초록 ▼

암의 조기진단에 있어 가장 유용한 검체는 혈장이지만, 현실에 있어 가장 어려운 점은 그 혈장에서 얻을 수 잇는 양이 너무 소량이기 때문에 많은 많은 유전자에 적용이 불가능 했음. 폐암의 조기진단을 위한 바이오마커를 찾기 위해서는 소량의 DNA로 한꺼번에 많은 유전자를 스크링 할 수 잇는 칩 실험이 가장 유용하다고 판단함. 현재 출시 되어 있는 메틸레이션관련 칩 실험 중 500ng으로 DNA의 양이 가장 적게 들고 Bisulfite로 DNA를 conversion시킨 후 메틸레이션 정도를 알 수 있는 illumina platform으로

암의 조기진단에 있어 가장 유용한 검체는 혈장이지만, 현실에 있어 가장 어려운 점은 그 혈장에서 얻을 수 잇는 양이 너무 소량이기 때문에 많은 많은 유전자에 적용이 불가능 했음. 폐암의 조기진단을 위한 바이오마커를 찾기 위해서는 소량의 DNA로 한꺼번에 많은 유전자를 스크링 할 수 잇는 칩 실험이 가장 유용하다고 판단함. 현재 출시 되어 있는 메틸레이션관련 칩 실험 중 500ng으로 DNA의 양이 가장 적게 들고 Bisulfite로 DNA를 conversion시킨 후 메틸레이션 정도를 알 수 있는 illumina platform으로 결정함. 그 다음 DNA농도를 높이는 방법과 칩실험을 할수 있는 최소 DNA양을 결정하기 위해 반복적으로 실험함. 그 결과 Carrier RNA와 concentration를 통해 기존의 방법보다 높은 DNA양을 추출할 수 있었고, 칩 실험을 할 수 있는 최소의 양을 여러 비교 실험을 통해 기존의 정해진 500ng보다 15분의 1에 해당하는 30ng으로 실험할수 있다는 결론을 얻음. 혈장샘플을 가지고 Infinium 27K로 실험을 한후 폐암 혈장 샘플에 높게 메틸레이션 되어 있는 상위 유전자를 선별하여 customized 베라코드칩을 제작한 후 선별된 유전자의 민감도 특이도를 테스트함.

Abstract ▼

III Results of Study

a. Developed method to increase Genomic DNA concentration when extracted from plasma.
The Primary purpose of the study was to use plasma for early diagnosis; therefore, it is crucial that the experiment be carried out with Genomic DNA extracted from plasma. H

III Results of Study

a. Developed method to increase Genomic DNA concentration when extracted from plasma.
The Primary purpose of the study was to use plasma for early diagnosis; therefore, it is crucial that the experiment be carried out with Genomic DNA extracted from plasma. However, the amount of Genomic DNA that can be extracted from plasma is known to be around 1-100ng/ml, with variations for different samples. To conduct research with chip, 50ng/ml is required which is difficult to obtain using the normal method of DNA extraction. AS a result, a new method to increase the Genomic DNA concentration from plasma was developed.
b. Determination of the minimum level of plamsic DNA required for chip research.
Normal individuals contain 1/10 of the DNA of cancer patients; although we devised a new method of extraction, we determined through experimentation that only 30ng of DNA is needed to result in a correlation of over 0.90 with experiments done with 500ng.
C. Calculated methylation status of 27,000 CpG sites using Genomic DNA extracted from plasma. We conducted a Infinium assay that compared the methylation status between CpG sites of the normal group with that of the cancer group. Genes which showed higher levels of methylation in the plasma of cancer patients were selected for further investigation.
D. Selected of genes for Veracode
Selected 96 genes for use in the customized Veracode form the results of the experiments on tissue and plasma.
<2nd year>
Basis on selected genes in the first year, the VeraCode chip and an unknown new plasma and bronchial washing specimens were used to confirm the sensitivity and specificity of the created Veracode. Analytical sensitivity was 55% and analytical specificity was 60%.

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 제출문 ... 3
• 보고서 요약서 ... 4
• 요약문 ... 5
• SUMMARY ... 7
• 6. 연구 성과 실적 및 향후 계획 ... 9
• 6.1 총괄연구개발과제의 연구성과 실적 및 향후 계획 ... 9
• 6.2 연구성과 유형별 세부 내역 ... 10
• 7. 참여연구원 현황표 ... 14
• II. 총괄연구과제 연구결과 ... 15
• 1. 연구개발과제의 배경 및 필요성 ... 16
• 2. 국내외 기술개발 현황 ... 23
• 3. 연구개발과제의 추진체계 ... 24
• 4. 연구개발수행 내용 및 결과 ... 25
• 5. 목표달성도 및 관련분야 기여도 ... 35
• 6. 향후 연구성과 추진 계획 ... 37
• 7. 연구개발결과의 파급효과 ... 37
• 8. 연구개발결과의 활용계획 ... 38
• 9. 연구개발과정에서 수집한 해외과학기술정보 ... 38
• 10. 참고문헌 ... 39
• 끝페이지 ... 41