보고서 정보
| 주관연구기관 |
농림축산검역본부
Animal and Plant Quarantine Agency |
| 연구책임자 |
최세은
|
| 참여연구자 |
안동준
,
차라미
,
차상호
,
우인옥
,
조인수
,
Le Van Phan
,
Van Giap Nguyen
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| 보고서유형 | 최종보고서 |
|---|
| 발행국가 | 대한민국 |
|---|
| 언어 |
한국어
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| 발행년월 | 2016-12 |
|---|
| 과제시작연도 |
2016 |
| 주관부처 |
농림축산식품부
Ministry of Agriculture, Food and Rural Affairs(MAFRA) |
| 등록번호 |
TRKO202000030912 |
| 과제고유번호 |
1545011848 |
| 사업명 |
농림축산검역검사기술개발 |
| DB 구축일자 |
2020-11-21
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| 키워드 |
돼지열병.고병원성 PRRS.강병원성 PED.Molecular characterization.spike glycoprotein gene.phylogenetic analysis.porcine epidemic diarrhea virus (PEDV).
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초록
▼
5. 최종 연구결과 요약
1) 베트남에서 분리된 HP-PRRS 총 39개 분리주의 주요 변이 유전자인 non-structural protein 2 (Nsp2), open reading frame 5 (ORF5) 유전자 염기서 열 비교 분석 완료
- ORF5 분석 : 분리주들간의 상동성은 nt 95.5-100%, aa 93.5-100%, 중국 HP-PRRS와 같은 sublineage 8.7에 속함
- NSP2 분석 : 30aa deletion 확인, 분리주들간의 상동성 nt 89.8-100%, aa 88.0-1
5. 최종 연구결과 요약
1) 베트남에서 분리된 HP-PRRS 총 39개 분리주의 주요 변이 유전자인 non-structural protein 2 (Nsp2), open reading frame 5 (ORF5) 유전자 염기서 열 비교 분석 완료
- ORF5 분석 : 분리주들간의 상동성은 nt 95.5-100%, aa 93.5-100%, 중국 HP-PRRS와 같은 sublineage 8.7에 속함
- NSP2 분석 : 30aa deletion 확인, 분리주들간의 상동성 nt 89.8-100%, aa 88.0-100%
2) 베트남 PED 장유제 및 분변 시료 총 190건을 수집하고 이 중에서 지역별 시료에서 Spike full gene과 ORF3 gene의 염기서열 분석 완료
- S full gene 분석 : 베트남 분리주는 G2 group 에 속함, G2 group내에서 2개의 작은 cluster를 구축, 분리주들간의 상동성은 nt 93.7-100%, aa 92.7-99.9%
- 일부 분리주의 S gene 에 Insertion과 Deletion들이 발견됨
- ORF3 gene 분석 : 베트남 분리주들간의 상동성 비교 결과 net 94.3-100%, aa 93.8-100%, 계통 분석 결과 2014년에 필리핀과 중국에서 발생한 분리주와 같은 cluster에 속함
3) 베트남 돼지열병 관련 5‘NCR, E2-full gene 염기서열 분석을 완료한 결과 Group 2에 속함
4) 돼지열병, PRRS 및 PED 감별진단법 확립
- 돼지열병 백신주(LOM주)와 야외주 항원 감별 및 유전형 감별을 위하여 PNA probe를 이용한 MeltingArray 확립 및 야외샘플 적용: 베트남 야외농장 샘플 38개 중 양성 31개, 음성 7개결과 일치, 양성 시료 중 백신주 2주와 야외주 39주 감별
- 돼지열병 유전형 감별을 위하여 PNA probe를 이용한 MeltingArray 확립 : 국내 47개의 샘플 (Type 1 :19개, Type 2 ： 17개, Type 3 : 7개, BVDV ： 3개, BDV ： 1개)을 이용하여 분석한 결과 일치
5) PED 변이주 진단법 개발을 위하여 기존 PEDV와 변이주 PEDV의 전체 유전자를 align한 후 염기 서열이 상이한 18개의 프라이머 set을 제작 후 그중 3개의 프라이머세트를 이용한 multiplex PCR 진단법 확립
6) 북미형, 유럽형 및 고병원성 PRRS 감별을 위한 PRRS multiplex-PCR 진단법 확립
2. 제2세부과제명: 베트남 돼지 가검샘플 수집 및 개발된 진단키트 유효성 평가(베트남)
1) 베트남에서 고병원성으로 의심되는 PRRS가 발생한 농장(2015년 10월~2016년 10월)에서 돼지 가검시료 (폐조직)를 채취하여 PRRS 바이러스를 분리하고 Marc-145세포에서 4대까지 계대 한 바이러스 39 주 수집
2) 베트남에서 PED가 발생한 농장(2015년 10월~2016년 10월)의 돼지 가검시료(장조직 또는 분변)를 채취하여 RT-PCR 결과 양성으로 확인된 190점 수집
3) 베트남 돼지열병 의심 농장(2015년 10월~2016년 10월)에서 돼지 가검 시료(혈장 및 내장)를 채취하여 RT-PCR 결과 양성으로 확인된 가검 시료 65점 수집
4) 돼지열병 바이러스 신속진단키트의 유효성 평가를 위한 항원 패널 구축을 목적으로 베트남 돼지혈장(돼지 열병, PRRS, PED 음성) 총 374점 수집
(출처 : 요약 2p)
Abstract
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Porcine Epidemic Diarrhea (PED) is a highly serious and contagious swine disease caused by a virus belonging to Coronaviridae family. Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV), which causes severe diarrhea and dehydration in suckling pigs, has caused high rates of death among piglets and substantial ec
Porcine Epidemic Diarrhea (PED) is a highly serious and contagious swine disease caused by a virus belonging to Coronaviridae family. Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV), which causes severe diarrhea and dehydration in suckling pigs, has caused high rates of death among piglets and substantial economic loss in Vietnam since 2009. To investigate the distribution profile of the PEDV outbreak strains, the full-length S gene of 21 Vietnamese PEDV strains collected from 8 different northern and central provinces of Vietnam during 2013 - 2016 were sequenced and analysed. Phylogenetic analysis of the complete spike (S) gene sequences revealed that most of the Vietnamese PEDV strains isolated from the northern provinces (Thai Binh, Hai Phong, Hung Yen, Thai Nguyen, Vinh Phuc, Lao Cai and Hanoi) of Vietnam during 2013 - 2016 belonged to group G2 (subgroup G2b), except for 5 PEDV strains isolated from the central region (Quang Tri province) of Vietnam in 2014 belonged to group G1 (subgroup Gib). The nucleotide (nt) and deduced amino acid (aa) analyses based on the complete S gene sequences showed that the Vietnamese PED virus strains were closely related to each other, sharing 93,6 - 99,9% in nt and 92,7 - 99,9% in aa identity with each other. Furthermore, the substitution and INDEL mutations affected to the secondary structure as well as the number of N-glycosylation site and the antigenic characteristics of the spike protein of PEDV strains circulating in Vietnam
(출처 : Abstract 45p)
목차 Contents
- 표지 ... 1
- I. 연구배경 및 목표 ... 4
- 1. 연구배경 ... 4
- 2. 연구최종목표 ... 6
- 3. 연차별 연구개발 목표 및 내용 ... 6
- II. 연구방법 및 수행전략 ... 7
- 1. 재 료 ... 7
- 2. 연구전략 및 방법 ... 8
- III. 연구결과 ... 10
- 1. 제1세부과제명: 돼지열병, 고병원성 PRRS 및 강병원성 PED 변이주 진단법 적용 시험 및 유전자원 보존(검역본부) ... 10
- 2. 제2세부과제명: 베트남 돼지 가검샘플 수집 및 개발된 진단키트 유효성 평가(베트남) ... 33
- IV. 연구결과요약 ... 39
- 1. 제1세부과제명: 돼지열병, 고병원성 PRRS 및 강병원성 PED 변이주 진단법 적용 시험 및 유전자원 보존(검역본부) ... 39
- 2. 제2세부과제명: 베트남 돼지 가검샘플 수집 및 개발된 진단키트 유효성 평가(베트남) ... 40
- V. 고 찰 ... 41
- VI. 연구결과 활용실적 및 계획 ... 42
- VII. 연구사업 추진상 문제점 및 건의사항 ... 44
- VIII. 주요연구 변경사항 ... 44
- IX. 참고자료 ... 44
- X. 영문초록 ... 45
- 끝페이지 ... 46
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