초록 ▼

(1) 위암 치료용 타겟 발굴을 위한 genomic platform 인프라 구축 및 통합 분석을 통한 타겟 발굴 및 검증
• 위암 동결조직을 이용한 gene expression array, aCGH 수행 및 데이터의 통합분석을 통한7q region을 포함 gene amplification or deletion 과 발현량이 상관관계가 있는 13개 유전자를 최종 선정.
• 위암 FFPE 조직의 TMA 제작을 통한 발굴된 유전자의 발현 검증함.
(2) 난소암 치료용 타겟 발굴을 위한 genomic/epigenomic p

(1) 위암 치료용 타겟 발굴을 위한 genomic platform 인프라 구축 및 통합 분석을 통한 타겟 발굴 및 검증
• 위암 동결조직을 이용한 gene expression array, aCGH 수행 및 데이터의 통합분석을 통한7q region을 포함 gene amplification or deletion 과 발현량이 상관관계가 있는 13개 유전자를 최종 선정.
• 위암 FFPE 조직의 TMA 제작을 통한 발굴된 유전자의 발현 검증함.
(2) 난소암 치료용 타겟 발굴을 위한 genomic/epigenomic platform구축 및 통합적 유전체 분석 연구
• 난소 세포주를 이용한 gene expression array, aCGH, miRNA expression array, DNA methvlation array, ChIP-seq 수행
• Genomic/epienomic 데이터의 통합 분석을 통한 여러 기전으로 난소 암세포주에서 발현이 증가 또는 감소되는 후보 유전자 발굴함.
(3) 차세대 시퀀싱(NGS)의 sample multiplexing 최적화, 분석법 연구 및 나나도를 이용한 암조직에서의 유전적 변이 확인
• RNA-seq을 이용한 암세포주의 transcriptome 분석욜 통한 적절한 샘플 muitiplexing 개수 및 library normalization 여부에 따른 결과 차이 확인
• Long reads(454), short reads (SOLiD, HiSeq) mapping algorithm 및 통합적 분석법 연구
• 희귀암 조직을 이용한 Exome-seq 수행을 통한 유전적 변이 발굴, 검증 및 유방암 조직에서의 암관련유전자 Targeted-seq 수행

(출처 : 보고서 요약서 3p)

Abstract ▼

□ Purpose
With the clinical and industrial importance of targeted therapy that maximizes the therapeutic effect and minimize the side effect along with personalized medicine, in this study, we attempted to establish the infrastructure of genomic/epigenomic platforms for identifying therapeutic ta

□ Purpose
With the clinical and industrial importance of targeted therapy that maximizes the therapeutic effect and minimize the side effect along with personalized medicine, in this study, we attempted to establish the infrastructure of genomic/epigenomic platforms for identifying therapeutic targets through multidimensional approach using integrative genomics.

□ Contents
Establishing an infrastructure of genomics/epigenomics platform through gastric cancer samples and experimental model samples of ovarian cancer, developing an integrated analysis method of genomic/epigenomic data and carrying out a study for the optimization of multiplexing experiments of the latest genomics platform, NGS.
1. The 1st year
(1) Establishing the infrastructure of genomic platform and performing integrative analyses for the discovery of gastric cancer therapeutic targets
(2) Establishing the infrastructure of integrated genomic/epigenomic platforms for the discovery of ovarian cancer therapeutic targets
(3) Performing a study for optimization of sample multiplexing for NGS
2. The 2nd year
(1) Validation of candidate targets identified from the integrated analysis of genomic data of gastric cancer
(2) Integrative analyses of geneomic/epigenomic data for the identification of anti-cancer targets in ovarian cancer
(3) Study on NGS data analyses and identification of genetic variations in cancer using Exome-seq or Targeted-seq

□ Results
(1)Establishment of infrastructure of genomic platforms and therapeutic target discovery & validation through integrative analyses of genomic data in gastric cancer
• Transcriptome profiling and genomic aberrations detection of gastric cancer tissues using gene expression microarray and aCGH
• Identification of candidate 13 genes including genes in 7q region from the correlation between gene expression and gene copy number changes using integrative analyses of genomic data
• Validation of identified targets in gastric cancer FFPE tissues using TMA
(2)Establishment of infrastructure of genomic/epigenomic platforms and integrated analyses of genomic/epigneomic data for the discovery of therapeutic targets in ovarian cancer
• Gene expression array and aCGH using ovarian cells
• miRNA expression array, DNA methylation array and ChIP-seq for analysis of epigenome of ovarian cells
• Identification of candidate genes which expression is regulated by multiple mechanisms through integrated analysis of genomic/epienomic data
(3) Studies on optimization of sample multiplexing for NGS and NGS data analyses, and identification of cancer related genetic variations using NGS
• Optimized sample multiplexing and experimental condition (library normalization) for NGS based on transcriptome analyses using RNA-seq of cancer cells
• Studies on integrative analyses of long read and short read NGS data
• Identification and validation of cancer related genetic variations using Exome-seq
• Targeted-seq on cancer related genes using HaloPlex in breast cancer

□ Plan for utilization research products
• To be utilized in establishing the infrastructure for cancer genomics and discovery of novel anti-cancer targets
• Discovery of validated anti-cancer targets through additional studies on candidate anti-cancer genes identified in this study and transfer of validated targets to industry

(출처 : SUMMARY 5p)

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 제출문 ... 2
• 보고서 요약서 ... 3
• 요약문 ... 4
• SUMMARY ... 5
• CONTENTS ... 6
• 목차 ... 7
• 제1장 연구개발과제의 개요 ... 8
• 제1절 연구 개발의 필요성 ... 8
• 1. 연구 개발의 필요성 ... 8
• 제2절 연구 개발의 목적 ... 11
• 1. 1단계 목표 ... 11
• 2. 연차별 연구 개발 목표 ... 11
• 제2장 국내외 기술개발 현황 ... 12
• 제1절 국외 기술 개발 현황 ... 12
• 1. 암유전체(cancer genome)의 통합적 분석 연구 ... 12
• 2. High throughput NGS (Next Generation Sequencing) 기술의 발전 ... 13
• 제2절 국내기술 개발 현황 ... 14
• 제3장 연구개발수행 내용 및 결과 ... 15
• 제1절 위암 치료용 타겟 발굴을 위한 genomic platform 인프라 구축 및 통합 분석을 통한 타겟 발굴 ... 15
• 1. 위암 조직 sample의 확보 및 Quality Control (QC) ... 16
• 2. Genome-wide transcriptome profiling : Gene expression microarray 수행 ... 17
• 3. Genome-wide genomic abberations 분석 : array-based comparative genomic hybridization (aCGH) 수행 ... 19
• 4. Gene expression array와 aCGH의 통합적 분석 ... 19
• 5. Quantitative PCR (qPCR)을 통한 타겟 검증 ... 20
• 6. 유의미하게 발굴된 타겟 유전자에 대한 기능 연구 ... 23
• 7. 위암 FFPE 조직의 TMA 제작을 통해 발굴된 유전자에 대한 면역조직화학(immunohistochemistry, IHC) 수행 ... 24
• 제2절 난소암 치료용 타겟 발굴을 위한 genomic/ epigenomic 통합 platfrom 구축 및 통합적 분석 연구 ... 26
• 1. 난소 세포주 QC ... 27
• 2. Genome-wide transcriptome profiling : Gene expression microarray 수행 ... 27
• 3. Genomic aberrations (Copy number changes) analysis : aCGH 수행 ... 28
• 4. Epigenome analysis ... 29
• 5. Gene expression array와 aCGH의 통합분석 ... 34
• 6. Gene expression array와 epigenomic data의 통합분석 ... 35
• 7. Gene expression array, genomic epigenomic data의 통합분석 ... 37
• 제3절 NGS의 sample multiplexing 최적화, 분석법연구 및 NGS를 이용한 암조직에서의 유전적 변이 확인 ... 38
• 1. NGS의 sample multiplexing 최적화 연구 ... 39
• 2. NGS 분석법 연구 ... 41
• 3. Exome sequencing (Exome-Seq) 을 이용한 희귀암 조직에서의 유전적 변이 발굴 ... 43
• 3. Targeted sequencing (Target-seq) 을 이용한 유방암 조직에서의 유전적 변이 발굴 ... 48
• 제4장 목표달성도 및 관련분야에의 기여도 ... 59
• 제1절 연구 개발 목표 달성도 ... 59
• 제2절 관련 분야의 기술 발전에의 기여도 ... 60
• 1. 기술적 측면 ... 60
• 2. 경제적·산업적 측면 ... 60
• 제5장 연구개발결과의 활용계획 ... 61
• 제6장 연구개발과정에서 수집한 해외과학기술정보 ... 62
• 제7장 연구시설·장비 현황 ... 63
• 제8장 참고문헌 ... 64
• 끝페이지 ... 64