[보고서]닭에서 조류 인플루엔자 감염에 대응하는 분자생리 메커니즘 구명을 위한 유전체 정보 활용기술개발

송기덕

보고서 정보

주관연구기관

전북대학교
Chonbuk National University

연구책임자

송기덕

참여연구자

박정웅 , 김수정 , 마크 , 통가락

보고서유형

최종보고서

발행국가

대한민국

언어

한국어

발행년월

2021-02

과제시작연도

2020

주관부처

농촌진흥청
Rural Development Administration(RDA)

등록번호

TRKO202100009769

과제고유번호

1395063093

사업명

차세대바이오그린21(R&D)

DB 구축일자

2021-09-18

키워드

조류인플루 엔자 감염.질병저항성.숙주 반응.유전체.생물정보.Avian influenza infection.Disease resistance.Host responses.Genomics.Bioinformatics.

표 조류 인플루엔자 병원성에 따른 분류
표 OIE에 통보한 주요국별 HP조류 인플루엔자 발생 건수: 2003년 말 ~ 2016년 11월 OIE(www.oie.int)
표 조류독감의 발생 현황: 2016년 11월 1일 ~ 2017년 1월
표 닭 RRBS 데이터 생물정보 분석 플랫폼
표 Outline of whole transcritpome sequencing and small RNA-sequencing of HPAI or LPAI infected White Leghorn chickens samples
표 유용유전체 변이의 기능 해석을 위한 nsSNP 발굴 개념도
표 Work flow for Targeted gene Methylation analysis
표 Bisulfite sequencing principle (https://www.diagenode.com/en/categories/bisulfite-conversion)
표 1차년도 AI 바이러스 공격접종 실험 디자인
표 AI 저항성/감수성 계통 차등발현 분석 1차 분석 모식도
표 AI 저항성/감수성 계통 차등발현 분석 2차 분석 모식도
표 2차년도 Ai 바이러스 공격접종 실험 디자인
표 2차년도 생산된 RNA-seq 데이터 목록: 총 80 샘플의 RNA-seq 자료 생산
표 Effects of a high-press hot-water extract on cell viability including DF-1 cells
표 닭 섬유아세포주에서 Poly (I:C)에 의해 조절되는 차별발현 유전자 발굴
표 닭 섬유아세포주에서 Poly (I:C)에 의해 조절되는 차별발현 유전자 히트 맵
표 차별발현 유전자 Gene Ontology
표 차별발현 유전자 KEGG pathway 분석
표 닭 섬유아세포에서의 TLR3 신호전달 분석
표 Poly (I:C)로 자극된 닭 섬유아세포의 단백체 분석
표 단백체 분석에서 발굴된 차별발현 단백질들에 대한 생물정보 분석
표 차별발현 단백체의 상호작용 지도
표 Principal Component Analysis of WTS data of intestine, lung, and trachea from HPAI, LPAI infected White Leghorn chickens
표 HPAI와 LPAI 감염 연관 전사체로부터 생물정보 분석에 의한 차별발현유전자 발굴(q-value≤0.05log2FC≤-2 & log2FC≥2)
표 Principal Component Analysis of small RNA-seq data of intestine, lung, and trachea from HPAI, LPAI infected White Leghorn chickens
표 HPAI와 LPAI 감염에 연관된 차별발현 small RNA 발굴(q-value≤0.01 log2FC≤-1 & log2FC≥1)
표 Genomic DNA of Poly (I:C) stimulated DF-1 cells for RRBS
표 RRBS Library construction with DNA from poly (I:C) stimulated DF-1 cells
표 닭 DF-1 세포의 whole genome sequencing 매핑 결과
표 닭 DF-1세포에서 Poly (I:C)에 의한 chLECT2 발현변화 조사
표 닭 DF-1 세포에서 Poly (I:C)에 의한 chLECT2 발현 조절 전사인자 구명
표 선녀배 추출물에 의한 닭 DF-1 세포에서 Poly (I:C)에 의해 유도되는 chLECT2 발현의 조절
표 핑크루비 추출물에 의한 닭 DF-1 세포에서 Poly (I:C)에 의해 유도되는 chLECT2 발현의 조절
표 선녀배 추출물에 의한 닭 DF-1 세포에서 Poly (I:C)에 의해 유도되는 chKLF2 발현의 조절
표 핑크루비 추출물에 의한 닭 DF-1 세포에서 Poly (I:C)에 의해 유도되는 chKLF2 발현의 조절
표 선녀배 추출물에 의한 닭 DF-1 세포에서 Poly (I:C)에 의해 유도되는 chHPX 발현의 조절
표 핑크루비 추출물에 의한 닭 DF-1 세포에서 Poly (I:C)에 의해 유도되는 chHPX 발현의 조절
표 chAP3S2 의 조직 발현과 닭 DF-1세포에 서 Poly (I:C)에 의한 chAP3S2 발현억제 조사
표 DF-1 단백체 분석에서 동정된 Poly (I:C)에 의해 발현이 증가하는 단백체 유전체의 유전자 발현 조사
표 DF-1 단백체 분석에서 동정된 Poly (I:C)에 의해 발현이 감소하는 단백체 유전체의 유전자 발현 조사
표 Poly (I:C)에 의해 DF-1에서 발현이 증가하는 PARK7 단백질 유전자의 전사 조절 경로 분석
표 DF-1 단백체 분석에서 동정된 Poly (I:C)에 의해 발현이 감소하는 단백체 유전체의 유전자 발현 조사
표 계혈등이 DF-1 세포사멸에 미치는 영향
표 닭 섬유아세포주에서 Poly (I:C)에 의해 발현이 증가하는 유전자의 차별발현 검증
표 닭 섬유아세포주에서 Poly (I:C)에 의해 발현이 감소하는 유전자의 차별발현 검증
표 닭 대식세포주(HD11)에서 Poly (I:C)에 의해 조절되는 차별발현 유전자 발굴
표 닭 유전체에 존재하는 nsSNP 기능에 따른 분류
표 오계 게놈 상의 선발신호 영역에서 nsSNP 발굴
표 Interaction between dsRNA and TLR3 wild type
표 Interaction between dsRNA and TLR3 mutants
표 Minimum distances between N, C-terminal residues and dsRNA, and TLR3 dimerization
표 Distance between the central region of individual TLR3 ECDs
표 Domain and structural organization of chicken Mx protein
표 Analysis of 200 ns MD trajectories of both wild-type (chMxWT) and mutant(chMxS631N) chicken Mx
표 Projection of structural conformations extracted from the last 100 ns of MD trajectory on to the subspace using principal component
표 Structural differences between chMxWTand chMxS631N
표 Deferentially expressed genes (DEGs) by DESeq2 analysis. (A) Day 1 HPAIV infection, (B) Day 3 HPAIV infection
표 Deferentially expressed genes (DEGs) by CuffDiff analysis. (A) Day 1 HPAIV infection, (B) Day 3 HPAIV infection
표 Bioinformatics analayses for differentially expressed genes(DEGs) identified by DESeq2. Scatter plots for DEGs of day 1(A) and day 3(B) after HPAIV infection. Volcano plots of day1(C) and day3(D), heatmaps of DEGs of day1(F) and day3(G)
표 Bioinformatics analayses for differentially expressed genes(DEGs) identified by CuffDiff. Scatter plots for DEGs of day 1(A) and day 3(B) after HPAIV infection. Volcano plots for DEGs of day1(C) and day3(D). Heatmaps for DEGs of day1(E), day3(F) and all(G)
표 Gene Ontology (GO) and KEGG pathway analyses of DEGs identified using CuffDiff. Day1 and Day3 after HPAIV infection; BP for day 1(A) and day3(B), CC for day1(C) and day3(D), MF for day1(E) and day3(F), KEGG pathway for day1(G) and day3(H)
표 Gene Ontology (GO) and KEGG pathway analyses of DEGs identified by both DESeq2 and CuffDIff. Day1 post infection (A) and Day3 post infection(B)
표 Overlapping DEGs by DESeq2 and CuffDiff(A; day1, B:day3)and Plots for them(C, E: day1, D, F: day3)
표 Identification of differentially expressed small RNAs from HPAIV infected trachea of White Leghorn, day1 and day3 respectively. Breakdown of small RNA-seq reads(A),total and miRNA distribution in each samples(B). PCA analysis of small RNA-seq data(C). MD plot for small RNA-seq of day1(D) and day3(F)
표 Selected genomic DNAs for BSAS analysis
표 Target genes for targeted methylation analysis(BSAS)
표 Box plot grouped into 4 different comparison. Top 3 with high status of CpG site in IRF7 gene
표 Box plot grouped into 4 different comparison. Top 3 with high status of CpG site in MYD88 gene
표 Dendogram analysis to check sample clustering from the methylation value of CpG sites in IRF7 gene from the trachea of White Leghorn chickens
표 Dendogram analysis to check sample clustering from the methylation value of CpG sites in MYD88 gene from the trachea of White Leghorn chickens
표 Bioinformatics analysis of differentially methylated regions identified in the genome of poly(I:C) stimulated chicken DF-1 cells
표 Bioinformatics analysis of differentially methylated regions identified in the genome of poly(I:C) stimulated chicken DF-1 cells
표 Functional annotation of nsSNPs from Ogye vs WL (F-, K-lines) selective signatures
표 Results of read alignment-HISAT2 results
표 Heatmap of differentially expressed genes from Ogye liver tissues
표 Root mean square fluctuation(RMSF) of the residues for the last 100ns of the molecular trajectory
표 Inter domain analysis of both chMxWTandchMxS631N. fixed and moving domain ares hown for both wild-type and mutant
표 The residue betweenness centrality of both chMxWTandchMxS631N
표 Lists of up-regulated DEGs from tracheas infected with HPAIV after 3 days.
표 Lists of down-regulated DEGs from tracheas infected with HPAIV after 3 days
표 QRT-PCR validation of selected DEGs which were identified by comparison of day 3 HPAIV infected WL tracheas
표 Comparison of RNA-seq and qRT-PCR data on RNAs from day 3 HPAIV infected WL tracheas
표 Expression and regulation of chicken IFI6 gene in chicken DF-1 cells
표 Expression and regulation of chicken PPDPF gene in chicken DF-1 cells
표 Transcriptional regulation of chicken IL-1R1 and IL-1R2 gene expression in DF-1 cells in response to TLR3 stimulation
표 전사체 분석용 HPAI/H5N1으로 감염된 저항성 Ri 닭 시료
표 전사체 분석용 HPAI/H5N1으로 감염된 감수성 Ri 닭 샘플
표 전사체 분석용 LPAI/H5N2으로 감염된 저항성 Ri 닭 샘플
표 전사체 분석용 LPAI/H5N2으로 감염된 감수성 Ri 닭 샘플
표 닭 IL-11의 진화적 분류와 단백질 구조
표 chIL-11 induces NF-κB signaling pathway. Western blotting with antibodies against p-NF-κB1, p-AKT1, p-TAK1, and MyD88
표 chIL-11 induces NF-κB signaling pathway. Immunocytochemical analysis performed for p-NF-κB1, p-AKT1, p-TAK1, and MyD88 signaling proteins in chicken cell lines
표 Ri chicken samples for small RNA sequencing
표 Work flow for small RNA sequencing and miRNA expression analysis
표 Ri-Chicken HPAI 감염실험에서 저항성 감수성 닭의 날짜별 miRNA 비교
표 Ri-Chicken HPAI 감염실험에서 저항성 감수성 닭의 날짜별 miRNA 비교
표 저항성 닭에 고병원성 조류 인플루엔자 바이러스 감염 후 페조직에서의 miRNA 발현 비교
표 저항성 닭에 고병원성 조류 인플루엔자 바이러스 감염 후 페조직에서의 miRNA 발현 비교
표 저항성 닭에 고병원성 조류 인플루엔자 바이러스 감염 후 페조직에서의 miRNA 발현 비교
표 Ri-Chicken HPAIV 감염에서 Resistant, Susceptible, Control vs Treatment 비교
표 Q-RT-PCR for resistant and susceptible R-chicken
표 CpG isalnd start site search and predicted start sites
표 List of genomic DNA for methylome analysis
표 Genomic DNA quality check for methylome analysis
표 List of target genes for methylome analysis
표 Dendogram analysis to check sample clustering from the methylation value of CpG sites in IRF7 gene
표 Dendogram analysis to check sample clustering from the methylation value of CpG sites in MYD88 gene
표 Methylation plot, that allows the visualization of methylation data by individual sample. Top 3 with high status of CpG site in IRF7 gene
표 Methylation plot, that allows the visualization of methylation data by individual sample. Top 3 with high status of CpG site in MYD88 gene
표 Box plot grouped into 8 different comparison. Top 3 with high status of CpG site in IRF7 gene
표 Box plot grouped into 8 different comparison. Top 3 with high status of CpG site in MYD88 gene
표 Functional analysis for D1 HPAI vs. D3 HPAIV and D3 control vs infection KEGG pathway in trachea
표 Gene ontology analysis for Molecular function, cellular components and biological process on D1 HPAI vs. D3 HPAIV
표 Heat map for HPAVI infected samples between resistant and susceptible Ri chicken lines in trachea
표 Quantitative RT-PCR for D3 HPAI resistant vs. D3 HPAIV susceptible Ri chicken
표 Influenza A pathway for quantitative RT-PCR analysis
표 Quantitative RT-PCR for D3 HPAI resistant vs. D3 HPAIV susceptible Ri chicken
표 Comparison of RNA sequencing and quantitative RT-PCR for D3 HPAIV resistant vs. D3 HPAIV susceptible Ri chicken
표 Quantitative RT-PCR for D1 HPAIV vs. D3 HPAIV resistant Ri chicken
표 Quantitative RT-PCR for D1 HPAIV vs. D3 HPAIV resistant Ri chicken
표 Comparison of RNA sequencing and quantitative RT-PCR for D1 HPAIV vs. D3 HPAIV resistant Ri chicken
표 Heat map for HPAVI infected samples between resistant and susceptible Ri chicken lines in lung
표 cytokine-cytokine receptor interaction in the lung of D3 HPAI resistant vs. D3 HPAIV susceptible Ri chicken
표 cytokine-cytokine receptor interaction in the lung of D3 HPAI resistant vs. D3 HPAIV susceptible Ri chicken
표 Comparison of RNA sequencing and quantitative RT-PCR for D3 HPAIV resistant vs. D3 HPAIV susceptible Ri chicken of lung
표 H5N1 접종 바이러스 농도 결정
표 전사체와 병리 분석을 위해 확보된 A/duck/Vietnam/QB1207/2012(H5N1)이 공격접종된 화이트 레그혼 샘플
표 전사체와 병리 분석을 위해 확보된 A/duck/Vietnam/QB1207/2012(H5N1)이 공격접종된 AI 저항성, 감수성 Ri 닭 샘플
표 HPAIV 감염된 화이트 레드혼의 임상 증상
표 HPAIV가 감염된 화이트 레그혼 닭의 폐와 기도의 조직학 분석 결과
표 Viral H5 gene detection by RRT-PCR for the swab samples from cloaca of the individual Ri susceptible chicken line infected with 104EID50ofA/duck/Vietnam/ QB1207/2012(H5N1)after1-3dpi
표 Viral H5 gene detection by RRT-PCR for the swab samples from Oropharynx of the individual Ri susceptible chicken line infected with 104EID50ofA/duck/Vietnam/ QB1207/2012(H5N1)after1-3dpi
표 Viral H5 gene detection by RRT-PCR for the swab samples from Oropharynx of the individual Ri resistant chicken line infected with 104EID50ofA/duck/Vietnam/ QB1207/2012(H5N1)after1-3dpi
표 Viral H5 gene detection by RRT-PCR for the swab samples from cloaca of the White Leghorn chicken infected with 104EID50ofA/duck/Vietnam/ QB1207/2012(H5N1)after1-3dpi
표 Viral H5 gene detection by RRT-PCR for the swab samples from Oropharynx of the White Leghorn chicken infected with 104EID50ofA/duck/Vietnam/ QB1207/2012(H5N1)after1-3dpi
표 Alignment of the partial Mx genes in Ri chicken
표 Virus titers and Cq values in RRT-PCR analysis of the viral H5 gene obtained for samples of the two Ri chicken lines infected with A/duck/Vietnam/QB1207/2012 (H5N1) after 3-dpi
표 Virus titers and Cq values in RRT-PCR analysis of the viral H5 gene obtained for samples of the White Leghorn chicken infected with A/duck/Vietnam/QB1207/2012 (H5N1) after 3-dpi
표 Comparative expressions of AIV infection related genes in HPAIV infected chickens. (A) chicken FGF family gene expression in tissues from HPAIV infected Ri-resistant and susceptible chickens. (B) Expression patterns of chicken IL-1R1 and IL-1R2 genes in tissues from HPAIV infected chickens
표 토종닭의 진화지도
표 토종닭의 집단구조분석(Admixture)
표 전체 닭 집단의 PCA 결과:(오) PC1, PC2, (왼) PC2, PC3을 축으로 그린 2차원 plot
표 Admixture 분석 결과, K=13
표 Cross-valdiation 과정을 통한 조상집단 K에 따른 error 값 추정 결과
표 Nucleotide diversity :평균 Pi 값 계산 결과
표 PCA 분석 결과
표 volcano plot 결과 (red:FDR 2, green: FDR 2)
표 폐, 소장에서의 저항성 vs 감수성 차등발현유전자(up and down regulated GO 분석 결과
표 HPAIV가 감염된 저항성 닭의 소장과 폐에서 발굴된 차별발현 유전자의 변이
표 전체 샘플 대상 계통, 감염여부, 감염일수, 조직 별 발현 패턴 비교 결과
표 White Leghorn 내 감염·비감염 간 차등발현 유전자군 발굴 결과
표 AI 저항성(Resistant) 계통 내 감염·비감염 간 차등발현 유전자군 발굴 결과
표 AI 감수성(Susceptible) 계통 내 감염·비감염 간 차등발현 유전자군 발굴 결과
표 AI 저항성(Resistant) ·감수성(Susceptible) 계통 간 차등발현 유전자군 발굴 결과
표 여러 디자인 중 AI 저항성· 감수성 계통 간 차등발현 유전자 추출 결과
표 저항성 VS 감수성 발현 패턴 분석 결과 –감염 X(Control) 폐(Lung) 3일차
표 저항성 VS 감수성 발현 패턴 분석 결과 –감염 후(Infection) 1일차 폐(Lung)
표 저항성 VS 감수성 발현 패턴 분석 결과 –감염 X(Control) 기관지(Trachea) 1일차
표 저항성 VS 감수성 발현 패턴 분석 결과 –감염 후(Infection) 1일차 기관지(Trachea)
표 저항성 VS 감수성 발현 패턴 분석 결과 –감염 후(Infection) 3일차 기관지(Trachea)
표 저항성 VS 감수성 발현 패턴 분석 결과 –감염 X(Control) 상태 조직 별 비교 :감염 전 상태에서는 저항성/감수성 계통 간 뚜렷하게 구분되지 않는 것으로 판단, 기관지 (Trachea) 보다는 폐(Lung)에서 계통 간 구분이 더 잘 되는 것을 확인
표 저항성 VS 감수성 발현 패턴 분석 결과 –감염 후(Infection) 1일차 조직 별 비교 : 감염 후 1일차에서도, 두 계통간 뚜렷한 발현 패턴의 차이는 크게 나타나지 않는 것으로 판단, 기관지보다는 폐에서 계통 간 유전자 발현 차이가 큰 것으로 확인
표 저항성 VS 감수성 발현 패턴 분석 결과 –감염 후(Infection) 3일차 기관지(Trachea) : 감염 후 3일차에서는, 기관지(Trachea)에서 저항성/ 감수성 계통 간 유전자 발현 패턴이 뚜렷하게 구분되는 것을 확인, 5개의 비교군 중 가장 확실하게 구분
표 저항성 VS 감수성 차등발현 유전자에 대한 Gene Ontology 분석 결과 –감염 후 (Infection) 1일차 폐(Lung): 83 genes
표 저항성 VS 감수성 차등발현 유전자에 대한 Gene Ontology 분석 결과 –감염 후 (Infection) 3일차 기관지(Trachea)
표 저항성 VS 감수성 차등발현 유전자에 대한 KEGG Pathway enrichment 분석 결과 –감염 후(Infection) 1일차 폐(Lung): 83 genes. : 3개의 주요 대사 경로(Influenza A, Herpes simplex virus 1 infection, Toll-like receptor signaling pathway)들이 관여되며 세 경로에 공통으로 포함되어 있는 허브 유전자는 IRF7, STAT1, TLR3로 나타남
표 저항성 VS 감수성 차등발현 유전자에 대한 KEGG Pathway enrichment 분석 결과 –감염 후(Infection) 3일차 기관지(Trachea). : 3개의 주요 대사 경로(NOD-like receptor signaling pathway, Herpes simplex virus 1 infection, Toll-like receptor signaling pathway)들이 관여되며, 세 경로에 공통적으로 포함되어 있는 허브 유전자는 NFKBIA, TICAM1, IL6, IRF, STAT1, IFNAR1, IFNAR2, MAP3K7, TAB2로 총 9개로 나타남
표 저항성 VS 감수성 감염 후(Infection) 3일차 기관지(Trachea): PCA, Hierarchical clustering analysis
표 저항성 VS 감수성 감염 후(Infection) 3일차 기관지(Trachea): 차등발현 분석 결과: DESeq2, Limma_voom, edgeR 패키지 이용 차등발현유전자 추출 수행
표 저항성 VS 감수성 감염 후(Infection) 3일차 기관지(Trachea): Gene ontology 분석 –up regulated gene 대상
표 저항성 VS 감수성 감염 후(Infection) 3일차 기관지(Trachea): Gene ontology 분석 –down regulated gene 대상
표 저항성 VS 감수성 감염 후(Infection) 3일차 기관지(Trachea): KEGG pathway 분석 결과. : 저항성 계통에서 발현이 증가(up-regulated) 되는 유전자(DEGs)에 대한 주요 대사 경로로는 Influenza A, Toll-like receptor signaling pathway, cytokine-cytokine receptor interaction, Jak-STAT signaling pathway, Herpes simplex infection 등이 나타났으며, 저항성 계통에서 발현이 감소(down-regulated)되는 유전자(DEGs)에 대한 주요 대사 경로로는 Splicesome, RNA transport, Ribosome biogenesis in eukaryotes 등이 나타남
표 저항성 VS 감수성 감염 후(Infection) 3일차 기관지(Trachea): Network 분석 결과. (Cytoscape의 ClueGO 이용) : 저항성 계통에서 발현이 증가(Up-regulated) 되는 유전자(DEGs)에서 enriched 되는 KEGG pathway 대상 네트워크 분석 결과, 면역 관련 대사 경로(Cytokine-cytokine receptor interaction, Toll-like receptor signaling pathway, influenza A 등) 간 상호작용 (Interaction)에 STAT4, JUN, TLR4, FASLG, IFNGR1, CCL4, PIK3CA 유전자가 관여함을 확인
표 저항성 VS 감수성 감염 후(Infection) 3일차 기관지(Trachea): Protein-Protein interaction network 분석 결과(STRING). : 저항성 계통에서 발현이 증가(Up-regulated) 되는 유전자(DEGs) 대상 KEGG pathway 분석 시 유의한 대사 경로에 포함되는 유전자 대상 protein-protein interaction network 분석 결과, STAT4, JUN, TLR4, TLR3, IRF7, SOCS1 유전자가 네트워크의 주요 허브 유전자 인 것으로 판단(기준: Protein connection 7번 이상, 면역 관련 대사 경로에 포함된 유전자)
표 전장유전체 기반 발굴된 변이와 전사체 분석 상 발굴된 유전자 간 비교
표 전장유전체 상 발굴된 AI 저항성 연관 변이 중 차등발현 분석에서 탐색된 DEG 영역 내에 존재하는 변이 목록

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