초록 ▼

□ 연구개발 목표 및 내용
￭ 최종 목표
단일세포의 자동 분리 및 유전체 분석을 통한 위암환자조직에서 HER2 표적 치료의 감수성/저항성과 종양침윤면역세포의 상호연관성 을 규명
￭ 전체 내용
1) 1차년도: 위암 조직의 단일세포 데이터 생산 및 분석 파이프라인 구축
● HER2 과발현 위암 환자의 암 조직으로부터 단일세포를 분리 (10건)
- FFPE 위암 조직 8건, 생검조직 2건에서 DEPArray technology 를 이용하여 단일세포를 분리, WGA (Whole genome amplif

□ 연구개발 목표 및 내용
￭ 최종 목표
단일세포의 자동 분리 및 유전체 분석을 통한 위암환자조직에서 HER2 표적 치료의 감수성/저항성과 종양침윤면역세포의 상호연관성 을 규명
￭ 전체 내용
1) 1차년도: 위암 조직의 단일세포 데이터 생산 및 분석 파이프라인 구축
● HER2 과발현 위암 환자의 암 조직으로부터 단일세포를 분리 (10건)
- FFPE 위암 조직 8건, 생검조직 2건에서 DEPArray technology 를 이용하여 단일세포를 분리, WGA (Whole genome amplification) 완료
● 위암 조직으로부터 Single cell cDNA library 제작 (11건)
2) 2차년도: HER2 표적 치료제 감수성/저항성에 따른 융합 분석 및 저항 시그니쳐 발굴
● 위암 환자의 조직 및 복수에서 단일세포의 NGS 프로파일링
● HER2 표적 치료제 감수성/저항성에 따른 융합 분석 및 저항 시그니쳐 발굴
3) 3차년도: HER2 표적치료제 저항 signature의 발굴을 위한 Data 분석 및 validation
● HER2 표적치료제 감수성/저항성 그룹 간 세포군집 비율과 저항성 관련 유전자 발굴
● HER2 양성 위암 환자부터 CSF 검체를 획득하여 circulating tumor cell을 검출

□ 연구개발성과
● HER2 positive 환자 중 MET amplification 및 PIK3CA mutation을 동시에 가진 환자의 조직에서 단일세포를 분리: DEPArray™ technology: 위암조직으로부터 Cytokeratin+ /EpCam+ 인 tumor single cell를 분리 --> HER2, c-MET, CCNE1을 형광염색하여 single cell 단위에서 Whole Genome amplification (Ampli1 kit)을 이용하여 DNA를 증폭하여 유전체 분석 정보를 획득하였음.
● Chromium™ Single Cell 3’: HER2저해제 치료를 받은 위암 환자 조직을 확보하여 single cell cDNA library 제작하여 QC를 진행 --> 단일세포 분석을 위한 조직 처리 방법을 최적화하였음.
● 위암 환자의 조직 및 복수에서 단일세포의 NGS 프로파일링: 분리된 단일세포 DNA를 이용하여 Whole exome sequencing 수행하였음.
● HER2 표적 치료제 감수성/저항성에 따른 융합 분석 및 저항 시그니쳐 발굴:총 3건의 위암 환자의 Primary tumor 조직의 단일세포 유전체 분석 (RNA seq, 10x genomics) 을 완료.
● HER2 양성 위암 환자부터 CSF 검체를 획득하여 circulating tumor cell을 검출: DEPArray system을 통하여 HER2, CK, Epcam positive/negative cell의 population을 분석함.
● 관련 논문 2편을 국제 학술지에 게재하였음.

□ 연구개발성과 활용계획 및 기대 효과
○ 표적치료 바이오마커 발굴의 새로운 유전체 연구 플랫폼 시도에 대한 경험 및 프로토콜 공유: 위암환자를 대상으로 한 단세포 단위의 분석을 통한 유전체 분석 연구 및 약제 감수성 연구 플랫폼을 공유
○ HER2 표적치료 대상 환자이지만 표적치료 저항성을 보이는 환자에 대한 타겟 예측 및 제안: 위암 환자조직내의 단세포 단위 유전체 특성에 따른 다른 진료 접근 및 치료약제 적용. 더 나아가서는 통합적 표적치료 바이오 마커 발굴 및 신약 개발을 통한 위암의 치료 성적 향상을 위한 접근시도.
○ 국내 위암 환자들의 다양성 및 유전적 특성에 대한 정보 확보
- 위암 조직 내 HER2 과발현과 종양침윤면역세포, 치료 저항성 세포 비율에 관한 지식 정보 제공
- 국내 위암환자들의 유전적 다양성 분석 연구 기초자료 제공.

(출처 : 요약문 2p)

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 요약문 ... 2
• 목차 ... 3
• 1. 연구개발과제의 개요 ... 4
• 1) 연구의 최종목표 ... 4
• 2) 연차별 연구목표 ... 4
• 2. 연구개발과제의 수행 과정 및 수행 내용 ... 4
• 1) 1차년도: 위암 조직의 단일세포 데이터 생산 및 분석 파이프라인 구축 ... 4
• 2) 2차년도: HER2 표적 치료제 감수성/저항성에 따른 융합 분석 및 저항 시그니쳐 발굴 ... 5
• 3) 3차년도: HER2 표적치료제 저항 signature의 발굴을 위한 Data 분석 및 validation ... 6
• 3. 연구개발과제의 수행 결과 및 목표 달성 정도 ... 6
• 가. 연구개발 결과 ... 6
• 나. 목표달성 정도 ... 10
• 4. 연구개발성과의 관련 분야에 대한 기여 정도 ... 12
• 5. 연구개발성과의 관리 및 활용 계획 ... 12
• 6. 참고문헌 ... 13
• 끝페이지 ... 13