1. 연구개발사업의 목적 유방암 관련 한국인 특이 돌연변이 및 SNP의 발굴 및 질병연관성 분석 - BRCA1, BRCA2에서 한국인 특이 SNP 및 호발 돌연변이 발굴 - 변이의 분석, 임상기록 분석, 문헌 조사, Family study들을 통한 분석 - 연관성 연구 등을 통한 질병과의 상관 관계 조사 - 분석 결과 도출된 유방암 관련 돌연변이를 기반으로 한 Oligonucleotide chip 컨텐트개발 2. 연구방법 - Flurescense-Conformatino Sensitive Gel
1. 연구개발사업의 목적 유방암 관련 한국인 특이 돌연변이 및 SNP의 발굴 및 질병연관성 분석 - BRCA1, BRCA2에서 한국인 특이 SNP 및 호발 돌연변이 발굴 - 변이의 분석, 임상기록 분석, 문헌 조사, Family study들을 통한 분석 - 연관성 연구 등을 통한 질병과의 상관 관계 조사 - 분석 결과 도출된 유방암 관련 돌연변이를 기반으로 한 Oligonucleotide chip 컨텐트개발 2. 연구방법 - Flurescense-Conformatino Sensitive Gel Electrophoresis (F-CSGE) 유전자 이상 Scanning system과 염기서열분석법으로 이루어진 BRCA1, BRCA2 유전자 이상 분석 시스템개발 (1 샘플 당 75개의 절편을 분석함) - 위 시스템을 이용하여 109 샘플의 일반 유방암 환자와 그 가족, 183 샘플의 유전성유방암 고위험군 환자와 그 가족으로 이루어진 총 342 샘플에 대해서 BRCA1, BRCA2 전역에 존재하는 유전적 이상을 검출 - 검출된 질병연관 돌연변이에 대한 분석 및 Family study - 위의 검출법에 의해서 검출된 돌연변이 및 SNP 중 질병연관성이 불확실한 19종에 대해서 100-300 샘플의 age, sex-mathced 대조군 샘플을 SNaPshot 방법과 MALDI-TOF 분석법을 이용하여 genotyping 하여 case-control association 분석 - 유방암 predisposition screening 시스템으로 개발 가능한 Oligonucleotide chip 컨텐트 결정 3. 연구결과 - F-CSGE와 염기서열분석법으로 이루어진 BRCA1, BRCA2 유전자 분석 시스템 개발 및 이를 적용하여 342개의 유방암 환자 샘플에서 BRCA1, BRCA2 전역의 유전자 이상 분석 - F-CSGE 시스템의 민감도는 98% 이상, 비용은 단순 염기서열결정법의 1/4로 확인 - 유방암 샘플 분석 결과, 총 97종의 유전적 이상 발견. 이중 19종 30건의 질병 관련 돌연변이 발견. - 일반 유방암 환자의 BRCA1, BRCA2 돌연변이 보유율은 3.6%, 유전성 유방암 고위험군 환자의 보유율은 12%로 판별됨 - 그 외 24건의 cSNP, 20건의 sSNP, 1건의 5'UTR polymorphism, 31건의 인트론 polymorphism이 발견됨. - 19종의 질병관련 돌연변이 중 8종, 그리고 질병과의 연관성이 명확하지 않은 cSNP 중 5종이 세계적으로 최초로 발견되었고, 대부분의 유전적 이상이 한국인에게서는 최초로 발견됨 - 질병과의 연관성이 확실치 않은 19종의 SNP 및 돌연변이에 대한 case-control association study 결과, 질병연관성이 없는 것으로 확인됨. - 최종적으로 유방암 predisposition screening 시스템으로 개발 가능한 Oligonucleotide chip 컨텐트 25종 확정 - 확정된 컨텐트를 적용한 Oligonucleotide chip 개발 현재 진행 중
Abstract▼
To identify BRCA1 and BRCA2 mutations in Korean breast cancer population, we develped complete genomic sequence analysis system which composed of Fluorescence - conformation sensitive gel electrophoresis (F-CSGE) and sequencing. Using this system, complete sequence analysis on the BRCA1 and BRCA2 co
To identify BRCA1 and BRCA2 mutations in Korean breast cancer population, we develped complete genomic sequence analysis system which composed of Fluorescence - conformation sensitive gel electrophoresis (F-CSGE) and sequencing. Using this system, complete sequence analysis on the BRCA1 and BRCA2 coding sequence and flanking intronic regions was carried out in 342 Korean samples. Sensitivity of this analysis was at least 98% in validation studies using blinded analysis of known samples. Of the 342 breast/ovarian samples including 183 samples with priori risk of BRCA mutations due to potential risk factors, such as familial history, early onset of breast cancer (35 year of earlier), male breast cancer, or bilateral breast cancer, 97 genetic alterations of BRCA1 or BRCA2 were detected. In these genetic alterations, 13 Korean-specific novel mutations were found comprising 8 deleterious mutations and 5 variants of uncertain significance (amino acid change). Ethnic difference was worthy of note. Among 19 deleterious mutations, which were found in this study, 8 were novel mutations (based on Breast Cancer Information Core (BIC) and Human Genome Mutation Database (HGMD)), and 5 of 17 variants of uncertain significance were novel variants too. We have carried out the family study on the deleterious mutations, and the population study on the variants of uncertain significance. There was no significant difference in overall risk observed for 19 variatns we tested. Chip develplment company and us are developing BRCA based breast cancer predisposition system, specific to Korean population or the Far East population.
목차 Contents
표지 ... 1
제출문 ... 3
목차 ... 4
Ⅰ. 연구개발결과 요약문 ... 5
(한글)Oligonucleotide chip을 이용한 유방암 진단 kit 개발 ... 5
(영문)Development of breast cancer diagnostic kit by oligonucleotide chip ... 7
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