하여 PRP단백질에서 β-sheet으로 가장 안정하게 변하는 구조는 C-Terminal인 ㄴㅊ무 20번 구조가 reference인 X-ray 구조 보다 -81.2 kcal/mol의 상대적으로 안정한 구조임
(3) 단백질-단백질 결합 시뮬레이션을 통한 PrPsc dirner를 타깃한 저해제 개발전략과 PrPc-PrPsc dirner PrPsc-PrPsc dirnerfmf 타깃으로 저해제 개발 전략을 나누어서 수립가능.
(4) 실험적으로 알려진 저해제의 결합구조 예측을 통하여 새로운 저해제 탐색하기 위한 Pharmacophore를 정의하여 가상탐색법 정립

Abstract ▼

○ This study is aimed to plan the following
- Investigate the structural features of PrPSc using computational chemistry
- Investigate the structural differences of PrPC-PrPC, PrPC-PrPSc and PrPSc-PrPSc dimer
- Build the protocol of virtual screening against Prion disease
○ Summary
(1

○ This study is aimed to plan the following
- Investigate the structural features of PrPSc using computational chemistry
- Investigate the structural differences of PrPC-PrPC, PrPC-PrPSc and PrPSc-PrPSc dimer
- Build the protocol of virtual screening against Prion disease
○ Summary
(1) Set up the protocol for the β-sheet structural variations of PrP[111-135] induced from random coil to β-sheet by external environments
- Temperature: 300K
- PH condition: PH 7.4
- Ensemble: NPT ensemble
(2) Development of space search method as the structure of denatured PrPprotein, The most stable structure is Scan 20 which is relatively stable than X-ray structure about -81.2 kcal/mol
(3) From the results of the molecular dynamic simulations, the discovery strategy of PrP inhibitors is established with multiple target proteins structures of PrPC monomer, PrPC-PrPSc and PrPSc-PrPSc dimer.
(4) Build the protocol of virtual screening for new PrP inhibitors, pharmacophore is defined with known inhibitors.

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 학술연구용역사업 최종결과보고서 ... 4
• 목차 ... 5
• Ⅰ. 연구개발결과 요약문 ... 6
• (한글)최종결과보고서 요약문 ... 6
• (영문)Summary ... 7
• Ⅱ. 학술연구용역사업 연구결과 ... 8
• 제1장 최종 연구개발 목표 ... 8
• 1.1 목표 ... 8
• 1.2 목표달성도 ... 8
• 1.3 국내.외 기술개발 현황 ... 11
• 제2장 최종 연구개발 내용 및 방법 ... 16
• 2.1 최종 연구개발 내용 및 방법 ... 16
• 2.2 최종연구개발 방법 ... 16
• 제3장 최종 연구개발 결과 ... 23
• 3.1 최종 연구개발 결과 ... 23
• 3.2 가능한 변성프리온 단백질의 구조 스페이스 탐색법 개발 ... 41
• 3.3 단백질-단백질 결합 시뮬레이션을 통한 PrPsc dirner 및 PrPc-PrPsc의 구조스페이스 탐색 ... 46
• 제4장 연구결과 고찰 및 결론 ... 61
• 4.1 연구결과 고찰 ... 61
• 4.2 연구결과 결론 ... 65
• 제5장 연구성과 ... 66
• 5.1 활용성과 ... 66
• 5.2 활용계획 ... 67
• 제6장 기타 중요변경사항 ... 68
• 제7장 참여인력 및 예산 집행 내역 ... 69
• 7.1 참여인력 인적사항 ... 69
• 7.2 연구분담표 ... 74
• 7.3 예산집행내역 ... 75
• 제8장 참고문헌 ... 76