초록 ▼

Long read 기반 고품질 무 유전체 어셈블리 Rs2.0를 신규 제작하고 분석함. 무의 표준유전체 정보를 RadishGD를 통해 제공함. 전 세계 수집 자원의 고정, 유지, 증식을 통해 125 자원으로 구성된 핵심집단을 확립하고 F₂~F₄ 세대 진전했으며, 각 자원의 형질을 조사함. 유전체 재분석 파이프라인을 구축한 후 이를 이용하여 핵심집단 60개 등 총100개 계통의 유전체를 재분석함. 유전집단과 핵심집단을 이용한 유전매핑과 GWAS로 농업유전자를 발굴했으며 SNP 마커를 이용한 대용량

Long read 기반 고품질 무 유전체 어셈블리 Rs2.0를 신규 제작하고 분석함. 무의 표준유전체 정보를 RadishGD를 통해 제공함. 전 세계 수집 자원의 고정, 유지, 증식을 통해 125 자원으로 구성된 핵심집단을 확립하고 F₂~F₄ 세대 진전했으며, 각 자원의 형질을 조사함. 유전체 재분석 파이프라인을 구축한 후 이를 이용하여 핵심집단 60개 등 총100개 계통의 유전체를 재분석함. 유전집단과 핵심집단을 이용한 유전매핑과 GWAS로 농업유전자를 발굴했으며 SNP 마커를 이용한 대용량 품종 판별체계를 개발하여 기술이전함.

(출처 : 요약서 3p)

Abstract ▼

□ Purpose & Contents
○ To de novo assemble the radish genome Rs2.0 based on the long read sequences and to analyse the genome information
○ To curate the database schema and interfaces of RadishGD
○ To develope a genome resequencing analysis pipeline for radish
○ To establish a set of ra

□ Purpose & Contents
○ To de novo assemble the radish genome Rs2.0 based on the long read sequences and to analyse the genome information
○ To curate the database schema and interfaces of RadishGD
○ To develope a genome resequencing analysis pipeline for radish
○ To establish a set of radish core collection and to analyse agronomic traits of the core entries
○ To perform whole genome resequencing analysis of 60 entries in a radish core collection
○ To identify domestication-related or agronomic important genes using genetic mapping and GWAS of a core collection
○ To develop SNP marker-based high throughput genetic analysis tool for natural genotypes and commercial cultivars

□ Results
○ The novel radish genome Rs2.0 was de novo assembled into 445.6 Mb using the PacBio and Illumina long lead sequencing and Hi-C technologies
○ Rs2.0 showed significantly improved assembly quality compared to Rs1.0, representing 12.2-fold increased contig N50 size, 29,697 and 4.404 less number of contigs and scaffolds, respectively, and 54.3 Mb-less sequence gaps
○ Approximately 171.1 Mb of Rs2.0 was repetitive sequences and a total of 65,450 protein-coding genes were predicted and annotated
○ Accuracy of data sets and stability of database schema of RadishGD were curated
○ A radish core collection consisting of 125 core entries was assembled, fixed, and descended to F₂~F₄ generation
○ An analysis pipeline for whole genome resequencing analysis of radish was developed and a total of 654,599 homozygous SNPs were identified from 100 radish genotypes using this pipeline
○ Genetic mapping and GWAS identified genetic loci related to self-incompatibility and agronomic trait such as domestication and root skin color
○ High throughput Fluidigm (702) and KASP (68) SNP markers for large accessions or populations were developed

□ Expected Contribution
○ Application of genetic and genomic resources for basic and applied researches as well as breeding of radish
○ Development of a breeding tool box for molecular or genomics-based breeding
○ Promoting practical use of the radish genome information and enhance user convenience

(출처 : SUMMARY 5p)

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 제 출 문 ... 2
• 보고서 요약서 ... 3
• 국 문 요 약 문 ... 4
• Summary ... 5
• 목차 ... 6
• 제 1 장 연구 개발 과제의 개요 ... 7
• 제1절 연구 개발 목적 ... 7
• 제2절 연구 개발의 필요성 ... 7
• 제3절 연구 개발 범위 ... 11
• 제 2 장 연구 수행 내용 및 결과 ... 17
• 제 3 장 목표달성도 및 관련분야 기여도 ... 107
• 제1절 목표대비 달성도 ... 107
• 제2절 정량적 성과 ... 109
• 제 4 장 연구 결과의 활용 계획 ... 110
• 제 5 장 연구 개발 결과의 보안 등급 ... 112
• 제 6 장 연구시설·장비종합정보시스템에등록한 연구시설·장비현황 ... 113
• 제 7 장 연구개발과제의 대표적 연구실적 ... 114
• 제 8 장 기타사항 ... 115
• 제 9 장 참고문헌 ... 116
• 끝페이지 ... 120